Geri Dön

Periferik kan mononükleer hücre tiplerinin COVID-19 enfeksiyonuna verdiği transkripsiyonel cevabın scRNA-seq verileri üzerinden biyolojik ağlarla incelenmesi

Başlık çevirisi mevcut değil.

  1. Tez No: 741025
  2. Yazar: NESİBE ŞEBNEM PALULUOĞLU
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Medeniyet Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyolojik Veri Bilimi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

2019 Aralık ayında başlayıp tüm dünyayı etkisi altına alan SARS-CoV-2 virüsünün neden olduğu Covid-19 hastalığının patofizyolojisini anlamak için kısa zamanda birçok çalışma yapılmıştır. Bu çalışmaların başında virüsün hücre düzeyinde meydana getirdiği transkriptomik değişimleri tespit etmek amacıyla gerçekleştirilen tek hücre RNA dizileme çalışmaları gelmektedir. Bu çalışmada, virüsün periferik bağışıklık aktivitesi üzerindeki etkisini görmek amacıyla literatürden toplanan, Covid-19 enfeksiyonu geçiren ve sağlıklı bireylerden alınan periferik kan mononükleer hücrelerine ait, tek hücre RNA dizileme verileri işlenmiş ve sonuçlar ağ tabanlı omik veri analiz metodlarıyla incelenmiştir. Bu doğrultuda hücre grupları ayrıştırılıp karakterize edildikten sonra hücre türlerinin her biri için ifadesi anlamlı olan genler tespit edilerek bu genler üzerinden ikincil analizler gerçekleştirilmiş ve literatürle de uyumlu olarak HLA Class II genlerinin ifadesinin Dendritik Hücrelerde (DC) anlamlı bir şekilde düştüğü tespit edilmiştir. Her hücre türü için yapılan protein-protein etkileşim analizlerinde ise hem topolojik açıdan önemli düğümler hem de farklı hücre tipi çiftleri için oluşturulan ağlardaki topolojik rolü değişerek“yeniden bağlanmış”düğümler tespit edilerek ilaç yeniden konumlandırma çalışmaları için aday olabilecek genler olarak tayin edilmiştir. Sonuç olarak, FOS, HSP90AB1, GRB2, ATXN1 ve UBC genlerinin Covid-19 teşhis ve tedavisinde önemli rol oynayabilecek potansiyel biyobelirteçler olabileceği sonucuna ulaşılmıştır.

Özet (Çeviri)

After its first official occurrence in late-December 2019, there have been a vast number of studies in order to unveil the pathophysiology of Coronavirus disease which is caused by SARS-CoV-2. An important part of the newly emerged literature consists of single cell RNA sequencing (scRNAseq) studies. scRNAseq technique is used for identifying heteregenous transcriptomic changes led by the virus at the cellular level. In this study, we used scRNAseq raw data collected from the literature which is obtained from patients with Covid-19 and healthy individuals to profile peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and to elucidate pathways in peripheral immune cells. For this purpose, after clustering similar cells and anotate them we identified differentially expressed genes (DEGs) for each cell type. Consistent with previous studies, we found out that expressions of HLA Class II genes are significantly downregulated in Dendritic Cells (DCs). Moreover, we identified both topologically important hubs in contructed protein-protein interaction networks and topologically most varying differential nodes in terms of their edge connections through pairwise comparisons of cell type specific network couples. As a conclusion, we propose that FOS, HSP90AB1, GRB2, ATXN1, and UBC genes are potential biomarkers for diagnosis and treatment of Covid-19.

Benzer Tezler

  1. Tek hücreli RNA dizileme verileriyle ankilozan spondilit hastalığına özgü genom-ölçekli metabolik modellerin oluşturulması

    Construction of ankylosing spondylitis-specific genome-scale metabolic models with single-cell RNA sequencing data

    MERVE YARICI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Biyomühendislikİstanbul Medeniyet Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ

  2. Cellular characterization of immune cells in non-small cell lung cancer and mesothelioma

    Küçük hücreli dışı akciğer kanseri ve mezotelyomada immün hücrelerin hücresel karakterizasyonu

    GÖNÜL SEYHAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN

  3. Mevalonat kinaz eksikliği olan hastalarda t-hücre alt tiplerinin incelenmesi

    Investigation of t-cell subtypes in patients with mevalonate kinase deficiency

    BÜŞRA ŞENİZ DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Tıbbi BiyolojiErciyes Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET EKEN

  4. Spondiloartritli ailesel akdeniz ateşi tanılı çocuk hastalarda doğal lenfoid hücrelerin incelenmesi

    Investigation of innate lymphoid cells in child patients diagnosed with familial mediterranean fever with spondyloarthritis

    AYŞENUR PAÇ KISAARSLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Allerji ve İmmünolojiErciyes Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET EKEN

  5. Solid ve hematolojik neoplazilerde doğal öldürücü (NK) hücre aktivitesinin değerlendirilmesi

    Evaluation of natural killer cell activity in solid and hematologic neoplasms

    MELİSE YILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Tıbbi BiyolojiTekirdağ Namık Kemal Üniversitesi

    Tümör Biyolojisi ve İmmünolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BURHAN TURGUT