Antalya ilinde doğal konukçuları üzerinden dayanıklılığı kıran tomato spotted wilt virus (TSWV-RB) izolatlarınınbelirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Identification and molecular characterization of tomato spotted wilt virus (TSWV-RB) resistance breaking isolates through natural hosts in Antalya province
- Tez No: 748029
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HAKAN FİDAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Tez çalışması Antalya ilinde sahil (Serik) ve yayla bölgesi (Elmalı) olmak üzere bir biber ve bir domates serasında yürütülmüştür. Sörvey alanlarında kültür bitkileri ve yabancı otlardan örneklemeler yapılmış ve Tomato spotted wilt virus (TSWV, Domates Lekeli Solgunluk Virüsü)'nün biyolojik, serolojik (DAS-ELISA testi) ve moleküler testler (RT-PCR, qRT-PCR) ile varlığı, yaygınlığı ve ırkları araştırılarak dayanıklılığı kıran izolat için tarama yapılmıştır. Toplamda 270 adet yabancı ot ve 112 adet farklı bitki türü (domates, biber, patlıcan, marul, fasulye, mısır, bamya, pazı, maydanoz) test edilmiştir. Serolojik çalışmalar sonucunda virüs ile enfekteli bulunan bazı yabancı otların yapraklarında mozaik, klorotik lekeler, sararma, şekil bozukluğu, bodurluk ve tripslerin beslenme izleri gibi çeşitli belirtiler gözlemlenirken, bazı enfekteli yabancı otlarda herhangi bir belirtiye rastlanılmamıştır. Testlenen 39 yabancı ot türünden 19 tanesi hastalıkla bulaşık bulunmuştur, bu türler arasında en yüksek bulaşıklılık oranı Asteraceae familyasında ve Sonchus asper (L.) türünde saptanmış ve sırasıyla Poaceae ve Solanaceae familyaları takip etmiştir. Çalışma esnasında tasarlanan ve virüsün medium segmentindeki nokta mutasyonu saptayabilen özel primer çifti ve domateste dayanıklılığı kırmayan izolat (TSWV-NRB) kullanılarak yapılan qRT-PCR ve melt-curve analizi sonucunda enfekteli yabancı otlarda virüsün ırkı belirlenmiştir. İzolatların karşılaştırılması sonucunda iki farklı Tm değeri saptanmış olup bu bulgular sekans verileri ile teyit edildikten sonra kullanılan kit, protokol ve primerlerin Sw-5 dayanıklılığını kıran izolatların belirlenmesinde sekans hizmetine gerek duymaksızın hızlı ve güvenilir bir tanı kiti oluşturduğunu ortaya koymuştur.
Özet (Çeviri)
The study was carried out in a pepper and tomato greenhouse in Antalya, in the coastal (Serik) and highland region (Elmalı). Cultivated plants and weeds were sampled in the survey areas and the presence, prevalence and races of Tomato spotted wilt virus (TSWV) were investigated by biological, serological (DAS-ELISA test) and molecular tests (RT-PCR, qRT-PCR) and a screening was performed for the isolate that broke resistance. A total of 270 weeds and 112 different plant species (tomato, pepper, eggplant, lettuce, bean, corn, okra, chard, parsley) were tested. As a result of serological studies, various symptoms such as mosaic, chlorotic spots, yellowing, deformity, stunting and feeding traces of thrips were observed on the leaves of some weeds infected with the virus, while no symptoms were observed in some infected weeds. Of the 39 weed species tested, 19 were infected with the disease. The highest rate of infestation was found in the Asteraceae family and Sonchus asper (L.) species, followed by the Poaceae and Solanaceae families, respectively. The strain of the virus in the infected weeds was determined as a result of qRT-PCR and melt-curve analysis using a special primer pair designed during the study and the isolate that does not break resistance in tomato (TSWV-NRB). As a result of the comparison of the isolates, two different Tm values were determined, and these findings were confirmed by the sequence data, revealing that the kit, protocol and primers used constitute a fast and reliable diagnostic kit without the need for sequencing service in identifying the isolates that break the Sw-5 resistance.
Benzer Tezler
- Antalya ilinde bulunan kabuklubit (homoptera:diaspididae) türleri, konukçuları, yayılışları ve doğal düşmanları üzerinde araştırmalar
Faunistic studies on the armored scale insect species (homoptera; diaspididae) and their natural enemies in Antalya
FEDAİ ERLER
- Antalya ilinde yayılış gösteren Sideritis L. (Lamiaceae) taksonlarında genetik ilişkilerin DNA dizi analizi yöntemiyle belirlenmesi
Assignment of genetic diversity based on DNA sequencing methods in some Sideritis L. (Lamiaceae) species, growing in natural flora of Antalya
AHU ÇINAR
- Antalya ilinde son 10 yılda doğal afetlerden zarar gören bitkisel üretim yapılarının yapısal yönden etkisinin incelenmesi ve tarım sigortası destek durumlarının belirlenmesi
The investigation of the structural effects of the plant production structures suffer from the natural disasters in last decade in antalya and determining the support status of agricultural insurance
RABİA ÇALIŞKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Yapılar ve Sulama Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KENAN BÜYÜKTAŞ
- Antalya ilinde yayılış gösteren erıolobus trılobatus (labıll. ex poıret) m. roem. üzerine araştırmalar
Exploring Eriolobus trilobatus (Labill. ex poiret) M. Roem. spreading through Antalya city
NURTAÇ ÇINAR
Doktora
Türkçe
2019
BotanikAkdeniz ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RAMAZAN SÜLEYMAN GÖKTÜRK
- Antalya ili turunçgil bahçelerinde yaprakbiti türleri, avcı ve asalaklarının saptanması
Aphid species ,predators and parasites in citrus orchards of the province of Antalya
IŞIL SARAÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
ZiraatSüleyman Demirel ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL KARACA