Geri Dön

Türk çay çeşitlerinin kloroplast matK gen bölgeleri bakımından karşılaştırılması

Comparison of Turkish tea varieties in terms of chloroplast matK gene regions

PDF İndir

  1. Tez No: 697966
  2. Yazar: YEŞİM BİNİCİ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. FATİH ŞABAN BERİŞ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 63

Özet

Bitki ıslahı, geliştirme ve tanımlama çalışmalarında kullanılagelen nüklear DNA markırlarının yanı sıra kloroplast genomuna ait markırların kullanımı önemlidir. Bu markırların içerisinde sıklıkla kullanılan matK bölgesinin analizi de bu noktada değer kazanmaktadır. Bu çalışma ile ilk defa Türk çay çeşitlerinin kloroplast matK gen bölgelerine ait DNA dizileri ortaya çıkarılmıştır. Çalışmada, RÇBKAE'nden temin edilen ve laboratuvar stoklarımızda bulunan Derepazarı, Pazar-20, Muradiye-3, Gündoğdu, Zihni Derin, Tuğlalı-10, Hamzabey, Hayrat, Enstitü-1 ve -2 olmak üzere 10 çay klonu materyal olarak kullanılmıştır. Yapılan PZR'de yaklaşık 1500 bp'lik amplikonlar elde edilmiş ve DNA dizi analizi yapılmıştır. Sonuçlarımıza göre Türk çay klonlarının matK dizileri arasında yüksek oranda fark olmadığı görülmüştür. Yapılan BioEdit karşılaştırmasında Gündoğdu klonunda 7, Muradiye-3 klonunda 2, Pazar-20'de 6, Enstitü-1 klonunda 44, Enstitü-2 klonunda 33, Zihni Derin klonunda 1 ve Tuğlalı-10 klonunda ise 3 noktada mutasyonal farklılık belirlenmiştir. Bu değişimlerin 67'sinde transversiyon, 30'unda transisyon ve 4 noktada da hem transisyon hem de transversiyon olduğu saptanmıştır. En fazla değişikliğin tespit edildiği genotip Enstitü-1 olarak belirlenmiştir. Muradiye-3 genotipinde 2, Gündoğdu'da 1, Pazar-20'de 1, Enstitü-1'de 39 ve Enstitü-2'de 28 noktada görülen değişimler genotiplere özgü olarak belirlenmiştir. ML analizine göre, Derepazarı, Hayrat ve Hamzabey genotiplerinin birbirlerine ve Camellia sinensis ile benzerliği %100 olarak bulunmuştur. Zihni Derin genotipi %99,9 ile C. sinensis, Derepazarı, Hamzabey ve Hayrat klonlarına benzemektedir. Muradiye-3 klonu % 99,7 ile C. sinensis, Derepazarı, Hamzabey ve Hayrat klonlarına, Tuğlalı-10 %99,6 oranda C. sinensis, Derepazarı, Hamzabey ve Hayrat klonlarına ve Gündoğdu ise %99 oranla da C. sinensis, Derepazarı ve Zihni Derin klonuna benzemektedir. En uzak benzerlik durumu ise %93 ile Enstitü-1 klonuna aittir. Sonuç olarak, daha önce kullanılan DNA'ya dayalı markırlarda olduğu gibi kloroplast DNA'sına dayalı markırlar da Türk çay genotiplerinin ayrımında kullanılabilir. Elbetteki cpDNA'da yer alan matK gen bölgesinin varyasyonu nedeniyle DNA'ya dayalı markırlara göre farklı sonuçlar elde edilebilir.

Özet (Çeviri)

In addition to the nuclear DNA markers used in plant breeding, development and identification studies, the use of DNA markers belonging to the chloroplast genome is important. The analysis of the matK region, which is frequently used in these markers, also gains value at this point. In this study, DNA sequences of chloroplast matK gene regions of Turkish tea varieties were revealed for the first time. In the study, 10 tea clones, including Derepazarı, Pazar-20, Muradiye-3, Gündoğdu, Zihni Derin, Tuğlalı-10, Hamzabey, Hayrat, Enstitü-1 and -2, obtained from RÇBKAE and in our laboratory stocks, were used as material. In the PCR, approximately 1500 bp amplicons were obtained and DNA sequence analysis was performed. According to our results, it was seen that there was no high difference between the matK sequences of Turkish tea clones. In the BioEdit comparison, mutational differences were determined at 7 points in Gündoğdu, 2 points in Muradiye-3, 6 points in Pazar-20, 1 point in Zihni Derin, 44 points in Institute-1, 33 points in Institute-2, and 3 points in Tuğlalı-10. It was determined that 67 of these changes were transversion, 30 of them were transition, and 4 points were both transition and transversion. The genotype with the highest variation was determined as Institute-1. The changes observed at 2 points in Muradiye-3, 1 point in Gündoğdu and in Pazar-20, 39 points in Institute-1 and 28 points in Institute-2 were determined as specific to genotypes. According to the ML analysis, the similarity of Derepazarı, Hayrat, and Hamzabey genotypes to each other and to Camellia sinensis was found to be 100%. Zihni Derin genotype is 99.9% similar to C. sinensis, Derepazarı, Hamzabey, and Hayrat clones. Muradiye-3 clone corresponds to C. sinensis, Derepazarı, Hamzabey and Hayrat clones with 99.7%, Tuğlalı-10 to C. sinensis, Derepazarı, Hamzabey, and Hayrat clones with 99.6% and Gündoğdu to C. sinensis, Derepazarı with 99%. and it resembles the Zihni Derin. The most distant similarity is 93% of the Institute-1 clone. As a result, chloroplast DNA-based markers can be used to differentiate Turkish tea genotypes, as previously used DNA-based markers. Of course, due to the variation of the matK gene region in cpDNA, different results can be obtained compared to DNA-based markers.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    735754

    Türk çayından üretilen farklı oksidasyon derecelerine sahip oolong çayların bazı fiziksel, kimyasal ve duyusal özelliklerinin belirlenmesi

    Determination of some physical, chemical and sensory properties of oolong teas have different degree of oxidation produced from turkish tea

    GÜLSÜM ÖZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Gıda MühendisliğiAkdeniz Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERAMUZ ÖZDEMİR

  2. Tez No

    310705

    Hareketli filtre haznesine sahip ev tipi otomatik bir çay makinesinin optimum tasarımı

    Optimum design of a household tea maker which has an actuated infuser

    ÖMER BURAK ÇOBAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. VEDAT TEMİZ

  3. Tez No

    505898

    Klon parsellerinden seçilen bazı yonca (Medicago sativa L.) genotiplerinin ot verim ve kalitelerinin belirlenmesi

    Determination of forage yield and quality of some alfalfa (Medicago sativa L.) genotypes selected from clone plots

    SELMAN YAĞLIKARA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ZiraatSüleyman Demirel Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEVLÜT TÜRK

  4. Tez No

    32083

    Türkiye'nin turizm ve tanıtımında Çamlıhemşin

    Başlık çevirisi yok

    ŞAFAK GÜLAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1994

    Coğrafyaİstanbul Üniversitesi

    Tanıtım ve Halkla İlişkiler Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ÖNGÖREN GÜNDEŞ SİMTEN

  5. Tez No

    8110

    Budama artıklarından hazırlanan çay çeliklerinin gölgeli plastik tünel altında köklendirilmesinde tüp büyüklüğünün etkileri

    Effects of the size of polyethylene tubes used as container on rooting of tea hardwood cuttings prepared from pruning wood under shaded polyethylene tunnel

    NAHİDE GÜNLER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1989

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MENŞURE ÇELİK

Geri Dön