Transcriptional responses to long-term salinity stress and acclimation in Mytilus galloprovincialis from bosphorus
Boğaz Mytilus galloprovincialis'inin uzun vadeli tuzluluk stresine gen anlatımsal yanıtları ve aklimasyonu
- Tez No: 711028
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM RAŞİT BİLGİN, PROF. DR. ANDRZEJ FURMAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 248
Özet
Ciddi çevresel koşullarının değişimlerine maruz kalmasına rağmen varlığını sürdürebilmesinden ötürü Mytilus galloprovincialis adaptasyon mekanizmalarını çalışmak için ideal bir türdür. Bu çalışmada bu türün kronik ve kademeli olarak uzun dönemde uygulanan tuzluluk stresi aklimasyonu, RNA-Seq ve de novo transkriptome ile gen ekspresyon, yolak ve gen seti zenginleşme analizleri kullanılarak incelenmiştir. Sonuçlarımızda; düşük tuzluluk yüksek enerji gereksinimi yaratmış, kolinerjik silyer stimülasyonu ve kalsiyum sinyalleşmesi, tranksriptomil tepkide yer almış, hacim regülasyonu ise hücre zarı geçirgenliğinin ve nitrojen metabolizmasının alterasyonu ile sağlanmıştır. Araşidonik asit metabolizması ve Na+/K+ pompası bu bağlamda tuzluluk ile ters yönde regüle olurken, tuzluluk stresiyle serin, prolin, glisin, ornitin ve betain sentezinde görev alan genler regüle olmuş, protein döngüsü ve nükleotid metabolizması da tuzluluk stresi ile ters regüle olmuştur. Sonuçlarımızdaki iki regülasyon özellikle dikkat çekmektedir. Enerji gereksinimiyle paralel şekilde (tuzluluk stresine ters), oksijenli ve oksijensiz solunum genleri paralel regüle olmuş, ayrıca karşılıklı düzenlenen süreçlerin, glikolizin ve glukoneogenezin genleri de paralel olarak regüle olmuştur. Bu metabolik regülasyonlara kanserde rastlanmaktadır. Kanserin pek çok çeşidi ve sebebi olmasına rağmen, apoptozun baskılanması ve sonuçlarımızda da çıkmış olan metabolik regülasyonlar gibi, ortak olarak hücrelerin hayatta kalmasını ve çoğalımını destekleyecek adaptasyonları da içerir. Önemli olarak sonuçlarımızda, bu regülasyonlara paralel şekilde p53 ve p63 odaklı, TP53 apoptoz efektör (PERP), TLR'ler ve TNFSF14'ün katılımıyla apoptoz tetiklenmiştir. Çalışmamızda çıkmış olan ve bu çerçevedeki hücre ölümünü tetikleyen mekanizmada görev alan gen ve yolakların anlaşılması ve insandaki izdüşümlerinin araştırılması, kanseri anlamamızda ve aşı gibi tedavi edici, koruyucu ürünleri geliştirmemizde önemli olabilir.
Özet (Çeviri)
Mytilus galloprovincialis is an ideal model organism for studying adaptation, as it can inhabit highly variable environments. We examined its acclimation to chronic and gradual long-term salinity stress. Gene expression, pathway and gene set enrichment analyzes were used with RNA-Seq with de novo transcriptome. In our results, low salinity was observed to be correlated with high energy expenditure. Cholinergic ciliary stimulation and calcium signalling were involved. Volume regulation was enhanced by nitrogen metabolism and alterations of membrane permeability. Arachidonic acid metabolism and Na+/K+ pump were inversely regulated with salinity in this context. Genes involved in the synthesis of serine, proline, glycine, ornithine and betaine were also regulated. Protein turnover and nucleotide metabolism were also inversely regulated with salinity. In addition to these regulations, some of the observed metabolic regulations are associated with cancereous cells, as well. Parallel to energy requirement, aerobic and anaerobic respiration genes were parallely regulated, as well as genes of reciprocally regulated processes of glycolysis and gluconeogenesis. Although there are many types/causes of cancer, there are common adaptations that support survival and proliferation, such as apoptosis suppression and the aforementioned metabolic regulations. In addition, in our study, parallel with these metabolic regulations, p53 and p63 originated apoptosis were triggered with participation of TP53 apoptosis effector (PERP), TLRs and TNFSF14. Understanding genes and pathways that triggers apoptosis in this context in our study, and investigating their projections in humans, may be important in our understanding of cancer and in developing therapeutic and protective products such as vaccines.
Benzer Tezler
- An integrated approach to investigate tor signaling mechanism in Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae'da tor sinyal ileti mekanizmasının bütünleştirilmiş bir yaklaşımla incelenmesi
ELİF DERELİ
Doktora
İngilizce
2013
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- A system based approach to understand human disorders using saccharomyces cerevisiae as a model organism
Hastalıkların mayada sistem bazlı bir yaklaşım ile incelenmesi
AYÇA CANKORUR ÇETİNKAYA
Doktora
İngilizce
2013
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- Drosophila melanogaster'de Deltamethrin ve Thiamethoxam 'a karşı oluşturulan insektisit direncinde P450, GST ve ABC sinyal yolaklarının rolü
The role of P450, GST and ABC signaling pathways in the insecticide resistance against to Deltamethrin and Thiamethoxam in Drosophila melanogaster
FERAH YAMAÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyoteknolojiTrakya ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OĞUZHAN DOĞANLAR
- Venturia oleaginea (Castagne) ile enfekte olmuş zeytin yapraklarındaki halkalı leke şiddetine bağlı fizyolojik ve biyokimyasal değişimler
Physiological and biochemical changes associated with leaf spot severity in the olive leaves infected with Venturia oleaginea (Castagne)
MELİS YÜNLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiEge ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AŞKIM HEDİYE ÇETİNEL
- Kuraklık stresi uygulanmış mercimek (Lens Culinaris Medik.) bitkisinin RNA dizileme yöntemi ile transkripsiyonel analizi
Transcriptional analysis of lentil (Lens culinaris Medik.) plant exposed to drought stress by RNA sequencing method
HANDE MORGİL
Doktora
Türkçe
2019
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜL CEVAHİR ÖZ
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI