Anaerop bakterilerin tanımlanmasında çeşitli yöntemlerin karşılaştırılması ve bazı antibiyotiklere karşı duyarlılıkların araştırılması
Comparison of various methods for identification of anaerobic bacteria and investigation of sensitivities to some antibiotics
- Tez No: 693545
- Danışmanlar: PROF. DR. METİN DOĞAN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Necmettin Erbakan Üniversitesi
- Enstitü: Meram Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Amaç: Bu çalışmada hastanemizin değişik kliniklerinden anaerop enfeksiyon şüphesiyle laboratuvara kabul edilen klinik örneklerde anaerop bakterilerin izolasyonu, çeşitli yöntemlerle tanımlanması ve antibiyotik duyarlılık profillerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi, Merkez Mikrobiyoloji laboratuvarına anaerop enfeksiyon şüphesi ile kabul edilen 197 klinik örnek çalışmaya dahil edilmiştir. Numunelerin hem aerop hem de anaerop ortam şartlarında ekimi yapılmıştır. Anaerop kültür için numunelerin %5 defibrine koyun kanı ve vitamin K1 eklenmiş Scheadler besiyeri ve tiyoglikolatlı besiyerine ekimi yapılmıştır. Kan örnekleri Bactec Plus Anaerobic F şişelerine inoküle edilmiş ve otomatize sistemde inkübe edilmştir. İzole edilen anaerop bakteriler konvansiyonel yöntemler, AnIdent Discs testleri, API 20A ve VITEK 2 ANC testleri kullanılarak identifiye edilmiştir. İzolatların penisilin G, sefoksitin, klindamisin, metronidazol, piperasilin / tazobaktam, imipenem, seftolozan / tazobaktam duyarlılıkları gradient difüzyon test metodu ile belirlenmiştir. Bulgular: Çalışmaya alınan 197 klinik örnekten 46 anaerop bakteri izole edilmiştir. Bu çalışmada soyutlanan 46 anaerop izolatın %69.6' sını Gram pozitif anaeroplar, %30,4 ünü Gram negatif anaerop bakteriler oluşturmaktaydı. Gram negatif anaeroplardan en fazla Prevotella spp. (7) ve B. fragilis grup (5) izole edilmiştir. Gram pozitif anaeroplardan ise en sık Clostridium spp. (n=9) ve Peptostreptococcus spp. (n=8) izole edilmiştir. İzolatların 43'ünde her iki sistemden en az biri ile identifikasyon sağlanmıştır. API 20A ile VITEK 2 ANC arası cins düzeyinde uyumluluk 35/44 (%79.5) oranında saptanırken; tür düzeyinde uyum %43.2 (19/44) olarak tespit edilmiştir. En yüksek direnç penisiline (%38.6) karşı bulunurken; sefoksitin, klindamisin, metronidazol, piperasilin/ tazobaktam ve imipenem duyarlılık oranları ise sırasıyla %93.2; % 65.9; % 84.1; % 93.2 ve %100 olarak bulunmuştur. Seftolozan tazobaktamın MİK değerinin bakteri türüne göre geniş bir aralıkta (0.032-12 mg /L) değişim gösterdiği tespit edilmiştir. MİK50 değeri 2 mg / L olarak bulunmuştur. Sonuç: Bu çalışmada API 20A panel ve VITEK 2 ANC yarı otomatize ticari sistemlerinin anaerop bakteri identifikasyonu konusundaki performansları ve konvansiyonel yöntemlerle uyumunun değerlendirilmesi hedeflenmiştir. API 20A'nın Gram negatif anaerop basillerin tanımlanmasında VITEK 2 ANC karta göre konvansiyonel yöntemlerle daha fazla uyum gösterdiği tespit edilmiştir. Öte yandan Vitek 2 ANC yarı otomatize sistemi ise rutin laboratuvar iş akışı içinde uygulayabilme ve pratiklik imkanları sağlamaktadır. Çalışmamızda yüksek oranda penisilin ve klindamisin direnci görüldüğünden ampirik tedavide bu antibiyotikler tercih edilmemelidir. Sonuçlarımıza göre sefoksitin ve metranidazol ampirik tedavide tercih edilebilir ancak antibiyotik duyarlılık testlerinin yapılması daha uygun olacaktır. Bu çalışmada yeni antibiyotiklerden seftolozan tazobaktamın anaerop bakteriler üzerindeki etkinliğinin saptanması hedeflenmiştir. Seftolozan tazobaktamın MİK değerinin bakteri türlerine göre değişkenlik göstermesi sebebiyle; bu antibiyotiğin anaerop bakteriler üzerindeki etkisini belirleyebilmek için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
Objective: In this study, it was aimed to isolate, identify and determine antibiotics susceptibility profiles of anaerobic bacteria by handling 197 clinical samples from our clinics with suspicion of anaerobe infection. Materials and metods: 46 anaerobic bacteria were isolated from 197 clinical samples included in the study. In this study, 69.9% of 46 isolated anaerobic isolates were Gram positive anaerobes and 30,4% were Gram negative anaerobes. Of Gram negative anaerobes, most Prevotella spp. (7) and B.fragilis group (5) were isolated. The most common of Gram positive anaerobes is Clostridium spp. (9) and Peptostreptococcus spp. (8) isolated. Identification was provided with at least one of both systems in 43 of the isolates. Genus level compatibility between API 20A and VITEK 2 ANC was determined as 35/44 (79.5%); species level compliance was determined as 43.2 % (19/44). While the highest resistance is found against penicillin; The sensitivity rates of cefoxitin, clindamycin, metronidazole, piperacillin / tazobactam and imipenem were 93.2%, 65.9%, 84.1%, 93.2% and 100% respectively. We found that the MIC value of ceftolosing tazobactam varies widely in a wide range (0.032-12 mg / L) depending on the bacterial species. The MIC50 value was determined as 2 mg / L. Conclusion: In this study, it is aimed to evaluate the performance of API 20A panel and VITEK 2 ANC semi-automated commercial systems on anaerobic bacteria identification and their compatibility with conventional methods. It has been determined that API 20A is more compatible with VITEK 2 ANC card than conventional methods in determining Gram negative anaerobic bacilli. On the other hand, Vitek 2 ANC semi-automated systems provide practical and practical possibilities in routine laboratory workflow. In our study, these antibiotics should not be preferred in empirical treatment since high rate of penicillin and clindamycin resistance are seen. According to our results, cefoxitin and metranidazole may be preferred in empirical treatment, but antibiotic susceptibility tests will be more appropriate. In this study, it was aimed to determine the effectiveness of ceftolosan tazobactam, which is one of the new antibiotics, on anaerobic bacteria. Since the MIC value of ceftolozane tazobactam varies according to bacterial species; more studies are needed to determine the effect of this antibiotic on anaerobic bacteria.
Benzer Tezler
- Anaerobik bakterilerin tanımlanmasında matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometrisinin (maldi-tof MS) değerlendirilmesi
Evaluation of laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) for identification of anaerobe bacteria
MEHMET ÖLMEZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
MikrobiyolojiSakarya ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ
- Klinik örneklerden soyutlanan anaerop bakterilerde beta-laktamaz aktivitesi ve antibiyotik direncinin belirlenmesi
Determination of beta-laktamase activity and antibiotic resistance rates in anaerobic bacteria isolated from clinical specimens
ESVET MUTLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. MİNE YÜCESOY
- Aşırı aktif mesane sendromu olan kadın hastalarda mesane mikrobiyotasının araştırılması
Investigation of bladder microbiota in female patients with overactive bladder syndrome
ESRA KAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT ARAL
- İnsan dişlerinde periapikal hastalıklara sebep olan bazı patojen bakterilerin polimeraz zincir reaksiyonu ve Porphromonas gingivalisin eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile nicel olarak tespiti
Detection of some pathogen bacteria which causes periapical diseases at human teeth by polymerase chain reaction and quantitative detection of Porphyromonas gingivalis by real time polymerase chain reaction
İBRAHİM ARAZ
- Silaj, çiğ süt ve peynir örneklerinde geç şişme etmeni Clostridium türlerinin izolasyonu ve farklı yöntemlerle tanımlanması
Isolation and identification of Clostridium species as a late-blowing factor in silage, raw milk and cheese samples by different methods
PELİN ERTÜRKMEN
Doktora
Türkçe
2021
MikrobiyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜBEYDE ÖNER