Identifying isoform switches in breast cancer
Meme kanserinde izoform değişikliklerinin tanımlanması
- Tez No: 695684
- Danışmanlar: PROF. DR. TOLGA CAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biotechnology, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İnsan genomunun moleküler işlevlerini ve varyasyonlarını karakterize etmek, insan genetik özelliklerinin ve hastalıklarının arkasındaki hücresel süreçleri anlamak için hayati önem taşır. Tek hücreli RNA dizilemesinin ortaya çıkmasıyla birlikte, gen ekspresyonunu hücreler özelinde araştırmak mümkün hale gelmiştir. Şu anda birçok scRNA-seq biyoenformatik analiz metodu mevcut olmasına rağmen, bunların çoğu genel gen ekspresyon seviyelerine odaklanır ve sonuç olarak, bireysel transkript ekspresyonunun neden olduğu heterojenliği göz ardı ederler. Normal ve hastalıklı durumlar arasında görece farklı sayılarda eksprese edilen izoformlar, fenotip veya prognoz üzerinde dramatik etkilere sahip olabilir. İzoformlardaki bu çeşitliliğin bulunması, yeni tedavilerin keşfedilmesine ve belirli durumlarda hastaların daha iyi yönetilmesine yardımcı olabilir. Salmon gibi hizalama araçları tarafından, scRNA-seq verileri için üretilen transkript ekspresyonundan, diferansiyel transkript kullanımını belirleyen bir analiz yöntemi öneriyoruz. Bu yaklaşım, meme kanserli hastalarda daha önce gözden kaçan gen ekspresyonundaki değişiklikleri tespit etmemize olanak sağladı.
Özet (Çeviri)
Characterizing the human genome's molecular functions and their variations across people is vital for understanding the cellular processes behind human genetic characteristics and diseases. With the advent of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), it is now possible to investigate gene expression in individual cells. Although a number of scRNA-seq bioinformatics tools are now available, many of them focus on overall gene expression levels and, as a result, often ignore heterogeneity caused by individual transcript expression. Differences in the relative abundance of expressed isoforms, such as those that occur between normal and diseased states, may have dramatic effects on phenotype or prognosis. This variation in expression may aid in the discovery of novel therapies as well as the better management of patients in certain situations. We propose a computational workflow for scRNA-seq data that identifies differential transcript usage from transcript abundances produced by widely used alignment tools such as Salmon. This approach enabled us to detect alterations in gene expression that were previously overlooked, in patients with breast cancer.
Benzer Tezler
- Traditional vernacular houses in Anatolia: The question of evaluative criteria
Anadolu geleneksel yöresel konut mimarlığında değerlendirme ölçütleri sorunu
OKAN ÜSTÜNKÖK
Doktora
İngilizce
1987
MimarlıkOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖNÜL TANKUT
- 1981 Türkiye tarımsal yapısının önemli bileşenleri ve tarımsal bölgelerin elde edilmesi
Principle components of Turkey's agricultural structure and to determine agricultural rigions in 1981
İHSAN KARABULUT
- Glaphyrinae altfamillyasına bağlı bazı türlerin teşhisinde dış morfolojik karakterlerin kullanılması üzerinde çalışmalar
The Research on the subfamilly of glaphyrinae and the usage of the external morphdosical characteristics for Identifying some of its species
B.VERDA AKA
- Çatışmacı toplum paradigması: Teorik ve meta-teorik düzeylerin ilişkisi
Conflict paradigm of society
ADNAN TÜREGİN
