Analysis of genomic and transcriptomic variations as prognostic signature for lung adenocarcinoma
Akciğer adenokarsinom için prognostik imza olarak kullanılabilecek genomik ve transkriptomik varyasyonların analizi
- Tez No: 578676
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA SÜZEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Biostatistics, Molecular Medicine, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Akciğer kanseri, dünya çapında en fazla sayıda kanser kaynaklı ölüme sebep olmaktadır ve akciğer adenokarsinomu (LUAD) akciğer kanserinin en yaygın görülen tipidir. Bu çalışmada, LUAD hastalarının, Kanser Genom Atlas'ından (TCGA) indirilen Tek-nükleotid varyasyonları (SNV'ler), kopya sayısı varyasyonları (CNV'ler), RNA sekansı ve klinik verilerini içeren entegre bir meta-analiz gerçekleştirildi. Analizde tespit edilen anlamlı varyasyonların Cox Oransal Tehlikeler Modeli aracılığıyla genel sağ kalım üzerindeki etkileri araştırıldı. 55 LUAD hastasının aktif alt ağlarında, 25 farklı ifade edilmiş genin (DEG) ifadesi ile önemli ölçüde mutasyona uğramış 4 gen saptandı. Ayrıca 303 CNV, 41 SNV, 8 aktif alt ağ DEG ve tümör evresi, 510 LUAD hastasının genel sağ kalımına etki eden değişkenler olarak tanımlandı. Bu tanımlanmış genlerin yolaklarını analiz ettiğimizde, yolaklarının yüksek oranda kanser ve akciğer kanseri ile ilişkili olduğu bulundu. Bu etkili genlerden bazıları da bağışıklık sistemi yolaklarında rol almaktadır. Bu DEG'lerin ısı haritası belirgin ikiye bölünmüş bir desen göstermiş ve hastalar hiyerarşik kümeleme yoluyla iki gruba kümelendiklerinde ve sağ kalım analizleri yapıldığında, sağ kalım grafiği, iki hasta kümesinin sağ kalım olasılığı arasında anlamlı bir farklılık göstermiştir. Tespit edilen genlerin birçoğu iyi bilinen akciğer kanseri ile ilişkili genlerdir ve bazıları yakın zamanda akciğer kanseri ile ilişkilendirilmiştir. Ancak, PRKCE, RAPGEF3, COL6A5, ROBO2, CACNA1D gibi bazı genler ile akciğer kanseri henüz ilişkilendirilmemiştir. Tanımlanan tüm bu genler, LUAD için klinik öngörü için moleküler imza olarak kullanılabilecek güçlü adaylardır.
Özet (Çeviri)
Lung cancer is the leading cause of the largest number of deaths worldwide and lung adenocarcinoma (LUAD) is the most common form of lung cancer. In this study, we carried out an integrated meta-analysis of the mutations including single-nucleotide variations (SNVs), the copy number variations (CNVs), RNA-seq and clinical data of LUAD patients downloaded from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and reported their influence on overall survival through Cox Proportional Hazards Model. We identified 4 significantly mutated genes with the expression of 25 differentially expressed genes (DEGs) at active subnetworks of 55 LUAD patients have a high impact on the survival of the patients. We also identified 303 CNVs, 41 SNVs, 8 active subnetwork DEGs and tumor stage as impactful variates on overall survival of 510 LUAD patients. When we analyze the pathways of these identified genes, it is found that their pathways are highly cancer and lung cancer-related. There are also dysregulated immune system pathways of these impactful genes. The heatmap of these DEGs showed an apparent dichotomous pattern and when the patients were clustered into two by hierarchical clustering and survival analysis was performed, survival plot showed significant divergence between survival probability of two clusters of patients. Many of the identified impactful genes are well-known lung cancer-related genes, and some of them are recently identified lung cancer-related genes. But there is no evidence of direct interaction between impactful genes such as PRKCE, RAPGEF3, COL6A5, ROBO2, CACNA1D genes, and lung cancer, yet. These identified impactful genes are strong candidates as a molecular signature for clinical prediction for LUAD.
Benzer Tezler
- Cancer subtyping and multi-omics analysis of common precursor B Acute Lymphoblastic Leukemias
B hücreli (Common Precursor B) akut lenfoblastik lösemilerin kanser alt tiplemesi ve çoklu omic analizi
BARAN ALKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Biyoistatistikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiBiyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF KUBAT ÖKTEM
PROF. DR. HANDAN ANKARALI
- Detection of immune targetable cancer biomarkers in the cancer genome atlas datasets
Kanser genom atlası veri setlerinde bağışıklıkla hedeflenebilen kanser bı̇yobelı̇rteçlerı̇nı̇n tespiti
TALİP ZENGİN
Doktora
İngilizce
2023
BiyoistatistikMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA SÜZEK
- Genomic and transcriptomic investigation of endemic burkitt lymphoma and epstein barr virus
Başlık çevirisi yok
YASİN KAYMAZ
Doktora
İngilizce
2017
BiyomühendislikUnıversıty Of Massachusetts Medıcal SchoolDR. JEFFREY A. BAILEY
DR. ANN M. MOORMANN
- Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında kopya sayısı değişimlerinin ve transkriptom profilinin belirlenmesi ile kanserin gelişmesinde ve ilerlemesinde etken yeni genlerin tanımlanması
Identification of new gene and gene groups involved in cancer development and progression through genome-wide copy number variation analysis and transcriptome profiling in sporadic colorectal cancer cases
NEVİN BELDER
- Kauda eküina yerleşimli miksopapiller ependimomlarda kopya sayısı değişikliklerinin araştırılması
Investigation of copy number variations in cauda equina located myxopapillary ependymomas
ALİ ÖZEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
GenetikMarmara ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİH BAYRAKLI