Sialik asit biyosentezinde rol oynayan NANS ve CMAS genlerinin sialiltransferaz gen ailesi ile ilişkisinin karaciğer hepatoselüler karsinom primer tümör örneklerinde biyoinformatik araçlarla belirlenmesi
Determination of the relationship between NANS / CMAS genes involved in sialic acid biosynthesis and the sialyltransferase gene family in liver hepatocellular carcinoma primary tumor samples by bioinformatic tools
- Tez No: 716621
- Danışmanlar: PROF. DR. REMZİYE DEVECİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Genler, Karsinoma-hepatoselüler, Neoplazmlar, Siyalik asitler, Genes, Carcinoma-hepatocellular, Neoplasms, Sialic acids
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kanser günümüzde en yaygın ve ölümcül hastalıkların başında gelir. Karaciğer Hepatoselüler Karsinom, en sık görülen altıncı kanser türüdür ve diğer kanserlere kıyasla ölüm oranının çok yüksek olması nedeniyle tedavi edilebilmesi ya da başlangıç aşamasında hastalığının önüne geçilmesi adına prognoz hedeflerininin bulunması çok büyük önem taşımaktadır. Sialik asitlerin anormal ifadesi tüm kanserlerde olduğu gibi karaciğer kanserlerinde de görülür. Anormal sialilasyonun nedenleri arasında sialiltransferazların ekspresyonundaki artış bulunmaktadır. Bu nedenle bu tez çalışmasında, karaciğer kanserlerinden hepatoselüler karsinom tercih edilmiş ve sialik asit biyosentez yolağında rol alan, fosforile sialik asit formları oluşturan NANS ve sialik asitlerin, sitidin-monofosfat diestere aktivasyonunu katalize eden CMAS genleri ile glikanlara sialik asit eklenmesinden sorumlu sialiltransferazlar arasındaki korelasyonu araştırmak ve ıslak laboratuvar çalışması için hedef molekülleri in silico yöntemlerle belirlemek amaçlanmıştır. Bunun için, kanser Genom Atlası'ndan (TCGA) sağlanan ekspresyon verileri (50 normal doku, 371 Karaciğer Hepatoselüler Karsinomu primer tümör örneği) ve klinik bilgiler kullanılmıştır. Ekspresyon seviyeleri farklılık gösteren genleri bulmak için Diferansiyel Ekspresyon Analizi ve sonrasında bu genlerin ortak olarak paylaştıkları yolakları tespit etmek adına GSE analizi yapılmıştır. Prognostik genleri belirlemek için sağkalım analizi yapılmış ve son olarak da ağırlıklı korelasyon ağ analizi (WGCNA)'den yararlanılmıştır. Biyoinformatik analizler sonucunda, sialik asit biyosentez yolağında yer alan NANS geni ile sialiltransferaz gen ailesi üyelerinden ST6Gal1 (R= -0.33, p=7.1e-12), ST8Sia6 (R= -0.32, p=1.4e-11) genleri arasında negatif, ST6GalNAc4 (R=0.51, p<2.2e-16) geni arasında orta düzeyde pozitif korelasyon bulunmuştur. Ayrıca, ST6GalNAc3, ST6Gal1 ve ST8Sia6 genlerinin yüksek ekspresyonunun, ST6GalNAc4'ün ise düşük ekspresyonunun olumlu genel sağkalım ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir (p < 0.05). In silico yöntemlerle elde edilen bu bulgularun, ıslak laboratuvar çalışmaları için yol gösterici olması ve ilgili moleküllerin gelecekteki çalışmalarda tedaviye yönelik hedef moleküller olarak kullanılabilir olmaları hedeflenmektedir.
Özet (Çeviri)
In today's world, cancer is one of the most prevalent and lethal diseases. In cancer treatment, early prognosis and response are crucial for the successful recovery of the patients. Thus, the recent researches have focused on identifying new prognosis targets for the early diagnosis of cancer. Liver Hepatocellular Carcinoma (LIHC) is the sixth most common type of cancer. Due to its lethality compared to other types of cancers, early diagnosis of LIHC carry more weight for its successful treatment. In liver carcinomas, as well as in other types of cancers, hypersialylation, the addition of sialic acids to cell surface glycans by sialyltransferases, is prevalently observed. It was suspected that the genes involved in sialic acid biosynthesis, with the differential expression of sialyltransferases, may be involved in cancer progression. Therefore in this study; correlations between the expressions of NANS gene, which is responsible for creating phosphorylated sialic acid forms, and CMAS gene, which catalyzes the activation of sialic acids into cytidine-monophosphate diester, and the various sialyltransferases have been analyzed in silico, in order to understand their role in the progression of liver hepatocellular carcinoma. In order to be used in silico analyses, digital gene expression data of 50 normal and 371 Liver Hepatocellular Carcinoma tissue samples, as well as patients' clinical data were acquired via The Cancer Genome Atlas (TCGA). To identify the differentially expressed genes, differential expression analysis was performed on the digital gene expression data. Identified differentially expressed genes were used in Gene Set Enrichment Analysis to uncover the pathways that were activated or suppressed. Expression data, combined with the clinical data, was also used in survival analyses for the identification of prognostic genes. Finally, Weighted Gene Correlation Network Analysis (WGCNA) was performed to find the highly correlated genes. Results of the in silico analyses show that, NANS gene is negatively correlated with sialyltransferases ST6Gal1 (R= -0.33, p=7.1e-12) and ST8Sia6 (R= -0.32, p=1.4e-11), while being positively correlated with ST6GalNAc4 (R=0.51, p<2.2e-16). In addition to this, elevated expression of ST6GalNAc3, ST6Gal1, and ST8Sia6, as well as decreased expression of ST6GalNAc4 was related to increased overall survival of the patients (p < 0.05). It is aimed that these findings obtained by in silico methods will be a guide for future in vitro studies and that the relevant molecules can be used as target molecules for therapeutic approaches.
Benzer Tezler
- İki katlı pamuk ipliklerinden dokunan kumaşlarda örgüye bağlı olarak maksimum atkı sıklığının değişimi üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
MELTEM ASLI NARTER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER
- Traditional vernacular houses in Anatolia: The question of evaluative criteria
Anadolu geleneksel yöresel konut mimarlığında değerlendirme ölçütleri sorunu
OKAN ÜSTÜNKÖK
Doktora
İngilizce
1987
MimarlıkOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖNÜL TANKUT
- Çeşitli rib örgülerin boyutsal özellikleri üzerine bazı araştırmalar
Başlık çevirisi yok
ARZU YAĞCI
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ARİF KURBAK
- İş kazaları: Genel değini ve üç örnek iş kolu incelemesi
Başlık çevirisi yok
SERPİL ERÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Çalışma Ekonomisi ve Endüstri İlişkileriGazi ÜniversitesiKazaların Çevresel ve Teknik Araştırması Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Laboratuvarda üretilen chrysoperla carnea (steph.) (neuroptera: Chhrysopidae)'nın biyolojisine farklı iki besinin etkisi üzerinde bir araştırma
An Investigation on the effect of two different food to the biology of chrysoperia carnea (steph.) (neurotena: Chrysopidae) which are reaned in laboratory
ÜMMÜHAN AKGÜN
- Çalışan dokuma tezgahında atkı sıklığının sürekli ölçümü ile sıklık değişiminin bilgisayar yardımıyla matematiksel analizi üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
GÖNÜL ŞENGÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER