Investigation of carbapenemase production in carbapenem-resistant acinetobacter baumannii isolates by phenotypic and genotypic methods
Karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında karbapenemaz üretiminin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması
- Tez No: 750950
- Danışmanlar: DOÇ. DR. UMUT SAFİYE ŞAY COŞKUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 70
Özet
Karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii'nin neden olduğu hastane enfeksiyonları tüm dünya için ciddi bir tehdit oluşturmaktadır. Özellikle mortalite oranı yüksek olan pnömoni ve kan dolaşımı enfeksiyonları, bağışıklık sistemi baskılanmış bireylerde en sık görülen enfeksiyonlardır. Tıbbi tedavi tekniklerinde sürekli ilerlemelere rağmen yeni antibiyotiklerin geliştirilmesinde çok az gelişme olmuştur. Artan antibiyotik direnci nedeniyle karbapenem dirençli A. baumannii enfeksiyonlarını tedavi etmek için kullanılabilecek antibiyotik seçenekleri kısıtlıdır. Bu çalışmaya Tokat Gaziosmanpaşa Hastanesinde farklı kliniklerden alınan (püy, yara sürüntüsü, kateter, balgam ve idrar) örneklerinden toplam 80 isolat dahil edildi. İzolatların identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılık testi Vitek 2 otomatize sistemi (bioMerieux, Fransa) ile yapıldı. Karbapenemlere direnci belirlemek için ayrıca disk difüzyon yöntemi kullanıldı. Karbapenemaz enzimini göstermek için karbapenemaz inaktivasyon yöntemi ve karbapenem dirençli genleri tanımlamak için polimeraz zincir reaksiyonu kullanıldı. İzolatların en sık beyin cerrahisi kliniklerinden gönderilen örneklerden tanımlandığı görüldü. Ayrıca izolatlar en sık balgam örneklerinden üretildi. Karbapenem inaktivasyon testi ile karbapenemaz üretimi %63 (n=50) pozitif olarak tespit edildi. Karbapenemase genleri araştırıldığında izolatların 14/38'i (%27) IMP, 11'i (%14) blaOXA-48, 9(11%) NDM ve 8(%10) izolatta da NDM+KPC genleri pozitif bulundu. NDM ile birlikte olan izolatlar dışında hiçbir izolatta KPC saptanmadı. İzolatlarda karbapenemaz üretiminin fenotipik tespitinin aksine, izolatların 50/80'i (%63) PCR ile pozitifti. Bu çalışmada tüm izolatlar meropenem ve imipeneme dirençli olmasına rağmen hem PCR hem de CIM testlerinde tüm izolatlarda karbapenemaz üretimi görülmedi. Bu sonuçlar, karbapenem direncine farklı karbapenemaz genleri veya mekanizmalarının aracılık ettiğini göstermektedir. Karbapenem direncinin değerlendirilmesi, sağlık bakımıyla ilişkili enfeksiyonun önlenmesi için kritik öneme sahiptir.
Özet (Çeviri)
The nosocomial infection carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii has attracted worldwide attention as a serious threat. Especially pneumonia and bloodstream infections, both of which have a high mortality risk, are the most common symptoms among the most vulnerable individuals. There has been not enough improvement the new antibiotic agent despite the constant attempts to improve medical treatment techniques. There are just a few antibiotics that can be used to treat carbapenem-resistant A. baumannii infections because of a significant resistance profile. The study included 80 carbapenem-resistant A. baumannii isolated from (pus, wound swab, catheter, sputum, and urine) samples taken from different clinics in Tokat Gaziosmanopasa Hospital. Identification and antibiotic susceptibility test of the isolates were done by the Vitek-2 (bioMerieux, France) automated system . The disk diffusion method was used to determine resistance to carbapenems too. The carbapenem-inactivation method was used to illustrate carbapenemase enzyme and polymerase chain reaction to identify carbapenem resistant genes. The highest percentage of carbapenems-resistant strains have been found in sputum specimens and neurosurgery clinics. The carbapenemase production in isolates, (n = 50, 63%) of the isolates were found to be positive by the carbapenem-inactivation method . In this investigation, carbapenem-resistant genes were 14/38 (27%) of the isolates were determined to be positive for IMP, 11(14%) isolates were detected positive for blaOXA-48, for NDM, 9(11%) isolates were determined as positive, and 8(10%) isolates were positive for NDM+KPC and KPC weren't detected without NDM. In contrast to the phenotypic detection of carbapenemase production in isolates, 50/80 (63%) of the isolates were positive by PCR. In this study, despite all isolates being resistant to meropenem and imipenem, carbapenemase production was not seen in all isolates in both PCR and CIM tests. These results indicate that carbapenem resistance was mediated by different carbapenemase genes or mechanisms. The evaluation of carbapenem resistance is critical for the prevention of healthcare-associated infection.
Benzer Tezler
- Hastane enfeksiyonu etkeni olan karbapenem dirençli A. calcoaceticus-A. baumannii kompleks izolatlarındaki yaygın karbapenemaz genlerinin in house multipleks PCR ile araştırılması ve metallobetalaktamaz üretiminin fenotipik yöntemle saptanması
Investigation of the extensive carbapenemase genes in carbapenem resistant A. calcoaceticus-A. baumannii complex isolates that the cause of nosocomial infections by in house multiplex PCR and detection of metallobetalactamase production by phenotypic method
HİLAL BÖLÜKBAŞI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ KUDRET ADİLOĞLU
UZMAN UFUK ÖNDE
- Karbapenem dirençli pseudomonas suşlarında OXA-23, OXA-40, OXA-58 genlerinin moleküler yöntemle tesbiti
Detection OXA-23, OXA-40, OXA-58 genes with molecular investigation in carbapenem resistant pseudomonas strains
FATMA ESENKAYA TAŞBENT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
MikrobiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET ÖZDEMİR
- Yoğun bakımda karbapenem dirençli acinetobacter baumannii enfeksiyonlarının klinik sonuçları ve moleküler olarak değerlendirilmesi
Clinical outcomes of acinetobacter baumannii infections in intensive care unit and moleculer investigation
ARZU NAZLI ZEKA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiEge ÜniversitesiKlinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİLGİN ARDA
- Klinik acinetobacter baumannii sideroforlarının imipenemle konjugatlarının dirençli acinetobacter baumannii izolatları üzerinde antimikrobiyal etkilerinin araştırılması
Investigation on the antimicrobial effects of the conjugates of clinical acinetobacter baumannii siderophores with imipenem against resistant acinetobacter baumannii isolates
SUNA SİBEL RIZVANOĞLU
Doktora
Türkçe
2024
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜJDE ERYILMAZ
- Klinik acınetobacter baumannıı izolatlarında karbapenem direncine yol açan sınıf-D beta-laktamazların araştırılması
Investigation of class-D beta-lactamases causing carbapenem resistance in clinical acinetobacter baumannii isolates
ISKANDAR DAVANDEH
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıEge ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BAYRI ERAÇ