Geri Dön

Trabzon Fatih Devlet Hastanesinde izole edilen Acinetobacter baumannii suşunun tüm genom analizine dayalı karakterizasyonu

Characterization of Acinetobacter baumannii sushens insulated from Trabzon Fatih State Hospital based on whole genome analysis

PDF İndir

  1. Tez No: 700568
  2. Yazar: MELİKE GÜLBÜZ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞEGÜL SARAL SARIYER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biology, Genetics, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Artvin Çoruh Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 195

Özet

Acinetobacter baumannii önemli bir nozokomiyal patojendir ve insan sağlığı için büyük bir sorun teşkil etmektedir. Antibiyotiğe dirençli olan bu bakterinin genomunun analizi önem arz etmektedir. Çalışmamızda Trabzon Fatih Devlet Hastanesinde izole edilen Acinetobacter baumannii A24 suşunun tüm genom analizine dayalı karakterizasyonu yapıldı. İzolat imipenem, meropenem, siprofloksasin, levofloksasin ve trimetoprim/sülfametoksazola karşı dirençliyken amikasin, gentamisin, tobramisin ve kolistin antibiyotiklerine karşı ise duyarlıdır. Tüm genom analizi için izole edilen genomun DNA konsantrasyonu 270,9 ng/ul, saflığı 1,87 olarak bulundu. Biyoinformatik analizlerde 4,978,982 ham okuma, 4,972,661 temiz okuma, etkinlik oranı %99,87, hata oranı %0,03, GC oranı %39,10 olarak tespit edildi. Bakteriye ait genomun nükleotid dizisi GenBank' a girildi ve Genbank aksesyon numarası CP051262 olarak alındı. AdeFGH efluks pompası, Bap, Csu fimbria, PNAG, Fosfolipaz C, Fosfolipaz D, dış zar proteini, kapsül, LPS, asinetobaktin, Hem porfirini kullanma, iki bileşenli sistem, BfmRS, penisilin bağlayan protein, katA, manganez transport sistemi, metiyonin sülfoksit redüktaz, RecN virülans faktörleri tespit edildi. MLST analizi sonucu, Acinetobacter baumannii #1 ve Acinetobacter baumannii #2 MLST şemasına göre sırasıyla sekans tipleri 218 ve 2 olarak tespit edildi. Ayrıca, PubMLST veritabanı kullanılarak izolatın sekans tipi 218 olarak belirlendi. PlasmidFinder 2.1 analizine göre izolatta plazmit bulunamadı. ISFinder programı aracılığıyla ISAba1, ISAba33, ISA1006, ISAba52, IS1007 insersiyon dizileri bulundu. ResFinder 3.2 ve CLC genomik kullanılarak; blaOXA-66, blaOXA-23 kısmi, blaTEM-1, blaADC-73, GNAT asetiltransferaz, Aminoglikozit fosfotransferaz'dan 2 tane, aac-3-IIa, aac-(6')-Ian, ant (3'')-II, aph-(3'')-II, aph (3'')-Ib, aph (6)-I family-o transferaz olmak üzere 13 antibiyotik direnç geni tespit edildi. BRIG uygulamasından elde edilen A24 ve referans genom arasındaki karşılaştırma da referans genom ile benzerliğin oldukça yüksek olduğu görüldü. PHAST analizi sonucunda genomda 28,6 kb ve 17,3 kb profaj bölgesi bulundu. Acinetobacter baumannii A24 suşunda tespit edilen ADC-73'ün amino asit dizisi ADC-1, ADC-7, ADC-68, ampC, MOX-1 ve FOX-4' e ait amino asit dizileri ile jalview kullanılarak karşılaştırıldı. Enzimin katalitik rezidüleri olan Ser66, Lys69 ve Try152 yedi farklı β-laktamazda da korunduğu görüldü. PSIPRED4.0 aracılığı ile Acinetobacter baumannii ADC-73 tahmini ikincil yapı haritası oluşturuldu. Haritaya göre 11 alfa sarmal ve 9 beta tabaka ikincil yapıları bulunduğu görüldü. MODELLER programı ile ADC-73'ün 3D boyutlu yapısı oluşturuldu. Oluşturulan yapı teorik olduğu için yapının validasyonu ve iyileştirilmesi için web tabanlı yapı değerlendirme programları kullanıldı. Programlardan elde edilen sonuçlar baz alındığında oluşturulan homoloji modelin güvenilir ve yapısal olarak doğal yapılara benzediği sonucu ortaya çıktı. Bu yüksek lisans tez çalışmasında, Acinetobacter baumannii ST218 izolatının tam genomu rapor edildi. Genomik analiz, genomda aminoglikozid, β-laktam ve sülfonamid antibiyotiklerine direnç sağlayan genlerin varlığını gösterdi. Ayrıca bu suşta bulunan ADC-73 β-laktamazının iki boyutlu ve üç boyutlu yapısı aydınlatıldı.

Özet (Çeviri)

Acinetobacter baumannii is an important nosocomial pathogen and poses a major problem for human health. Analysis of the genome of this antibiotic-resistant bacterium is important. In our study, the characterization of Acinetobacter baumannii A24 strain isolated in Trabzon Fatih State Hospital based on whole genome analysis was performed. While the isolate was resistant to imipenem, meropenem, ciprofloxacin, levofloxacin and trimethoprim/sulfamethoxazole, it was sensitive to amikacin, gentamicin, tobramycin and colistin antibiotics. The DNA concentration of the isolated genome for whole genome analysis was found to be 270,9 ng/ul and its purity was 1,87. In bioinformatics analysis, it was determined as 4,978,982 raw reading, 4,972,661 clean reading, efficiency rate 99,87%, error rate 0,03%, GC rate 39,10%. The nucleotide sequence of the genome of the bacteria was submitted to GenBank and the Genbank accessory number was taken as CP051262. AdeFGH efflux pump, Bap, Csu fimbria, PNAG, phospholipase C, phospholipase D, outer membrane protein, capsule, LPS, acinetobactin, using Hem porphyrin, two-component system, BfmRS, penicillin binding protein, katA, manganese transport system, methionine sulfoxide reductase, RecN virulence factors were detected. As a result of MLST analysis, according to the Acinetobacter baumannii # 1 and Acinetobacter baumannii # 2 sequence types 218 and 2 were determined respectively. Also, the sequence type of the isolate was determined as 218 using the PubMLST database. According to plasmidFinder 2.1 analysis, no plasmid was found in the isolate. Through the ISFinder program, insertion sequences; ISAba1, ISAba33, ISA1006, ISAba52, IS1007 were found. Using ResFinder 3.2 and CLC genomics 13 antibiotic resistance genes detected; blaOXA-66, blaOXA-23 partial, blaTEM-1, blaADC-73, GNAT acetyltransferase, Aminoglycoside phosphotransferase (2 genes), aac-3-IIa, aac-(6')-Ian, ant (3'')-II, aph-(3'')-II, aph (3'')-Ib, aph (6)-I family-o transferase. Comparison between A24 and reference genome obtained from BRIG application also showed that the similarity with the reference genome was quite high. As a result of PHAST analysis, 28,6 kb and 17,3 kb prophage regions were found in the genome. The amino acid sequence of ADC-73 detected in Acinetobacter baumannii A24 strain was compared with the amino acid sequences of ADC-1, ADC-7, ADC-68, ampC, MOX-1 and FOX-4 using jalview. Ser66, Lys69 and Try152, which are the catalytic residues of the enzyme, were also found to be protected in seven different β-lactamases. Acinetobacter baumannii ADC-73 predicted secondary structure map was generated using PSIPRED4.0. According to the map, it was seen that there were 11 alpha helix and 9 beta layer secondary structures. 3D dimensional structure of ADC-73 was created with MODELLER program. As the created structure is theoretical, web-based building evaluation programs were used for the validation and improvement of the building. Based on the results obtained from the programs, it was revealed that the created homology model was reliable and structurally similar to natural structures. In this master's thesis, the complete genome of the Acinetobacter baumannii ST218 isolate was reported. Genomic analysis showed the presence of genes in the genome that confer resistance to aminoglycoside, β-lactam, and sulfonamide antibiotics. In addition, the two-dimensional and three-dimensional structure of ADC-73 β-lactamase found in this strain were elucidated.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    415372

    Trabzon ve Giresun illerindeki çeşitli hastanelerde izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve beta-laktamaz genlerinin araştırılması

    Investigation of antibiotic resistancy profiles and beta lactamases genes of Klebsiella pneumoniae strains isolated from trabzon and gi̇resun hospitals

    MERYEM GEZİCİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Halk SağlığıRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. FATİH ŞABAN BERİŞ

  2. Tez No

    749458

    Hemşirelerin COVID-19 pandemi dönemindeki tükenmişlik düzeyleri (Trabzon Fatih Devlet Hastanesi örneği)

    Burnout levels of nurses during the COVID-19 pandemic period (Example of Trabzon Fatih State Hospital)

    MÜRVET HOYUR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Sağlık YönetimiGümüşhane Üniversitesi

    Sağlık Yönetimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NİLGÜN ULUTAŞDEMİR

  3. Tez No

    480750

    Sağlık kurumlarında iletişim sorunlarının analizi: Trabzon Ortahisar ilçesinde bir uygulama

    Analysis of the problems of communicative conflicts in health institutions: The case of Trabzon Ortahisar district

    MERAL KIVANÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    HastanelerAvrasya Üniversitesi

    Yönetim Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASAN ÖZYURT

  4. Tez No

    377976

    Kronik yatalak hastaların evde sağlık hizmetleri ile yataklı tedavi kurumlarındaki tedavi maliyetlerinin karşılaştırılması

    Comparison of treatment cost of home care services and inpatient treatment institutions for chronically bedridden patients

    SULTAN AŞIK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Sağlık Kurumları YönetimiAvrasya Üniversitesi

    Sağlık Kurumları İşletmeciliği ve Yöneticiliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. İSMAİL HAKKI OCAK

  5. Tez No

    830862

    Trabzon Fatih Devlet Hastanesi Yoğun Bakım Ünitesi hemşirelerinin antropometrik özelliklerinin kas-iskelet sistemi rahatsızlıkları ile ilişkisi

    The relationship of anthropometric characteristics of Trabzon Fatih state Hospital İntensive care unit nurses with musculoskeletal disorders

    ÖZLEM TOMAKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    AnatomiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Anatomi Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ FARUK ÖZYAŞAR

Geri Dön