Meta analysis of RNA-Seq data for sugar beet (Beta vulgaris L.) under certain biotic and abiotic stresses
Belirli biyotik ve abiyotik streslerle ilişkili şeker pancarı (Beta vulgaris L.) RNA-Seq verilerinin meta analizi
- Tez No: 719915
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SONGÜL GÜREL, DR. ÖĞR. ÜYESİ ERCAN SELÇUK ÜNLÜ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 63
Özet
Şeker pancarı (Beta vulgaris) dünya şeker üretiminin %30'unu karşılamaktadır. Üretim alanlarındaki toprak kirliliği, biyotik ve abiyotik faktörler, ürün miktarını ve kalitesini büyük ölçüde düşürür. Bu stres koşulları kuraklık, tuz, ısı, ışık, nematod, bakteri ve mantar enfeksiyonlarıdır. Şeker pancarı, biyotik ve abiyotik streslere farklı tepkiler verir. Beta vulgaris'in strese tepkisini moleküler düzeyde anlamak, mahsulde hem verimi hem de kaliteyi artırmaya yardımcı olabilir. Stres koşulları altında yapılan transkriptom çalışmaları, bitkilerin moleküler düzeydeki tepkilerine ışık tutabilir. Bu çalışmada dört farklı stres durumu verisi kullanılmıştır. Bunlardan ikisi biyotik stresler (nematod ve mantar enfeksiyonu), ikisi abiyotik streslerdir (ABA tedavisi ve tuz stresi). Meta-analiz, farklı stres koşulları altında ortak tepkiler bulmaya yardımcı olabilir. Bu çalışmada, biyotik ve abiyotik stres koşulları altında yürütülen çalışmaların meta-analizini gerçekleştirdik ve hem biyotik hem de abiyotik stres koşullarında farklı şekilde ifade edilen on geni ortaya çıkardık. Biyotik streslerin 460 ortak geni ve abiyotik streslerin 1031 stresle ilgili geni vardır. Fenofitinazın aşağı regülasyonu ve mannitol dehidrojenazın yukarı regülasyonu, artan fotosentez hızının göstergesi olabilir. Bununla birlikte, genlerin tanımlanması ve B. vulgaris stres yanıtının tüm mekanizmasının anlaşılması için daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
Sugar beet (Beta vulgaris) meets the 30% of world sugar production. Soil pollution, biotic and abiotic factors in production areas greatly reduce product quantity and quality. Such stress conditions are drought, salt, heat, light, nematod bacteria and fungi infections. Sugar beet differently responds to biotic and abiotic stresses. Understanding Beta vulgaris response to stress at the molecular level can help both in increasing the yield and quality in crop. Transcriptome studies performed under stress conditions can shed light on the responses of plants at the molecular level. In this study four different stress condition data has been used. Two of them are biotic stresses (nematode and fungi infection), two of them are abiotic stresses (ABA treatment and salt stress). Meta-analysis can help to find common responses under different stress conditions. In this study, we performed meta-analysis of studies conducted under biotic and abiotic stress conditions and revealed ten genes that differentially expressed under both biotic and abiotic stress conditions. Biotic stresses have 460 common genes and abiotic stresses have 1031 stress related genes. Downregulation of phenophytinase and upregulation of mannitol dehydrogenase may indicate the increasing photosynthesis rate. Nevertheless, further studies are necessary for identification of genes and understand the whole mechanism of B. vulgaris stress response.
Benzer Tezler
- Understanding neurodegeneration: Pathway analysis of neurodegenerative disorders by merged and meta-analyzed gene expression data
Sinirbozunumunu anlamak: Sinir bozunum hastalıklarının birleştirilmiş ve meta-analiz edilmiş gen ifade verisi ile yolak analizi
ABDULAHAD BAYRAKTAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoistatistikMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMÜR BAYSAL
- Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma
Akciğer adenokarsinom için prognostik imza olarak kullanılabilecek genomik ve transkriptomik varyasyonların analizi
TALİP ZENGİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoistatistikMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA SÜZEK
- TCGAnalyzeR: A web portal for visualization of pan-cancer molecular patient data
TCGAnalyzeR: Pan-kanser moleküler hasta verilerinin görüntülenmesi için bir web portalı geliştirilmesi
BAŞAK ABAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoinformatik Ana Bilim Dalı (Disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA SÜZEK
- Mutated genes in leptomeningeal carcinoma caused by non-small cell lung cancer and the effects of increased SLPI gene in the A549 cell line
Küçük hücreli dışı akciğer kanseri nedenli leptomeningeal karsinomada mutasyona uğrayan genler ve artan SLPI geninin A549 hücre hattında etkileri
İREM ÇONGUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Moleküler TıpAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiMoleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP TOKCAER KESKİN
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR EMRE ONAT
- Testis transcriptome evolution among hominids
Hominidler arası testis transkriptom evrimi
EKİN SAĞLICAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyoistatistikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET SOMEL