Investigation of novel recessive causative genes and gene/allele frequency for CMT disease in Turkey
Çekinik CMT hastalığı için yeni genlerin araştırılması ve Türkiye'de CMT yapıcı gen/alel sıklığı incelemesi
- Tez No: 693086
- Danışmanlar: PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 219
Özet
Kalıtsal periferik nöropatiler, periferik sinir sistemini etkileyen genetik bir hastalıklar grubudur. En yaygın türü, klinik ve genetik çeşitliliği sebebiyle ilginç bir araştırma odağı oluşturan Charcot-Marie-Tooth (CMT) hastalığıdır. CMT ile ilişkilendirilmiş 90'dan fazla gen ve gen bölgesi otozomal baskın, otozomal çekinik, X'e bağlı ve mitokondriyal olarak kalıtılabilmektedir. Genetik tarama testlerinin gelişmişliğine rağmen, dünya çapında tüm CMT hastalarının yaklaşık %35'i moleküler tanı alamamaktadır. Otozomal çekinik CMT'de (OÇCMT) genetik tanı başarısı, çok sayıda nadir genin varlığı nedeniyle daha da düşüktür. Bu tanısal boşluk, henüz tanımlanmamış hastalık yapıcı genlerin varlığına ve Mendel-dışı kalıtım olasılığına işaret etmektedir. OÇCMT'ye sebep olan yeni gen/aleller tanımlamak ve bilinen hastalık yapıcı genlerin ülkemizdeki sıklığını belirlemek amacıyla, ebeveynleri akraba evliliği yapmış, erken başlangıçlı polinöropati ile ek klinik bulguları bulunan 56 CMT hastasını genetik açıdan analiz ettik. Tüm hastalarda GDAP1 geni taramasını takiben, tüm ekzom dizileme ve homozigotluk haritalaması yöntemlerini kullanarak 22 tekrarlayan, 13 yeni alel belirledik ve %62,5 oranında potansiyel genetik tanı oranı yakaladık. Ek olarak, FXN genini CMT ve Friedreich ataksi arasındaki spektrumda yer alan yeni bir hastalık, ATP8B3 genini OÇCMT2 ve SEPT11 genini aksonal polinöropatiyle seyreden serebellar ataksi için hastalık yapıcı aday genler olarak belirledik. Bu çalışma, Türkiye OÇCMT popülasyonunun genetik çerçevesini çizmekte ve yeni hastalık yapıcı mekanizmaları aydınlatmaya yardımcı olabilecek genler rapor etmektedir. Ayrıca, benzer genetik arka plana sahip toplumlara ozgü genetik tanı stratejileri için bir referans ortaya koymuştur.
Özet (Çeviri)
Inherited peripheral neuropathies are a group of genetic disorders of the peripheral nervous system. The most common type is called Charcot-Marie-Tooth (CMT) disease that constitutes an interesting research focus due to its clinical and genetic heterogeneity. Mutations in more than 90 genes and loci are associated with CMT that presents with autosomal dominant (AD), autosomal recessive (AR), X-linked, or mitochondrial inheritance. Despite the advances in genetic testing, approximately 35% of all CMT cases worldwide remain without a molecular diagnosis. The diagnostic rate is even lower for ARCMT due to the presence of many individually rare genes. This diagnostic gap points to the presence of yet unidenti ed causative genes, as well as potential non-Mendelian features of the disease. In order to identify novel genes/alleles causing ARCMT and determine the frequency for known genes in Turkey, we have analyzed 56 consanguineous families diagnosed with CMT who present with early onset polyneuropathy with additional symptoms. Through the screening of patients for GDAP1 mutations, and subsequent whole-exome sequencing and homozygosity mapping, we have identi fied 22 recurrent and 13 novel alleles in known CMT genes achieving a potential diagnosis rate of 62,5%. Moreover, we identi fied FXN as a candidate gene for a novel disease in the spectrum between CMT and Friedreich's ataxia, ATP8B3 for ARCMT2, and SEPT11 for AR-cerebellar ataxia with axonal neuropathy. This study paints the genetic landscape of the Turkish ARCMT population, reports candidate genes that might enlighten new disease mechanisms, and can serve as a reference for diagnosis strategies speci c to populations with similar genetic backgrounds.
Benzer Tezler
- Investigation of novel genes and functional roles in MEFV negative FMF patients through next-generation sequencing
MEFV negatif ailesel Akdeniz ateşi hastalarında yeni nesil dizileme yöntemiyle özgün genlerin ve işlevlerinin araştırılması
MERVE ÖZKILINÇ ÖNEN
Doktora
İngilizce
2023
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Kistik fibrozis hastalarında fenotipik ciddiyeti etkileyen genlerin ve ilişkili yolakların araştırılması
Investigation of genes and associated pathways affecting phenotypic severity in patients with cystic fibrosis
İLKSEN BERFİN EKİNCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİDEM DAYANGAÇ ERDEN
- Subkortikal enfarkt ve lökoensefalopati ile giden serebral arteriyopati (cadasıl/carasıl) hastalığı ile ilişkili notch3 ve htra1 gen mutasyonlarının araştırılması
Investigation of the notch3 and htra1 gene mutations in cerebral arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy (cadasil/ carasil)
BURCU RÜSTEMOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA OYA UYGUNER
DR. GÜVEN TOKSOY
- Cohen Sendromu klinik tanısı almış hastalarda tüm ekzom dizilemeyle bilinen ve yeni mutasyonların araştırılması
Investigation of known and novel mutations by exome sequencing in patients with Cohen Syndrome
ECE GÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Tıbbi Biyolojiİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEYHAN TÜYSÜZ
- Mikrosefalinin eşlik ettiği zihinsel yetmezlik hastalarında ilişkili gen varyantlarının araştırılması
Investigation of associated gene variants in intellectual disability accompanied by microcephaly
SEVCAN TÜRKER