Geri Dön

Molecular methods identification of dermatophytes using (PCR) techniques for patients in Al-Anbar governoret- Iraq

Ramadi eğitim hastanesine (Irak) başvuran hastalarda moleküler yöntemle dermatofitlerin tanımlanması

PDF İndir

  1. Tez No: 703488
  2. Yazar: ABDULATEEF ABDULQADER HAMMOOD
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ÖZCAN ÖZKAN, DR. JALEEL SAMANJE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Dermatofit, Epidemiyoloji, PCR, Dermatophytes, Epidemiology, PCR
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 101

Özet

Bu çalıs¸ma, Dermatofitleri laboratuvarda mikolojik inceleme yöntemleri ile izole etmeyi ve tes¸his etmeyi ve internal transcribed spacer (ITS) bölgesini kullanarak ortaya çıkan türleri tanımlamayı ve mevcut yerel izolatları Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) tarafından sag˘lananlarla kars¸ılas¸tırmayı amaçlamaktadır. Dermatofitlere ag˘ırlıklı olarak yakın ilis¸kili Trichophyton, Microsporum ve Epidermophyton cinsleri neden olur. Bu mantar grupları deri, saç ve tırnakların stratum korneumunu istila eder. Irak Anbar Ramadi Eg˘itim Hastanesi'nde Dermatofitli 1 00 h astadan ö rnekler t oplandı. Her numunenin bir kısmı mikroskobik olarak incelendi ve geri kalan kısmı, Saboraud Dextrose Agar eklenen Kloramfenik ve Gentamisin (SDACG) plakalarına kültürlendi. Çalıs¸manın sonucunda, 100 dermatofit v akasından s adece 6 0 ( %60) v akanın hem dog˘rudan KOH muayenesi hem de kültür ile pozitif oldug˘unu, örneklerin 20'sinde (%20) yanlıs¸ negatif sonuçların kaydedildig˘ini gösterdi. Örneklerin kültür sonuçları, Trichophyton rubrum (%26.0), Microsporum canis (%21.7), T. mentagrophytes (%19.5), T. interdigitale (%13.0), T. Ferrugineum (%8.6), T. tonsurans (4.3%), olmak üzere dokuz tip dermatofitin tanımlandıg˘ını göstermis¸tir ve geri kalan üç tür (%2.2) Epidermophyton floccosum, T.soudanese, T. verrrcosum olrak belirlendi. En sık görülen klinik enfeksiyon tipi Tinea corporis (%60.9), dig˘erleri ise Tinea cruris (%19.6), T. pedies (%6.5), T. faciei (%6.5), T. capitis (%4.3), ve T. manus (%2.18). Kadınlar (%52) erkeklerden (%40) daha fazla etkilenmis¸tir. Kırsal kesim (%65,2) s¸ehirden (%34,8) daha fazla etkilenmis¸tir. En çok 31-40 yas¸ grubu etkilendi. Dermatofit izolatları, kolonilerinin makroskopik ve mikroskobik özellikleri incelenerek tanımlandı. Tanılarının dog˘rulug˘unu sag˘lamak için dermatofitlerin tes¸hisinde primer (bölge, ITS geni rRNA 18S) kullanıldı. Dermatophytes izolatlarının Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ürünleri sekanslama için Macrogen Company yapıldı. Sekans analizi, NCBI'de eris¸im numaraları MW811374.1, MW811375.1, MW811376.1, MW811377.1, MW811378.1, MW811379.1, MW811380.1, MW811381.1 ve MW811382.1 olarak kayıtedildi. Referans sus¸ ile yerel sus¸ arasındaki genetik benzerlik %99 bulundu.

Özet (Çeviri)

This study aims to isolate and diagnosis the Dermatophytes by mycological examinations methods in the laboratory, and identify the species that have appeared using the internal transcribed spacer (ITS) region and comparing the current local isolates with those provided by the National Center for Biotechnology Information (NCBI). Dermatophytes are predominantly caused by a group of closely related genera of Trichophyton, Microsporum, and Epidermophyton. These groups of fungi invade the stratum corneum of the skin, hair, and nails. Samples were collected from 100 patients with Dermatophytes in Ramadi Training Hospital, Anbar-Iraq. A portion of each sample was examined microscopically and the remaining portion of each sample was cultured onto plates of Saboraud Dextrose Agar added Chloramphenic and Gentamicin (SDACG). The results showed that out of the 100 cases of dermatophytes, only 60 (60 %) cases were positive by both direct KOH examination and culture, whereas false negative results was recorded in 20 (20 %) of specimens. Culture results of specimens showed nine types of dermatophytes were identified, n amely Trichophytonrubrum (26.0%), Microsporum canis (21.7%), T.mentagrophytes and their percentage (19.5), T. interdigitale (13.0%), T. ferrugineum (8.6%), T.soudanese (4.3%), and the rest of the three remaining species were Epidermophyton floccosum, T. tonsurans, T. verrcosum (2.2%). The most common clinical type of infection was tinea corporis (60.9%), and the others were as follows: Tinea cruris (19.6%), T. pedies (6.5%), T.faciei (6.5%), T. capitis (4.3%), and T. manus (2.18%). Females (52%) were more affected than men (40%). The countryside (65.2%) was more affected than the city (34.8%). The most affected age group was (31-40) years. Dermatophyte isolates were identified by studying the macroscopic and microscopic characteristics of their colonies. To ensure the correctness of their diagnosis, the primer (region ITS gene rRNA 18S) were used for the diagnosis of dermatophytes. The Polymerase Chain Reaction (PCR) products of Dermatophytes isolates were submitting to Macrogen Company for sequencing. Sequencing analysis showed nine new local strains recording in NCBI with accession numbers MW811374.1, MW811375.1, MW811376.1, MW811377.1, MW811378.1, MW811379.1, MW811380.1, MW811381.1, and MW811382.1. The genetic compatibility between the reference strain and the local strain was 99%.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    775576

    Dermatofitlerin izolasyonu ve moleküler tanımlanması ve bununla ilişkili bazı çevresel faktörlerin incelenmesi

    Isolation and molecular identification of dermatophytes and investigation of some environmental factors associated with it

    MURAD KHAMEES MUSHIB

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiKırşehir Ahi Evran Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMET GAFFAROĞLU

    YRD. DOÇ. DR. WALED KHALİD AHMED

  2. Tez No

    729690

    Kutanöz mantar enfeksiyonu şüphesi olan hastalardan alınan deri kazıntı örneklerinde dermatofit ve diğer mantar etkenlerinin konvansiyonel ve PCR yöntemleriyle saptanması

    Determination of dermatophyte and other fungus agents in conventional and PCR methods in skin scraping samples taken from patients with suspected cutanus fungi infection

    FATMA GÜNBEY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiFırat Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZÜLAL AŞÇI TORAMAN

  3. Tez No

    310299

    Dermatofitozların tanısında moleküler yöntemlerin kullanılması

    The usage of molecular methods in the diagnosis of dermatophytosis

    YASİN TİRYAKİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiAdnan Menderes Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. BERNA GÜLTEKİN

  4. Tez No

    195430

    Trichophyton rubrum'un trichophyton mentagrophytes'ten ayırt edilmesinde kullanılan tanı testlerinin karşılaştırılması

    Comparision of identification methods for the differentiation of trichophyton rubrum from trichophyton mentagrophytes

    AYLİN ATEŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    MikrobiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. KADRİ ÖZCAN

  5. Tez No

    873298

    Bazı klinik dermatofit izolatlarını enfekte eden mikovirüslerin belirlenmesi, moleküler olarak nitelendirilmesi ve konakları ile olan etkileşimlerinin incelenmesi

    Identification and molecular characterization of mycoviruses infecting specific clinical dermatophyte isolates, and investigation of their interactions with host organism

    GÜLCE EDİŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ILGAZ AKATA

    DOÇ. DR. ERGİN ŞAHİN

Geri Dön