Bitki moleküler filogenisinde kullanılan bazı gen ve metodların karşılaştırılması
Comparison of some genes and methods used in plant molecular phylogeny
- Tez No: 316118
- Danışmanlar: DOÇ. MEHMET KARACA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 236
Özet
Canlıların sınıflandırılması ve canlı birliklerinin sınırlarının çizilmesi gözleme ve deneye dayalı sistemli bilgi üretmeye başlanmasıyla birlikte karşılaşılan en karmaşık problemlerden biri olmuştur. Bu amaçla araştırmacılar birçok kuram ve metot geliştirerek var olan canlı çeşitliliğini saptamaya çalışmışlardır. Bu çeşitliliği ortaya koyan moleküler sistematik çalışmaları özellikle son 20 yıldır hızla gelişmektedir. Bu gelişme süreci içinde dizi analizlerinin kullanımı ve yeni filogenetik analiz metotlarının bulunması moleküler sistematiğe de katkı sağlamaya başlamıştır. Filogenetik bilgi açısından morfolojik karakterlerin yetersiz olduğu fosil kaynaklarının bulunmadığı durumlarda dizi analizleri filogenetik analizler için çok faydalı olmaktadır. Bu çalışmada, filogenetik çalışmalarda etkin olarak kullanılabilecek gen, gen bölgesi, gen sayısı, genin hücresel lokasyonu (kloroplast, nükleus), gen veya genler için hizalama yöntemleri (alignment) ve hizalama yöntemleri ile hizalanmış veriler yaygın filogenetik analiz yöntemleri ve programları kullanılarak değerlendirilmiştir. Çalışmada dört farklı alignment programı (CLUSTAL W, T-COFFEE, MAFFT, MUSCLE) ve bu programlarda bulunan iki farklı algoritma kullanılmıştır.Filogenetik yöntemlerin karşılaştırılması için uzunluk (?Distance?), Maksimum Olası (Maksimum Liklelihood, ML), Maksimum Parsimoni (Maximum Parsimony, MP) ve Bayes-MCMC (BI) yöntemleri iki farklı veri seti kullanılarak karşılaştırılmıştır. Veri setlerinden birincisi 44 pamuk (Gossypium) türünden oluşturulmuş olup burada ITS1, ITS2, ITS1-ITS2 nüklear ribozomal RNA'ya ait DNA dizileri, ikinci veri seti ise çalı, ağaçsı, otsu, monokotiledon ve dikotiledondan oluşan toplam 60 taksondan ve 5 farklı lokustan (matK, trnH-psbA, accD, rpoC1, rpoB) oluşturulmuştur. Çalışmamız sonucunda yaptığımız analizlere dayanarak kullanılan alignment (hizalama) programlarından olan MAFFT'ın mevcut sekans verilerimizi en uygun bir şekilde hizalayarak doğru Gossypium ağaç topolojisini vermiştir. Aynı zamanda filogenetik metodları analiz etmek için mevcut veriye en uygun subtitüsyon modeli olarak GTR ve TN93 modeli önerilmiştir. Çalışmada kullanılan atmış bitki taksonu için ise bitki gruplarını yüksek posterior probability değerleri ayırt ettiğinden matK, ve trnH-psbA ilgili bitki grubu için markır geni olarak belirlenmiştir.ANAHTAR KELİMELER: Filogeni, moleküler sistematik, biyoinformatik, filogenetik analiz
Özet (Çeviri)
Drawing the boundaries of the classification of living organisms and living units to produce systematic knowledge based on observations and experiments with the introduction has been one of the most complex problems. For this purpose, researchers have developed many theories and methods to determine the diversity of the livings. The molecular systematic studies that reveal biodiversity have been rapidly evolving in the last 20 years. In this developing process using sequence analysis and methods of phylogenetic analysis of molecular systematic have also started to contribute the phylogenetic studies. In terms of phlogenetic information when morphological characters and fasils are insufficient for phylogenetic studies. DNA sequence analysis is very useful for phylogenetic studies. In this study, genes, gene regions, the cellular location of the gene (chloroplast, nucleus), the number of genes, which use in phylogenetic studies efficiently, four alignment programs (CLUSTAL W, T-COFFEE, MAFFT, MUSCLE), aligned data sets with these alignment methods and algorithms using common phylogenetic analysis programs were evaluated.In order to compare phylogenetic methods Distance (D), Maximum Likelihood (ML), Maximum Parsimony (MP), and Bayesian-MCMC (BI) were compared using two different data sets. Hereby, the first data set was composed of 44 cotton (Gossypium) species. This set was assessed using ITS1, ITS2, and ITS1-ITS2 DNA sequences of nuclear ribosomal RNA. The second set composed of 60 taxa containing shrubs, woody, herbaceous, monocotyledon and dicoytledon were evaluated using 5 different chloroplast genes (matK, trnH-psbA, accD, rpoC1, rpoB).The consequence of this study, based on our analysis, MAFFT alignment software aligned our data the best fit and had gave the right tree topology for Gossypium species. At the same time the most appropriate subtitüsyon models were GTR and TN93 for the current data. Based on the bootstrap and posterior probability values matK and trnH-psbA genes were determined as the marker genes for the sixty plant taxa used in the study.KEYWORDS: Phylogeny, molecular systematic, bioinformatic, phylogeny analysis
Benzer Tezler
- Türkiye'deki Rosaceae familyasına mensup bazı cinslerin (Aria, Hedlundia, Sorbus ve Torminalis) morfolojik ve moleküler filogenetik yönden araştırılması
Morphological and molecular phylogenetic investigation of some genus of Rosaceae family (aria, hedlundia, Sorbus and Torminalis) in Turkey
HAYAL AKYILDIRIM BEĞEN
Doktora
Türkçe
2022
BiyolojiArtvin Çoruh ÜniversitesiOrman Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZGÜR EMİNAĞAOĞLU
- Patojen ilişkili protein 1 (pr-1) genlerinin karpuz bitkisinde (Citrullus lanatus (Thumb.) Matsum. & Nakai) genom çapında in-silico analizi
Genome-wide in-silico evaluation of pathogen-related protein 1 (pr-1) genes in watermelon (Citrullus lanatus (Thumb.) Matsum. & Nakai)
TAMELLA SULEYMANOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Haliç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET EMİN URAS
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA ZAFER KARAGÖZLÜ
- Watermelon mosaic virus (WMV) izolatlarında P1 gen bölgesinin moleküler karakterizasyonu ve populasyon dinamikleri
Molecular characterization and population dynamics of the P1 gene region in watermelon mosaic virus (WMV) isolates
ÖMER AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ ÇELİK
- Investigation of the role of a canditate effector of wheat stripe rust pathogen in plant immunity
Aday sarıpas patojen efektör proteininin bitki immünitesindeki rolünün araştırılması
BAYANTES DAGVADORJ
Doktora
İngilizce
2016
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. MAHİNUR AKKAYA
Prof. Dr. ERDOĞAN EŞREF HAKKI
- Tuz ve kuraklık stresi altında geliştirilmiş farklı aspir (Carthamus tinctorıous) FAD2 geni mRNA ifade seviyelerinin qRT-PCR yöntemiyle belirlenmesi
Determination of FAD2 gene mRNA levels with qRT-PCR technique in safflower plants (Carthamus tinctorius) subjected to salt and drought stresses
MONİREH HASANBAGLOU