Geri Dön

Identifying isoform switches in breast cancer

Meme kanserinde izoform değişikliklerinin tanımlanması

PDF İndir

  1. Tez No: 695684
  2. Yazar: ŞEVKİ ONUR HENDEN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. TOLGA CAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoteknoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 58

Özet

İnsan genomunun moleküler işlevlerini ve varyasyonlarını karakterize etmek, insan genetik özelliklerinin ve hastalıklarının arkasındaki hücresel süreçleri anlamak için hayati önem taşır. Tek hücreli RNA dizilemesinin ortaya çıkmasıyla birlikte, gen ekspresyonunu hücreler özelinde araştırmak mümkün hale gelmiştir. Şu anda birçok scRNA-seq biyoenformatik analiz metodu mevcut olmasına rağmen, bunların çoğu genel gen ekspresyon seviyelerine odaklanır ve sonuç olarak, bireysel transkript ekspresyonunun neden olduğu heterojenliği göz ardı ederler. Normal ve hastalıklı durumlar arasında görece farklı sayılarda eksprese edilen izoformlar, fenotip veya prognoz üzerinde dramatik etkilere sahip olabilir. İzoformlardaki bu çeşitliliğin bulunması, yeni tedavilerin keşfedilmesine ve belirli durumlarda hastaların daha iyi yönetilmesine yardımcı olabilir. Salmon gibi hizalama araçları tarafından, scRNA-seq verileri için üretilen transkript ekspresyonundan, diferansiyel transkript kullanımını belirleyen bir analiz yöntemi öneriyoruz. Bu yaklaşım, meme kanserli hastalarda daha önce gözden kaçan gen ekspresyonundaki değişiklikleri tespit etmemize olanak sağladı.

Özet (Çeviri)

Characterizing the human genome's molecular functions and their variations across people is vital for understanding the cellular processes behind human genetic characteristics and diseases. With the advent of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), it is now possible to investigate gene expression in individual cells. Although a number of scRNA-seq bioinformatics tools are now available, many of them focus on overall gene expression levels and, as a result, often ignore heterogeneity caused by individual transcript expression. Differences in the relative abundance of expressed isoforms, such as those that occur between normal and diseased states, may have dramatic effects on phenotype or prognosis. This variation in expression may aid in the discovery of novel therapies as well as the better management of patients in certain situations. We propose a computational workflow for scRNA-seq data that identifies differential transcript usage from transcript abundances produced by widely used alignment tools such as Salmon. This approach enabled us to detect alterations in gene expression that were previously overlooked, in patients with breast cancer.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    703602

    Survival analysis and its applications in identifying genes, signatures, and pathways in human cancers

    Gen, im ve yolak saptanmasında sağkalım analizi ve uygulamaları

    AYŞE ÖZHAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI

  2. Tez No

    647893

    Molecular motor contractile mechanism of retinal pericytes

    Retinal perisitlerin moleküler motor kasılma mekanizması

    GÜLCE KÜRELİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    FizyopatolojiHacettepe Üniversitesi

    Nörolojik ve Psikiyatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TURGAY DALKARA

  3. Tez No

    397226

    Effects of KIF2A protein isoforms and Kif2a disease mutations on neuronal function

    KIF2A protein izoformlarının ve Kif2a hastalık mutasyonlarının nöronal fonksiyon üzerindeki etkileri

    CANSU AKKAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    GenetikKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. GÜLAYŞE İNCE DUNN

  4. Tez No

    295765

    Theileria annulata'nın enolaz enzimini kodlayan genin ilaç ve aşı tasarım çalışmalarında kullanılmak üzere izolasyonu, klonlanması ve analiz edilmesi

    Isolation, cloning and analysis of the gene encoding enolase from Theileria annulata for drug and vaccine designing studies

    AYBERK AKAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. DİLEK TURGUT-BALIK

  5. Tez No

    752917

    Targeting bag-1S/C-raf interaction for therapeutic intervention in cancer

    Bag-1S/C-raf etkileşiminin kanserde terapötik bir yaklaşım olarak kullanılmak üzere hedeflenmesi

    ÖZGE TATLI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

Geri Dön