Molecular modeling of Bcl-xL post-translational modifications and of keteniminium salts
Bcl-xL post-translasyonel modifikasyonlarının ve keteniminyum tuzlarının moleküler modellenmesi
- Tez No: 724532
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ŞARON ÇATAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 246
Özet
Hesapsal kimya, kuantum mekanik (QM) ve moleküler mekanik (MM) gibi farklı yaklaşımları kullanarak sistemlerin yapısal özelliklerinin deşifre edilmesinde önemli bir rol oynamaktadır ve dinamik çevrelerini taklit ederek bilgiler vermektedir. Bu tez, moleküler dinamik (MD) simülasyonları yoluyla Bcl-xL deamidasyonunun incelenmesi ve keteniminyum tuzlarının QM yöntemleriyle araştırılması olmak üzere iki ana konuyu içermektedir. Post-translasyonel modifikasyonların (PTM'ler) araştırılması, proteinlerin yapıları ve işlevleri üzerindeki rollerinin anlaşılması için önemlidir. PTM'lerden biri olan deamidasyon, anti-apoptotik Bcl-xL'in biyolojik fonksiyonunun düzenlenmesinde kullanılan çok önemli bir anahtardır. Tezin ilk bölümünde, MD simülasyonları ile Bcl-xL'deki deamidasyon kaynaklı konformasyonel değişiklikler araştırılmıştır. MD sonuçları, deamidasyonun allosterik olarak Bcl-xL'in konformasyon, etkileşim ve dinamiklerinde önemli değişikliklere neden olduğunu ve muhtemel olarak işlevini bozduğunu göstermektedir. Bu çalışmanın sonuçları, Bcl-xL deamidasyonun neden olduğu hücre ölümünün altında yatan mekanizma hakkında benzersiz bir bakış açısı sağlayacaktır. Ketenlerin nitrojen analoğu keteniminyum tuzları, yüksek elektrofilikliği, reaktivitesi ve bölgesel seçiciliği nedeniyle çeşitli organik yapıların sentezi için yaygın olarak kullanılan bir ara üründür. Tezin ikinci bölümünde, KI'ların oluşumu ve kullanıldığı tepkimeler DFT çalışması ile incelenmiştir. [2 + 2] siklokatılma ve elektrohalkalaşma tepkimelerinde deneysel olarak gözlenen reaktivite farklılıkları, farklı analiz teknikleriyle rasyonelleştirilmiştir. Bu çalışmanın sonuçlarının keteniminyum tuzlarının oluşum mekanizmaları ve reaktivite farklılıklarının anlaşılmasına ve sentetik uygulamalara yardımcı olması beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
Computational chemistry plays an important role in deciphering the structural properties of systems by using different approaches, such as quantum mechanics (QM) and molecular mechanics (MM) and gives insight by mimicking their dynamic environments. This dissertation contains two main topics, namely investigation of Bcl-xL deamidation via molecular dynamics (MD) simulations and investigation of keteniminium salts via QM methods. Investigation of post-translational modifications (PTMs) is important to understand their role on the structure and function of proteins. Deamidation, one of the PTMs is a crucial switch used for regulating the biological function of anti-apoptotic Bcl-xL. In the first part of the thesis, deamidation-induced conformational changes in Bcl-xL were explored to gain insight into its loss of function by performing MD simulations. MD outcomes suggest that deamidation allosterically causes remarkable changes in conformation, interaction, and dynamics of Bcl-xL and conceivably impair its function. This study will provide a unique perspective on the underlying mechanism of Bcl-xL deamidation-induced cell death. Keteniminium salts (KIs), nitrogen analogues of ketenes are widely used intermediates for the synthesis of various organic substances due to their higher electrophilicity, reactivity and regioselectivity. In the second part of the thesis, KIs were scrutinized, from their formation mechanisms to their involvement in organic reactions, by means of a DFT study. Experimentally observed reactivity differences in the [2 + 2] cycloaddition and electrocyclization reactions were rationalized via a range of different analysis techniques. The outcomes of this study are expected to contribute to the understanding of the formation mechanism as well as the reactivity differences of keteniminium salts and aid synthetic applications.
Benzer Tezler
- Laduviglusib'un apoptotik hücre ölümü üzerine etkisinde otofajinin rolünün HCT-116 ve HT-29 hücrelerinde incelenmesi
Investigation of the role of autophagy in the effect of laduviglusib on apoptotic cell death in HCT-116 and HT-29 cells
İREM ECE VAHAP
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiMarmara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AJDA ÇOKER GÜRKAN
- Karaciğer karsinomu (HepG2) hücrelerinde, cisplatin toksikasyonuna arbutin etkileri
The effects of arbutin on cisplatin toxicity in liver carcinoma (HepG2) cell line
HATİCE EVİN
- Diffüz büyük B hücreli lenfoma tanılı hastaların hücre kökenine göre (hans algoritmasına göre) radiomics yöntemi ile değerlendirilmesi ve prognostik öneminin araştırılması
Evaluation of patients diagnosed with diffuse large B cell lymphoma according to cell origin (by hans algorithm) using the radiomics method and investigation of the prognostic importance
MERVE ÖZÇELİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
HematolojiKocaeli Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZGÜR MEHTAP
- Solunum yolu hastalıklarında rol oynayan seçilmiş protein ve nükleik asitlerin dizi ve yapılarının moleküler modelleme yoluyla incelenmesi
Molecular modeling of sequences and structures of proteins and nucleic acids involved in respiratory diseases
SEDA YÜZEREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyokimyaEge ÜniversitesiSağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CENK SELÇUKİ
- Molecular modeling of ether adsorption in ZSM-5 zeolites
ZSM-5 zeolitlerindeki eter adsorpsiyonunun moleküler düzeyde modellenmesi
EREN GÜVENÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÖKTUĞ AHUNBAY