MR taramaları üzerinde derin öğrenme modelleri kullanılarak multipl skleroz lezyonlarının otomatik tespiti ve değişiminin takibi
Follow-up and automatic detection of multiple sclerosis lesions using deep learning models on MR scans
- Tez No: 726382
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EMRE DANDIL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Mühendislik Bilimleri, Computer Engineering and Computer Science and Control, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 212
Özet
Multipl Skleroz (MS) hastalığı genç ve orta yaşlı insanlarda sıkça görülen beyin ve omuriliği etkileyen, yaygın bir merkezi sinir sistemi (MSS) rahatsızlığıdır. MSS içinde bulunan sinir ağları üzerindeki kılıf yapısında oluşan iltihap sonucunda meydana gelen hastalık kişide önemli bilişsel kayıplara neden olur. MS hastalarında fonksiyonel yeti kayıpları ve ileri safhalarda geri dönülemez beyin hasarları da görülebilir. Bu nedenlerden dolayı MS hastalığının erken aşamada tespiti ve takibi oldukça önemlidir. MS'in teşhisinde ve takibinde manyetik rezonans (MR) görüntüleme yaygın olarak olup teşhis için genellikle en az iki farklı periyottaki taramalarda MS lezyonlarının görülmesi beklenmektedir. Hastalığın takibi MR kesitlerindeki lezyonların değişimlerinin izlenmesi ile yapılmaktadır. MS lezyonlarının boyutlarının küçük olması ve beyindeki başka nörolojik rahatsızlıklara benzemesi, MS lezyonlarının tespitini zorlaştırmaktadır. Bu tez çalışmasında, MR görüntüleri üzerinde MS lezyonlarının otomatik tespiti için iyileştirilmiş bir derin öğrenme modeli (iMask R-CNN) önerilmiştir. Bu modelde Maske-Tabanlı Bölgesel Evrişimsel Sinir Ağı (Mask R-CNN) mimarisinin tahmini önemli bölge hizalama (RoIAlign) işleminde iyileştirme yapılmıştır. Ayrıca, MS lezyonlarının tespiti için 52 hastadan periyodik olarak alınan FLAIR MR kesitlerini içeren MSAkdeniz isimli bir MR veriseti hazırlanmıştır. Tez kapsamında, ek olarak, MS lezyonlarının otomatik tespiti ve değişimin takibi için, hekimlere yardımcı olabilecek, iMask R-CNN modelini kullanan DeepMSWeb isimli web tabanlı bir karar destek sistemi (KDS) uygulaması geliştirilmiştir. Bunun yanında, MS lezyonlarının otomatik tespiti için, önerilen iMask R-CNN modeli başta olmak üzere, MSAkdeniz veriseti ve eHealth, UMCL, ISBI2015 ve MICCAI2008 verisetleri üzerinde, iki faklı platformda beş farklı derin öğrenme modeli kullanılarak deneysel çalışmalar yürütülmüştür ve sonuçlar karşılaştırılmıştır. Önerilen iMask R-CNN kullanılarak, lezyon tespitinde, verisetlerinde Dice benzerlik katsayısı (DSC) için %88.32±4.44 skorları, lezyon doğru pozitif oranı (LTPR) için %89.80±3.54 skorları elde edilmiştir. Önerilen iMask R-CNN ve DeepMSWeb yapıları ile MS lezyonlarının tespiti ve değişiminin takibinde kullanılabilecek yardımcı araçlar geliştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Multiple Sclerosis (MS) is a common central nervous system (CNS) disorder that affects the brain and spinal cord, which is common in young and middle-aged people. The disease that occurs as a result of inflammation in the sheath structure on the neural networks in the CNS causes significant cognitive losses in the person. Loss of functional ability and irreversible brain damage can be seen in advanced stages in MS patients. For these reasons, early detection and follow-up of MS disease is very important. Magnetic resonance (MR) imaging is common in the diagnosis and follow-up of MS, and MS lesions are generally expected to be seen on scans of at least two different periods. The follow-up of the disease is determined by following the changes of the lesions in the MR sections. MS lesions are small in size and resemble other neurological disorders in the brain, making it difficult to detect MS lesions. In this thesis, an improved deep learning model (iMask R-CNN) is proposed for automatic detection of MS lesions on MR images. In this model, the prediction important region alignment (RoIAlign) process of Mask-Based Regional Convolutional Neural Network (Mask R-CNN) architecture is improved. In addition, an MR dataset named MSAkdeniz has been prepared, which includes FLAIR MR sections periodically obtained from 52 patients for the detection of MS lesions. Moreover, a web-based decision support system (DSS) application named DeepMSWeb, which uses the iMask R-CNN model, has been developed to help physicians for automatic detection of MS lesions and monitoring of change. For the automatic detection of MS lesions, experimental studies are carried out on MSAkdeniz dataset and eHealth, UMCL, ISBI2015 and MICCAI2008 datasets on two different platforms, using five different deep learning models, primarily the proposed iMask R-CNN model, and the results are compared. Using the proposed iMask R-CNN, scores of 88.32±4.44% for Dice similarity coefficient (DSC) and 89.80±3.54% for lesion true positive rate (LTPR) are obtained in lesion detection datasets. With the proposed iMask R-CNN and DeepMSWeb, assistant tools that can be used in the detection and monitoring of MS lesions have been developed.
Benzer Tezler
- Image reconstruction with deep learning and applications in MR images
Derin öğrenme ile görüntü geriçatımı ve MR görüntülerinde uygulamaları
AMIR AGHABIGLOU
Doktora
İngilizce
2022
Mekatronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENDER METE EKŞİOĞLU
- İskemik inmenin medikal taramalar üzerinde derin öğrenme yöntemleri ile tespiti
Detection of ischemic stroke on medical scans using deep learning methods
MERVE BALABAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBilecik Şeyh Edebali ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMRE DANDIL
- Derin öğrenme ve dalgacık dönüşümüne dayalı akciğer kanseri erken tanısında belirsizlik ölçeğinin saptanması
Uncertainty of the quantification in diagnosing lung cancer from ct images using deep learning and discrete wavelet transform
MEHMET AKİF ÇİFÇİ
Doktora
Türkçe
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Aydın ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZAFER ASLAN
- Fully supervised and semi-supervised semantic segmentation of cardiac mr using deep learning
Tam denetımlı ve yarı denetımlı semantık segmentasyon derın öğrenmeyı kullanan kardıyak mr'nın
MAHYAR BOLHASSANI
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
ASST. ASSOC. DR. İLKAY ÖKSÜZ
- Automated detection and classification of spinal disc herniation using deep learning on MRI images
MR görüntülerinde derin öğrenme kullanılarak omurga disk hernisinin otomatik tespiti ve sınıflandırılması
MUSTAFA ISAM ALAJAJ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
İstatistikİstanbul Gedik Üniversitesiİstatistik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ RIZA DİLEK