Geri Dön

Structural analysis of arthritogenic peptide and HLA-B2705 interactions for the immune pathogenesis of ankylosing spondylitis with molecular simulations

Ankilozan spondilitin immün patogenezi için moleküler simülasyonlarla artritojenik peptid ve HLA-B2705 etkileşimlerinin yapısal analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 751339
  2. Yazar: SENA KIVRAK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. GÜNSELİ BAYRAM AKÇAPINAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biostatistics, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 106

Özet

Ankilozan spondilit (AS), eksenel iskelette enflamasyona neden olan otoimmün bir hastalıktır. AS ve HLA (İnsan Lökosit Antijen)-B27 arasındaki ilişkiyi gösteren çalışmalar mevcuttur. Buna rağmen, bu ilişki arkasındaki kesin mekanizma hala bilinmemektedir. HLA-B27, immün yanıtlarda antijen sunumunda rol oynar. Self-antijeni non-self-antijenden ayırt etmek için antijeni sitotoksik CD+8 T hücrelerine sunar. HLA-B*27:05, AS ile ilişkisi en çok bilinen alt tiptir. HLA-B*27:05 ve HLA-B*27:09 sadece bir amino asitte farklılık göstermesine rağmen HLA-B*27:05 AS patogenezinde rol oynarken HLA-B*27:09 ilişkili değildir. Odak noktası self-peptid ve non-self-peptidin arasındaki moleküler benzerlik olan artritojenik peptid teorisi, HLA-B27 ve AS arasındaki ilişkiyi açıklamak için yaygın hipotezlerden biridir. Bu benzerlik, self-peptidler üzerinde CD8+ hücresinin immün cevabıyla sonuçlanır. Bugüne kadar HLA-B27 ve artritojenik peptidlerin ilişkisini açıklayan yapısal bir çalışma bulunmamaktadır. Bu tezde, iki farklı HLA allotipinin AS patogenezi üzerindeki etkilerini anlamak üzere, daha önce tanımlanmış iki artritojenik self-peptid ile insan immün yetmezlik virüsüne (HIV) ait KK10 peptidi kullanılarak peptid sunumları moleküler yanaştırma ve moleküler dinamik (MD) yöntemleriyle incelendi. MD simülasyonları sonucunda, self-peptid ve non-self peptidin orta pozisyonlarında bulunan amino asitlerin benzerlik derecesi yerine bu peptidlerin terminallerinin etrafındaki yüklü amino asitlerin benzerliğinin, HLA üzerindeki sunum davranışına daha fazla katkısı olduğu gösterildi. Bu sonuç self-peptidlerin ve non-self-peptidlerin moleküler taklitçiliği üzerine olan artritojenik peptid hipotezini desteklemektedir.

Özet (Çeviri)

Ankylosing spondylitis (AS) is an autoimmune disease that causes inflammation in the axial skeleton. There are studies that have discovered the relationship between AS and HLA (Human Leukocyte Antigen)-B27. However, the exact mechanism behind the association is still unknown. HLA-B27 is involved in antigen presentation during immune responses. It presents the antigen to cytotoxic CD+8 T cells to distinguish self-antigen from non-self-antigen. HLA-B*27:05 is the most known subtype for the association with AS. Although HLA-B*27:05 and HLA-B*27:09 differ in only one amino acid, HLA-B*27:05 is implicated in the pathogenesis of AS, and HLA-B*27:09 is not. Arthritogenic peptide theory based on the molecular similarity between self-peptide and non-self-peptide is one of the common hypotheses to explain the association between HLA-B27 and AS. This similarity results in cross-recognition of CD8+ cells on self-peptides. To date, there is no structural study on the interaction of HLA-B27 and arthritogenic peptides. In this thesis, the differences between peptide presentations of HLA allotypes were studied by using two previously characterized arthritogenic self-peptides and the KK10 peptide of the human immunodeficiency virus (HIV) through molecular docking and molecular dynamics (MD) methods to understand their effect on AS pathogenesis. The similarity of charged amino acids around the termini of the self-peptides to non-self-peptide, rather than the similarity of amino acids in the middle positions, was found to contribute more to the presentation behavior on HLA-B*27:05 as observed in MD simulations in agreement with the arthritogenic peptide hypothesis on molecular mimicry of self-peptides and non-self-peptides.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    73431

    Konaklama işletmelerinde önbüronun satış geliştirme ve gelir arttırmadaki işlevinin yapısal analizi ve bir alan araştırması

    Structural analysis of the function of the front office in sales promotion and increasing income in lodging properties and a field research

    MEDET YOLAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    İşletmeAnadolu Üniversitesi

    Turizm ve Otelcilik İşletmeciliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NECDET TİMUR

  2. Tez No

    768854

    Türkiye Kazakistan dış ticaretinin yapısal analizi

    Structural analysis of foreign trade Kazakhstan Turkey

    YASİR DELİCE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    EkonomiSivas Cumhuriyet Üniversitesi

    İktisat Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ADEM DOĞAN

  3. Tez No

    776764

    Yüzer güneş enerji sistemlerinde yapısal analiz

    Structural analysis of floating solar energy systems

    YUNUS EMRE POLAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Gemi Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ YALÇIN ÜNSAN

  4. Tez No

    795030

    Şırnak ilinde süt sığırcılığı barınaklarının yapısal analizi

    Structural analysis of dairy cattle shelters in Sırnak province

    EMRAH GÜLEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    ZiraatSelçuk Üniversitesi

    Tarımsal Yapılar ve Sulama Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NUH UĞURLU

  5. Tez No

    797373

    Türkiye spor yönetiminin yapısal analizi: Bir sistem arayışı

    Structural analysis of Turkish sports management: Looking for a system

    ALPAY ALEV

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    SporSakarya Uygulamalı Bilimler Üniversitesi

    Spor Yöneticiliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEVZAT MİRZEOĞLU

Geri Dön