Paenibacillus larvae bakteriyofajlarının izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve farklı suşlarına karşı etkinliğin belirlenmesi
Isolation, molecular characterization of bacteriophages of paenibacillus larvae, and determination of efficiency against different strains.
- Tez No: 691713
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞENGÜL ALPAY KARAOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 110
Özet
Paenibacillus larvae, Amerikan yavru çürüklüğüne(AYÇ) neden olan ve bal arısı kolonilerini etkileyen Dünya çapında bildirilmesi zorunlu olan bir hastalıktır. Bakteriyofajlar, bakterileri enfekte eden virüsler olarak çevrede bulunan bakterilerin doğal kontrolörleridir. Son zamanlarda Paenibacillus larvae'ları hedef alan bakteriyofaj çalışmaları, umut verici alternatif tedavi yöntemi olarak ortaya çıkmıştır. Bu çalışma Türkiye'den izole edilen P. larvae suşlarını enfekte ederek parçalayabilen yeni bakteriyofajların morfolojik ve moleküler yapısının belirlenmesi için yapıldı. Bakteriyofajların konak aralığı ve özgüllüğü, patlama boyutu, litik aktivitesi ve morfolojik özellikleri belirlendi. Yeni nesil dizilemeyle tüm genom analizinin yapılması, fonksiyonel gen bölgelerinin belirlenmesi ve karşılaştırılmalı genomik analizi yapılarak filogenetik ağaçları oluşturuldu. Virüs taksonomik adlandırma kurallarına göre iki fajın isimlendirilmesi (vB_PlaP_SV21 ve vB_PlaM_Pd22F) yapıldı. Paenibacillus faj SV21'in moleküler analizinde, %39.33 GC içeriğine sahip, 44949 bp lineer dsDNA genomuna ve 77 kodlama bölgesine sahip olduğu belirlendi. Paenibacillus faj Pd22F'nin %50,68 GC içeriğine sahip 86388 bp linear dsDNA genomuna ve 124 kodlama bölgesine sahip olduğunu belirlendi. vB_PlaP_SV21'in Podoviridae, vB_PlaM_Pd22F'nin ise Myoviridae familyasında yer aldığı belirlendi. Çalışmadaki fajlar, Türkiye'den izole edilerek tüm genom dizisi GenBank'a kaydedilen ilk Paenibacillus fajlarıdır. Ayrıca P. dendritiformis türünden izole edilerek morfolojik ve moleküler karakterizasyonu yapılarak literatüre kazandırılan ilk faj bildirimi olması açısından da önemlidir.
Özet (Çeviri)
Paenibacillus larvae is a worldwide notifiable disease causing American Foulbrood disease (AFB) and affecting honeybee colonies. As viruses that infecting bacteria, Bacteriophages are natural controllers of bacteria in the environment. Recently, bacteriophage studies targeting Paenibacillus larvae have emerged as a promising alternative treatment method. This study was carried out to determine the morphological and molecular structure of new bacteriophages that can infect P. larvae strains by degrading isolated from Turkey. The host range and specificity, burst size, lytic activity and morphological characteristics of bacteriophages were determined. By performing whole genome analysis with NGS, functional gene regions were determined, and phylogenetic trees were constructed by comparative genomic analysis. Two phages were named (vB_PlaP_SV21 and vB_PlaM_Pd22F) according to the rules of nomenclature of viruses. In the molecular analysis of Paenibacillus phage SV21, it was determined that it has a GC content of 39.33%, a linear dsDNA genome of 44949 bp and 77 coding regions. It was determined that Paenibacillus phage Pd22F has 86388 bp linear dsDNA genome with 50.68% GC content and 124 coding regions. It was determined that vB_PlaP_SV21 is in the family Podoviridae, and vB_PlaM_Pd22F is in the family Myoviridae. The phages in this study are the first Paenibacillus phages isolated from Turkey and whose whole genome sequence was recorded in GenBank. Besides, this study is important due to fact that it is the first phage report characterized as morphological and molecular features isolated from P. dendritiformis.
Benzer Tezler
- Türkiye'deki Paenibacillus larvae genotiplerinin tespit edilmesi ve farklı propolislerin bu genotipler üzerine antimikrobiyal etkisi
Determination of Paenibacillus larvae genotypes in turkey and antimicrobial effect of different propolis against these genotypes
AYGÜN SCHİESSER
- Balarılarındaki Amerikan yavru çürüklüğü hastalığı etkeni olan Paenibacillus larvae'nın larvalı petek ve bal örneklerinden konvansiyonel ve moleküler biyolojik yöntemlerle teşhisi
Diagnosis of honeybees' American foulbrood's causative agent Paenibacillus larvae from suspicious brood and honey by molecular and conventional methods
MEHMET ÖZDEN
- Farklı organik asitlerin, bal arılarındaki (Apıs mellıfera L.) Amerikan yavru çürüklüğü hastalığı etkeni paenıbacıllus larvae üzerine antimikrobiyal etkisi
Antimicrobial effect of different organic acids against paenibacillus larvae the causative agent of American foulbrood disease in honey bees (Apis mellifera L.)
BİLLUR KÜÇÜKÖZMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI ÖZKIRIM
- Amerikan yavru çürüklüğü şüpheli arı (apis mellifera) ve arı ürünlerinden izole edilen gram pozitif bakterilerin karakterizasyonu, antibiyotik duyarlılıkları ve paenibacillus larvae izolatlarının genetik çeşitliliği
Characterization and antibiotic sensitiveness of gram positive bacteri̇a isolated from American foulbrood suspect bee (apis mellifera) and bee products, with genetic di̇versity of paenibacillus larvae isolates
MÜBERRA PINARBAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞENGÜL ALPAY KARAOĞLU
DOÇ. DR. ELİF SEVİM
- Bal peteklerinden izole edilen sporlu basillerin karakterizasyonu ve antimikrobiyal duyarlılıkları
Characterization and antimicrobial susceptibility of spore-forming bacilli isolated from honeycomb
YILDIZ BAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyolojiRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞENGÜL ALPAY KARAOĞLU