Geri Dön

İzmir ili erik bahçelerinde fitoplazmaların PCR/RFLP analizleriyle tanılanması, karakterizasyonu ve olası vektörlerin belirlenmesi

Detection and characterization by PCR/RFLP analyses of phytoplasmas in plum orchards in i̇zmi̇r provi̇nce and determination of possible vectors

  1. Tez No: 705777
  2. Yazar: FATMA CEYHAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MONA GAZEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 77

Özet

Yapılan bu çalışmada İzmir ilinde erik ağaçlarındaki fitoplazmaların varlığı belirlenmiş, fitoplazma ile enfekteli erik bahçelerinden toplanan olası fitoplazma vektör böcekler morfolojik olarak teşhis edilmiş, böcek bünyesindeki fitoplazma varlığı moleküler yöntemlerle araştırılmıştır. Erik ağaçlarında görülen en yaygın simptomlar; yapraklarda kloroz ve içe doğru kıvrılma, yapraklarda küçülme, kırmızılaşma ve aşırı sürgün oluşumudur. Yapılan arazi çalışmaları sonucunda 9 farklı erik çeşidinden toplam 110 erik örneği ve yine bu bahçelerden Cicadellidae familyasına ait 30 adet Psammotettix provincialis olarak teşhis edilen böcek toplanmıştır. Nested-PCR analizleriyle testlenen erik örneklerinden 29 tanesinde fitoplazma saptanmış olup bunlardan 8 tanesinin PCR ürünleri RFLP analizleri yapılmak üzere RsaI ve SspI restrüksiyon endonükleaz enzimleri ile kesilmiş ve 4 tanesinin elma çoklu sürgün fitoplazması (Apple Proliferation, Candidatus Phytoplasma mali), diğer 4 tane erik örnekleri ise armut yıkım fitoplazması (Pear decline, Candidatus Phytoplasma pyri) ile enfekteli olduğu tespit edilmiştir. Nested-PCR analizleri ile testlenen 30 adet P. provincialis bireyinden 16 tanesi fitoplazma ile enfekteli bulunmuş ve yapılan filogenetik analizlerde ise bu bireylerin Candidatus Phytoplasma asteris (16SrI) ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Fitoplazma pozitif bulunan 29 izolattan 22 tanesi sekans analizine gönderilmiş ve elde edilen diziler virtual RFLP analizine tabi tutularak 17 restriksiyon enzimiyle [AluI, BamHI, BfaI, BstUI (ThaI), DraI, EcoRI, HaeIII, HhaI, HinfI, HpaI, HpaII, KpnI, Sau3AI (MboI), MseI, RsaI, SspI ve TaqI] kesilmiş ve elde edilen bant profilleri referans izolatlarla karşılaştırılmıştır. Virtual RFLP analizleri sonucunda 11 izolatımız Ca. P. mali, 4 izolatımız Ca. P. prunorum, 3 izolatımız Ca. P. pyri, 2 izolatımız Ca. P. asteris ve diğer 2 izolatımız ise Ca. P. trifolii ile benzer enzim kesim profili vermiştir.

Özet (Çeviri)

In this study, the presence of phytoplasmas in plum trees in Izmir province was determined, the possible phytoplasma vector insects were collected from phyoplasma infected orchards and morphologically identified and the presence of phytoplasma in the insect was investigated by molecular methods. The most common symptoms observed in plum trees were chlorosis and inward curling in the leaves, small leaves, reddening and shoot proliferation. As a result of field surveys, a total of 110 plum samples from 9 different plum varieties and 30 insects identified as Psammotettix provincialis belonging to the Cicadellidae family were collected from these orchards. Phytoplasma was detected in 29 of the plum samples tested by Nested-PCR analyses and 8 PCR products were cut with RsaI and SspI restriction endonuclease enzymes for RFLP analysis and 4 were found to be infected with Apple proliferation phytoplasma (Candidatus Phytoplasma mali) and 4 other plum samples were infected with Pear decline phytoplasma (Candidatus Phytoplasma pyri). 16 of the 30 P. provincialis individuals tested by Nested-PCR analyses were found to be positive for phytoplasma. In the phylogenetic analyzes performed, it was determined that these individuals were infected with Candidatus Phytoplasma asteris (16SrI). 22 out of 29 phytoplasma positive isolates were sent for sequence analysis and the obtained sequences were subjected to virtual RFLP analysis with 17 restriction enzymes [AluI, BamHI, BfaI, BstUI (ThaI), DraI, EcoRI, HaeIII, HhaI, HinfI, HpaI, HpaII, KpnI, Sau3AI (MboI), MseI, RsaI, SspI and TaqI] were cut and the obtained band profiles were compared with reference isolates. As a result of virtual RFLP analysis, 11, 4, 3, 2 and 2 isolates gave a similar enzyme cut profile with Ca. P. mali, Ca. P. prunorum, Ca. P. pyri, Ca. P. asteris and Ca. P. trifolii, respectively.

Benzer Tezler

  1. Ödemiş (İzmir) ilçesi sert ve yumuşak çekirdekli meyve fidanlıklarında bulunan bitki paraziti nematod faunasının belirlenmesi

    Determination of plant parasitic nematode fauna in stone fruit and pome fruit nurseries in Odemis (Izmir)

    VAHİT YILDIZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. UĞUR GÖZEL

  2. Edirne ili merkez ve köylerinde Von Willebrand hastalığı sıklığının saptanması

    The prevalence of Von Willebrand's disease in the province of Edirne and its villages

    TÜRKER KUNDAK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    HematolojiTrakya Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUZAFFER DEMİR

  3. İzmir ili ve civarında satışa sunulan beyaz peynir örneklerinde nitrat ve nitrit aranması üzerine bir araştırma

    A research on determination of nitrate and nitrite contens of white cheese samples consumed in İzmir and around

    DENİZ İLKNUR YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Gıda MühendisliğiTrakya Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. OSMAN ŞİMŞEK

  4. İzmir ili Gaziemir ilçesi mevcut alan kullanım kararları ve açık yeşil alanların saptanması üzerine bir araştırma

    This research has been performed in Gaziemir district which has an important effect in industrial development and has been carried out a rapid urbanization process recently in İzmir city

    ELVAN DERYA ERBATMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Peyzaj MimarlığıEge Üniversitesi

    Peyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ENGİN NURLU

  5. İzmir ili ve çevresindeki tavuk kesimhanelerinin yapısal ve işlevsel yönünden incelenmesi

    The Functional features of the poultry slaughterhouses which located in the center and at the surroundings of İzmir

    UĞUR GEZERTEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    ZiraatEge Üniversitesi

    Zootekni Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. Z. SERVET YALÇIN