Sialik asit biyosentezinde rol oynayan NANS ve CMAS genlerinin sialiltransferaz gen ailesi ile ilişkisinin karaciğer hepatoselüler karsinom primer tümör örneklerinde biyoinformatik araçlarla belirlenmesi
Determination of the relationship between NANS / CMAS genes involved in sialic acid biosynthesis and the sialyltransferase gene family in liver hepatocellular carcinoma primary tumor samples by bioinformatic tools
- Tez No: 716621
- Danışmanlar: PROF. DR. REMZİYE DEVECİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
Kanser günümüzde en yaygın ve ölümcül hastalıkların başında gelir. Karaciğer Hepatoselüler Karsinom, en sık görülen altıncı kanser türüdür ve diğer kanserlere kıyasla ölüm oranının çok yüksek olması nedeniyle tedavi edilebilmesi ya da başlangıç aşamasında hastalığının önüne geçilmesi adına prognoz hedeflerininin bulunması çok büyük önem taşımaktadır. Sialik asitlerin anormal ifadesi tüm kanserlerde olduğu gibi karaciğer kanserlerinde de görülür. Anormal sialilasyonun nedenleri arasında sialiltransferazların ekspresyonundaki artış bulunmaktadır. Bu nedenle bu tez çalışmasında, karaciğer kanserlerinden hepatoselüler karsinom tercih edilmiş ve sialik asit biyosentez yolağında rol alan, fosforile sialik asit formları oluşturan NANS ve sialik asitlerin, sitidin-monofosfat diestere aktivasyonunu katalize eden CMAS genleri ile glikanlara sialik asit eklenmesinden sorumlu sialiltransferazlar arasındaki korelasyonu araştırmak ve ıslak laboratuvar çalışması için hedef molekülleri in silico yöntemlerle belirlemek amaçlanmıştır. Bunun için, kanser Genom Atlası'ndan (TCGA) sağlanan ekspresyon verileri (50 normal doku, 371 Karaciğer Hepatoselüler Karsinomu primer tümör örneği) ve klinik bilgiler kullanılmıştır. Ekspresyon seviyeleri farklılık gösteren genleri bulmak için Diferansiyel Ekspresyon Analizi ve sonrasında bu genlerin ortak olarak paylaştıkları yolakları tespit etmek adına GSE analizi yapılmıştır. Prognostik genleri belirlemek için sağkalım analizi yapılmış ve son olarak da ağırlıklı korelasyon ağ analizi (WGCNA)'den yararlanılmıştır. Biyoinformatik analizler sonucunda, sialik asit biyosentez yolağında yer alan NANS geni ile sialiltransferaz gen ailesi üyelerinden ST6Gal1 (R= -0.33, p=7.1e-12), ST8Sia6 (R= -0.32, p=1.4e-11) genleri arasında negatif, ST6GalNAc4 (R=0.51, p
Özet (Çeviri)
In today's world, cancer is one of the most prevalent and lethal diseases. In cancer treatment, early prognosis and response are crucial for the successful recovery of the patients. Thus, the recent researches have focused on identifying new prognosis targets for the early diagnosis of cancer. Liver Hepatocellular Carcinoma (LIHC) is the sixth most common type of cancer. Due to its lethality compared to other types of cancers, early diagnosis of LIHC carry more weight for its successful treatment. In liver carcinomas, as well as in other types of cancers, hypersialylation, the addition of sialic acids to cell surface glycans by sialyltransferases, is prevalently observed. It was suspected that the genes involved in sialic acid biosynthesis, with the differential expression of sialyltransferases, may be involved in cancer progression. Therefore in this study; correlations between the expressions of NANS gene, which is responsible for creating phosphorylated sialic acid forms, and CMAS gene, which catalyzes the activation of sialic acids into cytidine-monophosphate diester, and the various sialyltransferases have been analyzed in silico, in order to understand their role in the progression of liver hepatocellular carcinoma. In order to be used in silico analyses, digital gene expression data of 50 normal and 371 Liver Hepatocellular Carcinoma tissue samples, as well as patients' clinical data were acquired via The Cancer Genome Atlas (TCGA). To identify the differentially expressed genes, differential expression analysis was performed on the digital gene expression data. Identified differentially expressed genes were used in Gene Set Enrichment Analysis to uncover the pathways that were activated or suppressed. Expression data, combined with the clinical data, was also used in survival analyses for the identification of prognostic genes. Finally, Weighted Gene Correlation Network Analysis (WGCNA) was performed to find the highly correlated genes. Results of the in silico analyses show that, NANS gene is negatively correlated with sialyltransferases ST6Gal1 (R= -0.33, p=7.1e-12) and ST8Sia6 (R= -0.32, p=1.4e-11), while being positively correlated with ST6GalNAc4 (R=0.51, p
Benzer Tezler
- Investigation of CYP17A1 and CYP19A1 gene expression levels and aromatase activity in invasive ductal breast cancer tissues
Duktal meme kanseri olgularında CYP17A1 and CYP19A1 gen bölgelerinin ekspresyonlarının ve aromataz aktivitelerinin incelenmesi
METE BORA TÜZÜNER
Doktora
İngilizce
2017
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN BERMEK
PROF. DR. OĞUZ ÖZTÜRK
- Beta galaktozid alfa-2,6-siyaliltransferaz (ST6Gal1)'ın Sporadik İnklüzyon Cisimcik Miyoziti (sIBM) patogenezindeki rolünün in vitro model oluşturularak araştırılması
Identification of the role of beta galactoside alpha-2,6-sialyltransferase (ST6Gal1) in the pathogenesis of Sporadic Inclusion Body Myositis (s-IBM) by the use of an in-vitro culture model
BURCU BALCI
Doktora
Türkçe
2008
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PERVİN DİNÇER
- Sialik asit'in baş-boyun kanserlerindeki prognostik önemi
Prognostic importance of sialic acid in head and neck cancer
OSMAN YAZICILAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
Kulak Burun ve Boğazİstanbul ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT TOPRAK
- Sialik asit ölçüm yöntemlerinin irdelenmesi ve kronik böbrek yetmezlikli hastalarda LDL sialik asit düzeyleri
The Examination of the methods of the acid measurement and the level of LDL sialic acid in the patients with chronic renal failure
AYBARS GÜNAYDIN
- Galleria mellonella (Lepidoptera)'da beyin nörosekresyon hücrelerinde mikroskobik (Floresan ve elektron) ve analitik (Cap LC-ESI-MS/MS) yöntemlerle sialik asit belirlenmesi
Determination of sialic acid in Galleria mellonella brain neurosecretory cells with microscopic (Florescence and elektron) and analytical (Cap LC-ESI-MS/MS) methods
SANAZ NAGHAVİ