Comparison of Entropy and Ensemble-based feature selection through network analysis of Alzheimers disease-associated variants
Alzheimer ile ilişkili varyantların ağ analizi üzerinden Entropy ve Ensemble bazlı değişken seçiminin karşılaştırılması
- Tez No: 720438
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik, Biostatistics, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Sağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 136
Özet
Alzheimer Hastalığı (AD) , hafıza ve düşünme becerilerini yavaş yavaş yok eden ve sonunda günlük işleri yapma yeteneğini kaybetmeye neden olan karmaşık, ilerleyici ve geri dönüşü olmayan bir beyin hastalığıdır. Grubumuz şu anda, Geç Başlangıçlı Alzheimer Hastalığı (LOAD) vakalarının ayırıcı tanısı için genotipleme ve fenotipleme verilerinin entegre edildiği in-siliko AD modelleri geliştirmektedir. ADNI ve dbGAP tarafından sağlanan ve 5000'den fazla LOAD hastasının genotipleme verilerini içeren dört farklı LOAD veri setinin meta analizi devam etmektedir. Bu çalışmada, entropi ve ensembl modelleme olmak üzere iki farklı yaklaşımla seçilen varyantların biyolojik olarak yorumlanmasını sağladık. İlk olarak, LOAD ile ilişkili varyantlar, genomik konumları, sonuçları, gen ve protein ürünleri ve biyolojik yolakları ile ilişkilendirilmiştir. Öncelik verilen protein kodlama varyantları, ağ, PPI ve zenginleştirme analizinden sonra LOAD ile ilgili biyolojik yollar ile ilişkilerine dayalı olarak deneysel doğrulama için seçilmiştir. 32 varyant için pirosekanslama primerleri tasarlanarak ve pirosekanslama primerleri optimize edilmiştir. 43 LOAD ve 38 sağlıklı katılımcıdan oluşan vaka-kontrol grubunda öncelikli varyantlar için genotiplendirilmiştir. Makine öğrenimi modellerinin, birden çok değişkenin riski belirlediği doğrusal olmayan etkileşimleri göz önünde bulundurarak gizli, yeni ve bilgilendirici örüntüler tanımlanmıştır. Seçilen genler ve proteinler için birbirine bağlı ağların ileri analizleri, AD yatkınlığının moleküler etiyolojisinin altında yatan etkilenen biyolojik yolları tanımlamada yardımcı olabilir. Etkilenen moleküler yolakları anlamak, AD için yeni önleyici terapötiklere yol açabilecek potansiyel nedensel varyantları ortaya çıkarabildiği önerilmektir.
Özet (Çeviri)
Alzheimer's Disease (AD) is a complex, progressive and irreversible brain disorder that slowly destroys memory and thinking skills and eventually loses the ability to do daily tasks. Our group is currently developing in-silico AD models in which genotyping and phenotyping data are integrated for the differential diagnosis Late-On-Set AD (LOAD) cases. Meta-analysis of four different LOAD data sets provided by ADNI and dbGAP, which includes the genotyping data of more than 5000 LOAD patients, is done. In this study, we provided the biological interpretation of the variants selected through two different approaches, namely entropy and ensemble modeling. First, the LOAD-associated variants are annotated for their genomic location, consequence, gene and protein products, and biological pathways. The protein-coding variants prioritized were selected for experimental validation based on their relationship with LOAD-related biological pathways after network, PPI, and enrichment analysis. For 32 variants, pyrosequencing primers were designed, and sequencing primers were optimized. As a part of the study, a case-control group with 43 LOAD diagnosed and 38 healthy participants were formed, and genotyping for the prioritized variants was completed. We have shown that machine learning models capture hidden, new, and informative patterns by considering nonlinear interactions where multiple variants determine the risk. Further analysis of interconnected networks for selected genes and proteins can identify affected biological pathways underlying the molecular etiology of AD susceptibility. Understanding the affected molecular pathways can reveal potential causative variants that lead to novel preventative therapeutics for AD.
Benzer Tezler
- Ergenlerde (13-18 yaş) cinsel istismar sonrası immün sistem değişikliklerinin değerlendirilmesi
The evaluation of the immüne system changes after sexual abuse in adolescents(13-18 year old)
HAMZA AYAYDIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Allerji ve İmmünolojiİstanbul ÜniversitesiÇocuk Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN ABALI
- Genç bayan ve erkeklerde göz çevresi antropometrik ölçümlerinin karşılaştırılmalı olarak incelenmesi
A comparative study of measurements of the soft orbits in young women and men
MELTEM AÇAR GÜDEK
- Fuzûlî'nin Sıhhat u Maraz'ı ile Derviş Siyahî'nin Mecma'-ı Tıbb'ında Ahlât-ı Erbaanın İşlenişi
Discussing of Ahlat-ı Erbaa at Fuzuli's Sıhhat u Maraz an Derviş Siyahi's Mecma-ı Tıbb
ÖMER GÖK
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Deontoloji ve Tıp TarihiKırıkkale ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHİTTİN ELİAÇIK
- Serebral palsi'li çocuklarda su içi egzersizlerin spastisite ve motor fonksiyonlar üzerine etkisi
EFFECTİVENESS OF AQUATİC EXERCİSES ON SPASTİCİTY AND MOTOR FUNCTİONS OF CHİLDREN WİTH CEREBRAL PALSY
SEVDA ADAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonAfyon Kocatepe ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜMİT DÜNDAR
- Aktif gürültü giderimi algoritmalarının analizi, gerçekleştirilmesi ve karşılaştırılması
Analysis, implementation and comparison of active noise cancellation algorithms
SÜLEYMAN KEREM GÖKALP
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiAnkara ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT EFE