Geri Dön

Bitki moleküler filogenisinde kullanılan bazı gen ve metodların karşılaştırılması

Comparison of some genes and methods used in plant molecular phylogeny

PDF İndir

  1. Tez No: 316118
  2. Yazar: BEHCET İNAL
  3. Danışmanlar: DOÇ. MEHMET KARACA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 236

Özet

Canlıların sınıflandırılması ve canlı birliklerinin sınırlarının çizilmesi gözleme ve deneye dayalı sistemli bilgi üretmeye başlanmasıyla birlikte karşılaşılan en karmaşık problemlerden biri olmuştur. Bu amaçla araştırmacılar birçok kuram ve metot geliştirerek var olan canlı çeşitliliğini saptamaya çalışmışlardır. Bu çeşitliliği ortaya koyan moleküler sistematik çalışmaları özellikle son 20 yıldır hızla gelişmektedir. Bu gelişme süreci içinde dizi analizlerinin kullanımı ve yeni filogenetik analiz metotlarının bulunması moleküler sistematiğe de katkı sağlamaya başlamıştır. Filogenetik bilgi açısından morfolojik karakterlerin yetersiz olduğu fosil kaynaklarının bulunmadığı durumlarda dizi analizleri filogenetik analizler için çok faydalı olmaktadır. Bu çalışmada, filogenetik çalışmalarda etkin olarak kullanılabilecek gen, gen bölgesi, gen sayısı, genin hücresel lokasyonu (kloroplast, nükleus), gen veya genler için hizalama yöntemleri (alignment) ve hizalama yöntemleri ile hizalanmış veriler yaygın filogenetik analiz yöntemleri ve programları kullanılarak değerlendirilmiştir. Çalışmada dört farklı alignment programı (CLUSTAL W, T-COFFEE, MAFFT, MUSCLE) ve bu programlarda bulunan iki farklı algoritma kullanılmıştır.Filogenetik yöntemlerin karşılaştırılması için uzunluk (?Distance?), Maksimum Olası (Maksimum Liklelihood, ML), Maksimum Parsimoni (Maximum Parsimony, MP) ve Bayes-MCMC (BI) yöntemleri iki farklı veri seti kullanılarak karşılaştırılmıştır. Veri setlerinden birincisi 44 pamuk (Gossypium) türünden oluşturulmuş olup burada ITS1, ITS2, ITS1-ITS2 nüklear ribozomal RNA'ya ait DNA dizileri, ikinci veri seti ise çalı, ağaçsı, otsu, monokotiledon ve dikotiledondan oluşan toplam 60 taksondan ve 5 farklı lokustan (matK, trnH-psbA, accD, rpoC1, rpoB) oluşturulmuştur. Çalışmamız sonucunda yaptığımız analizlere dayanarak kullanılan alignment (hizalama) programlarından olan MAFFT'ın mevcut sekans verilerimizi en uygun bir şekilde hizalayarak doğru Gossypium ağaç topolojisini vermiştir. Aynı zamanda filogenetik metodları analiz etmek için mevcut veriye en uygun subtitüsyon modeli olarak GTR ve TN93 modeli önerilmiştir. Çalışmada kullanılan atmış bitki taksonu için ise bitki gruplarını yüksek posterior probability değerleri ayırt ettiğinden matK, ve trnH-psbA ilgili bitki grubu için markır geni olarak belirlenmiştir.ANAHTAR KELİMELER: Filogeni, moleküler sistematik, biyoinformatik, filogenetik analiz

Özet (Çeviri)

Drawing the boundaries of the classification of living organisms and living units to produce systematic knowledge based on observations and experiments with the introduction has been one of the most complex problems. For this purpose, researchers have developed many theories and methods to determine the diversity of the livings. The molecular systematic studies that reveal biodiversity have been rapidly evolving in the last 20 years. In this developing process using sequence analysis and methods of phylogenetic analysis of molecular systematic have also started to contribute the phylogenetic studies. In terms of phlogenetic information when morphological characters and fasils are insufficient for phylogenetic studies. DNA sequence analysis is very useful for phylogenetic studies. In this study, genes, gene regions, the cellular location of the gene (chloroplast, nucleus), the number of genes, which use in phylogenetic studies efficiently, four alignment programs (CLUSTAL W, T-COFFEE, MAFFT, MUSCLE), aligned data sets with these alignment methods and algorithms using common phylogenetic analysis programs were evaluated.In order to compare phylogenetic methods Distance (D), Maximum Likelihood (ML), Maximum Parsimony (MP), and Bayesian-MCMC (BI) were compared using two different data sets. Hereby, the first data set was composed of 44 cotton (Gossypium) species. This set was assessed using ITS1, ITS2, and ITS1-ITS2 DNA sequences of nuclear ribosomal RNA. The second set composed of 60 taxa containing shrubs, woody, herbaceous, monocotyledon and dicoytledon were evaluated using 5 different chloroplast genes (matK, trnH-psbA, accD, rpoC1, rpoB).The consequence of this study, based on our analysis, MAFFT alignment software aligned our data the best fit and had gave the right tree topology for Gossypium species. At the same time the most appropriate subtitüsyon models were GTR and TN93 for the current data. Based on the bootstrap and posterior probability values matK and trnH-psbA genes were determined as the marker genes for the sixty plant taxa used in the study.KEYWORDS: Phylogeny, molecular systematic, bioinformatic, phylogeny analysis

Benzer Tezler

  1. Tez No

    764553

    Türkiye'deki Rosaceae familyasına mensup bazı cinslerin (Aria, Hedlundia, Sorbus ve Torminalis) morfolojik ve moleküler filogenetik yönden araştırılması

    Morphological and molecular phylogenetic investigation of some genus of Rosaceae family (aria, hedlundia, Sorbus and Torminalis) in Turkey

    HAYAL AKYILDIRIM BEĞEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiArtvin Çoruh Üniversitesi

    Orman Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZGÜR EMİNAĞAOĞLU

  2. Tez No

    442317

    Investigation of the role of a canditate effector of wheat stripe rust pathogen in plant immunity

    Aday sarıpas patojen efektör proteininin bitki immünitesindeki rolünün araştırılması

    BAYANTES DAGVADORJ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    Prof. Dr. MAHİNUR AKKAYA

    Prof. Dr. ERDOĞAN EŞREF HAKKI

  3. Tez No

    653818

    Biçim sonrası kuraklık stresine maruz bırakılan yaygın yonca (Medicago sativa L.) genotiplerinde kuraklık stresine tolerantlığı sağlayan bazı spesifik genlerin ifade seviyelerinin belirlenmesi

    Determination of some specific drought related gene expression levels of alfalfa (Medicago sativa L.) applied drought stress rigth after cutting

    SELÇUK ÇETİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSKENDER TİRYAKİ

  4. Tez No

    66066

    Triticum ve aegilops cinslerine ait bazı türlerin kloroplast DNA'larının karşılaştırmalı analizleri

    Comparative analysis of chloroplast DNA in some triticum and aegilops species

    SELMA GÜLBİTTİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SİBEL TÜMER

  5. Tez No

    706092

    Domates ıslahında TSWV, TYLCV, FORL dayanımlarının hibrit verimine etkisi

    Effect of TSWV, TYLCV, FORL resistances on hybrid yield in tomato breeding

    ECE AKKÜL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyoteknolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEDİM MUTLU

Geri Dön