Renal hücre karsinomunun maldı kütle spektrometresi ile glikan düzeyinde incelenmesi
Investigation of renal cell carcinoma by maldi mass spectrometers at the glican level
- Tez No: 720056
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HACI MEHMET KAYILI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Biochemistry, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karabük Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 87
Özet
Renal hücreli böbrek kanseri, böbrek kanseri tipleri içerisinde görülen en yaygın türdür. Renal hücreli karsinomda kanser dokuları üzerinde N-glikozilasyon profillerinin incelendiği çalışma sayısı çok azdır. Bu tez kapsamında, böbrek kanseri glikan profillerinin MALDI kütle spektrometresi ile incelenmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda, parafilm ile kaplanmış ve formalin ile sabitlenmiş dokular çalışmada kullanılmıştır. İlk olarak, dokulardan parafilm uzaklaştırılmıştır ve dokulardan proteinlerin ekstraksiyonu, kloroform/methanol yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Ekstrakte edilen glikoproteinlerden N-glikanlarının salınımı sonrası glikanlar, 2-amino benzoik asit (2-AA) ile etiketlendi. Son olarak sırasıyla selüloz ve gözenekli grafitize karbon içeren malzemeler ile saflaştırma işlemlerinden geçirildi. 2-AA etiketli N-glikanların analizleri MALDI-MS ile gerçekleştirildi. Analizler sonucunda toplam 33 adet N-glikan tespit edildi. Tespit edilen N-glikanların yapısal doğrulamaları tandem MS/MS analizleri ile gerçekleştirilmiştir ve N-glikanlar yapısal özelliklerine göre gruplandırılmıştır. Bu analizler sonucunda tespit edilen N-glikanların göreceli bollukları, toplam alan normalizasyon yaklaşımı kullanılarak hesaplanmıştır. İstatiksel analizler nötr N-glikanlara ve bu glikanlardan türetilen N-glikan gruplarına uygulanmıştır. Çoklu T testi ve Mann Whitney U testi ile yapılan istatiksel analizler (p
Özet (Çeviri)
Renal cell kidney carcinoma is the most common type of kidney cancer. The number of studies examining N-glycosylation profiles on cancer tissues in renal cell carcinoma is very few. In this thesis, it is aimed to investigate kidney cancer N-glycan profiles with MALDI mass spectrometry. In this context, tissues covered with parafilm and fixed with formalin were used in the study. First, the parafilm was removed from the tissues and the extraction of the proteins was performed by the chloroform/methanol method. After the release of N-glycans from the extracted glycoproteins, the glycans were labeled with 2-amino benzoic acid (2-AA). Finally, they were purified with materials containing cellulose and porous graphitized carbon, respectively. Analyzes of 2-AA-labeled N-glycans were performed by MALDI-MS. As a result of the analyses, a total of 33 N-glycans were detected. Structural confirmations of detected N-glycans were performed by tandem MS/MS analyzes and N-glycans were grouped according to their structural features. The relative abundances of N-glycans detected as a result of these analyzes were calculated using the total area normalization approach. Statistical analyzes were applied to neutral N-glycans and N-glycan groups derived from these glycans. Statistical analyzes with multiple T test and Mann Whitney U test (p
Benzer Tezler
- Mechanism of boron derivatives for the treatment of renal cell carcinoma
Renal hücre karsinomunun tedavisinde boron türevlerinin mekanizması
SIDIKA TAPŞIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Tıbbi BiyolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN
- IL-2 ekspresyonu için gen taşıyıcı sistem geliştirilmesi
Development of gene carrier system for the expression of IL-2
GÜZİN ÖZGEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Eczacılık ve FarmakolojiMarmara ÜniversitesiFarmasötik Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. JÜLİDE AKBUĞA
- Akciğer adenokarsinomunda rassf1a ve sparcl1 geni metilasyon düzeylerinin belirlenmesi
Determination of rassfa1 and sparcl1 gene methylation levels in lung adenocarcinoma
GÜLZADE EKER
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyolojiKastamonu ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASUMAN ÖZGÖZ
- Kolon kanseri hücre hattında normoksi ve hipoksi koşullarında TGF-β sitokininin ADAMTS-5 gen ifadesine olan etkisinin belirlenmesi
Determination of the effect of TGF-β cytokine on ADAMTS-5 gene expression in colon cancer cell line under normoxic and hypoxic conditions
HATİCE ERDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜMEYYE AYDOGAN TÜRKOĞLU
- Renal hücre karsinomunda aday tümör baskılayıcı BNC1, SCUBE3, SFRP1 ve PCDH8 genlerinin epigenetik analizi
Epigenetic analysis of BNC1, SCUBE3, SFRP1 and PCDH8 candidate tumor suppressor genes in renal cell carcinoma
MERVE BALİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiBezm-i Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FAHRİ AKBAŞ