Farklı pamuk gen kaynaklarının iPBS markörleri ile karakterizasyonu ve bu markörlerin solgunluk hastalıklarıyla ilişkilendirilmesi
The characterization of different germplasms of cotton using iPBS markers and the association of these markers with wilt diseases
- Tez No: 719751
- Danışmanlar: PROF. DR. MEFHAR GÜLTEKİN TEMİZ, DOÇ. DR. FAHEEM SHAHZAD BALOCH
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dicle Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 241
Özet
Pamuk (Gossypium spp.) tarımı,Verticillium wilt ve Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum 'un neden olduğu solgunluk hastalıklarından önemli derecede etkilemektedir. Bu çalışma, Gossypium ssp L. türüne ait dünyanın farklı bölgelerinde yetiştirilen ve farklı genetik özelliklere sahip 128 pamuk genotipleri kullanılarak yürütülmüştür. Çalışmada pamuk genotiplerinin solgunluk hastalığına toleransları (iPBS)moleküler markörler kullanılarak karakterize edilmiş ve solgunluk hastalıklarına tolerant olan genotiplerin morfolojik özellikleri ile çalışmada kullanılan iPBS markörlerinin ilişkilendirme haritaları oluşturulmuştur. Ayrıca genotiplerin solgunluk hastalığının değerlendirmesi pamuğun koza açma periyodunun %50-60 olduğu dönemde 0-4 skalasına göre; ikinci hastalık değerlendirmesi ise, gövde yatay kesitlerindeki renk değişimlerine göre hasat sonrası 0-3 skalasına göre yapılmıştır. Çalışma sonucunda toplamda 286 adet polimorfik bant görülmüş ve ortalama polimorfizm oranı %99,64 olarak saptanmıştır. Markörlerin ortalama polimorfizm değeri (PIC) 0,30, ortalama gen çeşitliliği (H) 0,29, ortalama Shannon değeri (I) 0,44, etkili allel sayısı (NE) 1,48 ve toplam genetik çeşitliliği (HT) 0,27 olarak hesaplanmıştır. Bu çalışmada pamuk genotiplerinin Nei genetik mesafelerinin 0,0574 ile 0,996 arasında değiştiği ve ortalama olarak 0,325 değerinde genetik mesafe olduğu görünmüştür. 128. (Dp-499) ve 42. (Giza7) genotipler, genetik olarak birbirlerine en uzak (0,996) genotipler olarak belirlenmiştir. 126. (Es-1) ve 125. (St-468) genotipler ise, birbirine en yakın (0.0574) genotipler olarak belirlenmiştir. UPGMA methoduna göre yapılan filogenetik analiz sonucuna göre, 128 pamuk genotipi A ve B olmak üzere iki ana gruba ayrılmıştır. A grubunda toplamda 3 adet pamuk genotipi bulunmaktayken; geri kalan 125 genotip ise B grubu içerisinde yer almıştır. A grubunda yer alan genotipler; 42 nolu Giza7, 72 nolu Nazili87 ve 2 nolu Agala sindou olarak tespit edilmiştir. B grubu kendi içerisinde iki (B1 ve B2) alt gruptan meydan gelmiştir. B1 alt grubunda 7 nolu Aşkabat100 genotipi yer alırken, B2 alt grubunda ise geriye kalan tüm pamuk genotiplerinin yer aldığı belirlenmiştir. Popülasyon yapısı analizine göre, pamuk genotpileri dört alt popülasyondan (K=4) oluşmaktadır.128 pamuk genotipinin 35'i (%27,34) A alt popülasyonunda, 26'sı (%20,31) B alt popülasyonunda, 29'u (%22,66) C alt popülasyonunda ve 22'si (%17.19) ise D alt popülasyonunda gruplanmıştır. %80 aitlik katsayısına göre, 16 genotip (%12.5) admix olarak gruplandırılmıştır.Çalışmada kullanılan markörler Genel Doğrusal Model (GLM) ve Karışık Doğrusal Model (MLM) yöntemleri kullanılarak oluşturulan ilişkilendirme haritasına göre, ilgili fenotipik özelliklerle ilişkilendirilmiştir. MLM'ye göre, yapraklarda solgunluk hastalığı ile bağlantılı dokuz markör, %50-60 koza açma döneminde 20 lokusla ilişkilendirilirken (P
Özet (Çeviri)
Cotton (Gossypium spp.) cultivation is significantly affected by wilt diseases, caused by Verticillium dahliae Kleb and Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum. This study was conducted using 128 cotton genotypes,belonging to the Gossypium ssp L., collected from the different regions of the world. The tolerances of cotton genotypes to the wilt diseases were investigated by using inter primer binding site (iPBS) molecular markers. Also, tolerances of the genotypes to wilt diseases were associated with the markers used in the study. The trials were conducted with augmented trial design under naturally infested trial fields of Faculty of Agriculture at Dicle University, Diyarbakir, Turkey, between 2019 and 2020 growing seasons. The disease scoring was made at two different time periods according to the disease severity indices. The first disease evaluation was performed at 50-60% of ball opening period of cotton, based on 0-4 scale, whilst the second disease evaluation was carried out relying on 0-3 scale, after harvesting, according to color alterations in cross-sections of stems. As a result, 286 polymorphic bands were identified, and rate of polymorphism was found 99.64 %. Polymorphic information content of markers (PIC), the average gene diversity (H), Shannon index (I), effective number of alleles (NE), and overall gene diversity (HT) were calculated as in turn 0.30, 0.29, 0.44. 1,48 0,27. Nei's genetic distance of cotton genotypes were between 0.0574 and 0.996, and the average distance among the genotypes was found 0.325. whereas 128th (Dp-499) and 42nd (Giza7) genotypes were the farthest cotton genotypes (0,996), the closest distance (0.0574) was identified between 126th (Es-1) and 125th (St-468) genotypes. Phylogenetic analysis by UPGMA clustering method indicated that 128 cotton genotypes were separated into two main groups, called A and B. Only three genotypes (Giza7 with number 42, Nazili87 with 72 number, and Agala sindou with number 2) were present in the group A whereas 125 other genotypes were in the group B. The main group B was divided into two subclades called B1 and B2. B1 was consisted of only one genotype (Aşkabat100 with number 7) whereas all other cotton genotypes were clustered under B2 subclade. According to Population structure analysis, the studied 128 cotton genotypes were consisted of four subpopulations (K=4). 35 (27.34%), 26 (20.31%), 29 (22.66%), and 22 (17.19%) of 128 cotton genotypes were clustered in A, B, C, and D subpopulations, respectively. 16 genotypes (12.5%) were grouped as admix according to 80% of belongingness coefficient. Markers used in the study were associated with phenotypic traits of interest according to Association mapping generated using General Linear Model (GLM) and Mixed Linear Model (MLM) methods. According to MLM, whereas nine markers were associated with 20 loci in 50-60% ball opening period (p
Benzer Tezler
- Bitki moleküler filogenisinde kullanılan bazı gen ve metodların karşılaştırılması
Comparison of some genes and methods used in plant molecular phylogeny
BEHCET İNAL
- Farklı pamuk çeşitlerinde ın vıtro sürgün rejenerasyonu ve Agrobacterium tumefaciens aracılığıyla gen aktarımı
In vitro shoot regeneration and Agrobacterium tumefaciens-mediated gen transfer in different cotton cultivars
EMİNE ANAYOL
- Farklı pamuk genotipleri ile bunların F1 melez populasyonlarında verticilliuma karşı dayanıklılığın ve bazı tarımsal özelliklerin kalıtımının saptanması
The determination of inheritance of resistance to verticillium and agronomical characteristics in different cotton genotypes and their F1 hybrid popolations
VOLKAN SEZENER
Doktora
Türkçe
2008
ZiraatAdnan Menderes ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYDIN ÜNAY
- Farklı pamuk türlerine ait çeşitlerin diallel melezlerinde önemli agronomik ve teknolojik özelliklerin kalıtımının saptanması
Determination of inheritance of some important agronomical and technological properties in the diallel crosses of some varieties belong to different cotton species
SÜLEYMAN ÇİÇEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
ZiraatAdnan Menderes ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MUSTAFA ALİ KAYNAK
- Lif ve hav oluşumuyla ilişkili dna markörlerinin pamuk (Gossypium hirsutum L.) genomunda haritalanması ve QTL analizi
Mapping of genes related to fiber and fuzz formation in cotton (Gossypium hirsutum L.) genome and QTL analiysis
ADEM BARDAK
Doktora
Türkçe
2012
BiyoteknolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YÜKSEL BÖLEK