Geri Dön

Çölyak tanısı konmuş glutensiz diyet uygulayan hastalarda duodenal mikrobiyotanın yeni nesil dizileme yöntemi ile araştırılması

Investigation of duodenal microbiota in celiac diagnosed patients following gluten-FREE diet by next generation sequencing method

PDF İndir

  1. Tez No: 751135
  2. Yazar: TOYGAR PEKCAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK ÇOLAK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: çölyak hastalığı, duodenal mikrobiyota, yeni nesil dizileme, 16s rRNA, celiac disease, duodenal microbiota, next-generation sequencing, 16s rRNA
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 96

Özet

Amaç: Çölyak hastalığı (ÇH) diyetle alınan glutene kalıcı bir intolerans ile karakterize ince bağırsağın kronik iltihaplı bir hastalığıdır. ÇH'nin bilinen tek tedavi şekli glütensiz diyettir. Günümüzde beslenme ile diyet bileşenlerinin bağırsak mikrobiyotasını etkilediği literatürde gösterilmiştir. Bu çalışmada, glutensiz diyet uygulayan semptomsuz çölyak hastalarındaki yenilenmiş duodenal mikrobiyotanın spesifik bileşiminin yeni nesil dizileme yöntemi ile tanımlanması ve literatür temelli karşılaştırma ile verilerin irdelenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Glütensiz diyet uygulayan 10 çölyak hastasından duodenum biyopsisi için endoskopi yapılıp uygun biyopsi örnekleri alınmıştır. Toplanan biyopsiler DNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra sekanslama yapılana kadar -20°C'de saklanmıştır. Dizileme işlemi Illumina NextSeq 550 yeni nesil dizileme platformunda yapılıp duodenal mikrobiyota bileşimi analiz edilmiştir. Bulgular: Çalışmaya 5 erkek 5 kadın dahil edilip yaş ortalamaları 38.1'dir. Örneklerde toplam 36 farklı bakteriyel filum tespit edilmiştir. En sık görülen filumlar %31.46 Firmicutes, %21.47 Proteobacteria, %10.6 Bacteroidetes ve %6.1 Actinobacteria olarak bulunmuştur. Örneklerin aile olarak analizine bakıldığında, Bacillaceae 1 (%3.35) ve Streptococcaceae (%2.94) gruplarının en yüksek bolluğa sahip iki aile olduğu görülmektedir. Cins düzeyinde Streptococcus (%1.44) ve Geobacillus (%1.31) türleri örnekler arası en yüksek yüzdeye sahip cinslerdir. Örneklerin tür sayısı ortalaması 232.2 olarak hesaplanmıştır. Shannon endeksine göre, temel bileşen analizinde farklı gruplanan üç örnekte çeşitlilik, diğer örneklere göre düşük bulunmuştur. Sonuç: Bu çalışmaya katılan glutensiz diyet uygulayan çölyak hastalarında Firmicutes en sık görülen filum olmuştur. Örneklerin 7 sinde baskın filum Firmicutes iken 3 ünde Proteobacteria baskın izlenmiştir. Temel bileşen analizinde ve hiyerarşik kümelenme ağacında 7 hasta birbirine yakın profil sergilerken 3 hasta onlardan farklı bir duodenal floraya sahiptir.

Özet (Çeviri)

Objective: Celiac disease (CD) is a chronic inflammatory disease of the small intestine characterized by a persistent intolerance to dietary gluten. The only known treatment for celiac disease is gluten-free diet therapy. Today, it has been shown in the literature that dietary components affect the gut microbiota. In this study, it was aimed to identify the specific composition of the regenerated duodenal microbiota in asymptomatic celiac patients following a gluten-free diet after active disease state by next-generation sequencing method and to analyze the data by literature-based comparison. Method: Endoscopy was performed for duodenum biopsy and biopsy samples were taken from 10 celiac patients who were on a gluten-free diet. Collected biopsies were stored at -20°C until sequencing after DNA extraction. Sequencing was performed on the Illumina NextSeq 550 next generation sequencing platform and duodenal microbiota composition was analyzed. Results: Five men and five women were included in the study and their average age was 38.1. A total of 36 different bacterial phyla were detected in the samples. The most common phyla were 31.46% Firmicutes, 21.47% Proteobacteria, 10.6% Bacteroidetes and 6.1% Actinobacteria. When analyzing the samples as families, it is seen that Bacillaceae 1 (3.35%) and Streptococcaceae (2.94%) groups are the two families with the highest abundance. At the genus level, Streptococcus (1.44%) and Geobacillus (1.31%) species have the highest percentage among samples. The average number of species of the samples was calculated as 232.2. According to Shannon index, diversity was found lower in the three samples that were grouped differently in PCoA compared to the other samples. Conclusion: In this study, Firmicutes was the most common phylum in celiac patients on a gluten-free diet. Firmicutes was the dominant phylum in 7 of the samples, while Proteobacteria was dominant in 3 of the samples. In PCoA and Hierarchical cluster tree, 7 patients showed similar profiles, while 3 patients had a different duodenal flora.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    590627

    Çölyak hastalığı tanısı almış kişilerde glutensiz diyetin psikososyal durum ve yaşam kalitesi üzerine etkisi

    The effect of gluten free diet on psychosocial status and quality of life in people diagnosed with celiac disease

    ZİNNUR ELLİİKİ KÜÇÜKKÖSELECİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Beslenme ve Diyetetikİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZLEM DURMAZ UĞURCAN

  2. Tez No

    486997

    Çölyak hastalarında klinik ve laboratuvar bulgularının değerlendirilmesi

    Evaluation of clinical and laboratory findings in celiac disease patients

    MURAT AKAY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    GastroenterolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZEYNEP KARAALİ

  3. Tez No

    752367

    Multiple sklerozis hastalarında glutensiz diyet tedavisinin etkinliğinin belirlenmesi

    Determination of the efficiency of gluten-FREE diet therapy in patients with multiple sclerosis

    EZGİ KARATAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Beslenme ve DiyetetikAnkara Üniversitesi

    Beslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ASLI UÇAR

  4. Tez No

    843704

    Çölyak hastalarının hayat kalitesi ve depresyon sıklığı açısından sağlıklı bireylerle karşılaştırılması

    Comparison of celiac patients with healthy individuals in terms of quality of life and frequency of depression

    İREM ÜNALÇIN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Aile HekimliğiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Aile Hekimliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SÜLEYMAN ERSOY

    DOÇ. DR. OĞUZHAN ÖZTÜRK

  5. Tez No

    732535

    Çölyak hastalarında glutensiz diyetin yıllara göre boy uzamasına etkisi ve son boya ulaşanların değerlendirilmesi

    The effect of gluten-free diet on length extension by years in celiac patients and evaluation of those who have reached the last lenght

    DEMET ŞEKER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN TUFAN KUTLU

Geri Dön