Identifying isoform switches in breast cancer
Meme kanserinde izoform değişikliklerinin tanımlanması
- Tez No: 695684
- Danışmanlar: PROF. DR. TOLGA CAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoteknoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 58
Özet
İnsan genomunun moleküler işlevlerini ve varyasyonlarını karakterize etmek, insan genetik özelliklerinin ve hastalıklarının arkasındaki hücresel süreçleri anlamak için hayati önem taşır. Tek hücreli RNA dizilemesinin ortaya çıkmasıyla birlikte, gen ekspresyonunu hücreler özelinde araştırmak mümkün hale gelmiştir. Şu anda birçok scRNA-seq biyoenformatik analiz metodu mevcut olmasına rağmen, bunların çoğu genel gen ekspresyon seviyelerine odaklanır ve sonuç olarak, bireysel transkript ekspresyonunun neden olduğu heterojenliği göz ardı ederler. Normal ve hastalıklı durumlar arasında görece farklı sayılarda eksprese edilen izoformlar, fenotip veya prognoz üzerinde dramatik etkilere sahip olabilir. İzoformlardaki bu çeşitliliğin bulunması, yeni tedavilerin keşfedilmesine ve belirli durumlarda hastaların daha iyi yönetilmesine yardımcı olabilir. Salmon gibi hizalama araçları tarafından, scRNA-seq verileri için üretilen transkript ekspresyonundan, diferansiyel transkript kullanımını belirleyen bir analiz yöntemi öneriyoruz. Bu yaklaşım, meme kanserli hastalarda daha önce gözden kaçan gen ekspresyonundaki değişiklikleri tespit etmemize olanak sağladı.
Özet (Çeviri)
Characterizing the human genome's molecular functions and their variations across people is vital for understanding the cellular processes behind human genetic characteristics and diseases. With the advent of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), it is now possible to investigate gene expression in individual cells. Although a number of scRNA-seq bioinformatics tools are now available, many of them focus on overall gene expression levels and, as a result, often ignore heterogeneity caused by individual transcript expression. Differences in the relative abundance of expressed isoforms, such as those that occur between normal and diseased states, may have dramatic effects on phenotype or prognosis. This variation in expression may aid in the discovery of novel therapies as well as the better management of patients in certain situations. We propose a computational workflow for scRNA-seq data that identifies differential transcript usage from transcript abundances produced by widely used alignment tools such as Salmon. This approach enabled us to detect alterations in gene expression that were previously overlooked, in patients with breast cancer.
Benzer Tezler
- Survival analysis and its applications in identifying genes, signatures, and pathways in human cancers
Gen, im ve yolak saptanmasında sağkalım analizi ve uygulamaları
AYŞE ÖZHAN
Doktora
İngilizce
2021
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Molecular motor contractile mechanism of retinal pericytes
Retinal perisitlerin moleküler motor kasılma mekanizması
GÜLCE KÜRELİ
Doktora
İngilizce
2020
FizyopatolojiHacettepe ÜniversitesiNörolojik ve Psikiyatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURGAY DALKARA
- Effects of KIF2A protein isoforms and Kif2a disease mutations on neuronal function
KIF2A protein izoformlarının ve Kif2a hastalık mutasyonlarının nöronal fonksiyon üzerindeki etkileri
CANSU AKKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
GenetikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. GÜLAYŞE İNCE DUNN
- Theileria annulata'nın enolaz enzimini kodlayan genin ilaç ve aşı tasarım çalışmalarında kullanılmak üzere izolasyonu, klonlanması ve analiz edilmesi
Isolation, cloning and analysis of the gene encoding enolase from Theileria annulata for drug and vaccine designing studies
AYBERK AKAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DİLEK TURGUT-BALIK
- Targeting bag-1S/C-raf interaction for therapeutic intervention in cancer
Bag-1S/C-raf etkileşiminin kanserde terapötik bir yaklaşım olarak kullanılmak üzere hedeflenmesi
ÖZGE TATLI
Doktora
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY