Structural analysis of arthritogenic peptide and HLA-B2705 interactions for the immune pathogenesis of ankylosing spondylitis with molecular simulations
Ankilozan spondilitin immün patogenezi için moleküler simülasyonlarla artritojenik peptid ve HLA-B2705 etkileşimlerinin yapısal analizi
- Tez No: 751339
- Danışmanlar: DOÇ. DR. GÜNSELİ BAYRAM AKÇAPINAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biostatistics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 106
Özet
Ankilozan spondilit (AS), eksenel iskelette enflamasyona neden olan otoimmün bir hastalıktır. AS ve HLA (İnsan Lökosit Antijen)-B27 arasındaki ilişkiyi gösteren çalışmalar mevcuttur. Buna rağmen, bu ilişki arkasındaki kesin mekanizma hala bilinmemektedir. HLA-B27, immün yanıtlarda antijen sunumunda rol oynar. Self-antijeni non-self-antijenden ayırt etmek için antijeni sitotoksik CD+8 T hücrelerine sunar. HLA-B*27:05, AS ile ilişkisi en çok bilinen alt tiptir. HLA-B*27:05 ve HLA-B*27:09 sadece bir amino asitte farklılık göstermesine rağmen HLA-B*27:05 AS patogenezinde rol oynarken HLA-B*27:09 ilişkili değildir. Odak noktası self-peptid ve non-self-peptidin arasındaki moleküler benzerlik olan artritojenik peptid teorisi, HLA-B27 ve AS arasındaki ilişkiyi açıklamak için yaygın hipotezlerden biridir. Bu benzerlik, self-peptidler üzerinde CD8+ hücresinin immün cevabıyla sonuçlanır. Bugüne kadar HLA-B27 ve artritojenik peptidlerin ilişkisini açıklayan yapısal bir çalışma bulunmamaktadır. Bu tezde, iki farklı HLA allotipinin AS patogenezi üzerindeki etkilerini anlamak üzere, daha önce tanımlanmış iki artritojenik self-peptid ile insan immün yetmezlik virüsüne (HIV) ait KK10 peptidi kullanılarak peptid sunumları moleküler yanaştırma ve moleküler dinamik (MD) yöntemleriyle incelendi. MD simülasyonları sonucunda, self-peptid ve non-self peptidin orta pozisyonlarında bulunan amino asitlerin benzerlik derecesi yerine bu peptidlerin terminallerinin etrafındaki yüklü amino asitlerin benzerliğinin, HLA üzerindeki sunum davranışına daha fazla katkısı olduğu gösterildi. Bu sonuç self-peptidlerin ve non-self-peptidlerin moleküler taklitçiliği üzerine olan artritojenik peptid hipotezini desteklemektedir.
Özet (Çeviri)
Ankylosing spondylitis (AS) is an autoimmune disease that causes inflammation in the axial skeleton. There are studies that have discovered the relationship between AS and HLA (Human Leukocyte Antigen)-B27. However, the exact mechanism behind the association is still unknown. HLA-B27 is involved in antigen presentation during immune responses. It presents the antigen to cytotoxic CD+8 T cells to distinguish self-antigen from non-self-antigen. HLA-B*27:05 is the most known subtype for the association with AS. Although HLA-B*27:05 and HLA-B*27:09 differ in only one amino acid, HLA-B*27:05 is implicated in the pathogenesis of AS, and HLA-B*27:09 is not. Arthritogenic peptide theory based on the molecular similarity between self-peptide and non-self-peptide is one of the common hypotheses to explain the association between HLA-B27 and AS. This similarity results in cross-recognition of CD8+ cells on self-peptides. To date, there is no structural study on the interaction of HLA-B27 and arthritogenic peptides. In this thesis, the differences between peptide presentations of HLA allotypes were studied by using two previously characterized arthritogenic self-peptides and the KK10 peptide of the human immunodeficiency virus (HIV) through molecular docking and molecular dynamics (MD) methods to understand their effect on AS pathogenesis. The similarity of charged amino acids around the termini of the self-peptides to non-self-peptide, rather than the similarity of amino acids in the middle positions, was found to contribute more to the presentation behavior on HLA-B*27:05 as observed in MD simulations in agreement with the arthritogenic peptide hypothesis on molecular mimicry of self-peptides and non-self-peptides.
Benzer Tezler
- 1-heptilamin molekülünün titreşim spektroskopisi ve yoğunluk fonksiyonel teorisi ile yapısal analizi
Structural analysis of 1-heptylamine by vibrational spectroscopy and density functional theory
MAHİR TURSUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Fizik ve Fizik MühendisliğiDumlupınar ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEMAL PARLAK
- Konaklama işletmelerinde yiyecek - içecek tedarik zincirinin yapısal analizi: Antalya Kemer bölgesi örneği
Structural analysis of supply chain at the food and beverage department in the hospitality industry: Application for Kemer
İSMAİL YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
TurizmBalıkesir ÜniversitesiTurizm İşletmeciliği ve Otelcilik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KUDRET GÜL
- Nükleer tesislerde kullanıma uygun çift ana kirişli gezer köprülü bir krenin tasarımı ve yapısal analizi
Structural analysis of the basic beam of the bridge crane which is suitable for nuclear plants
KUTAY ÇITIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEVAT ERDEM İMRAK
- Y25 tipi boji gövdesinin sonlu elemanlar yöntemi ile yapısal analizleri ve kaynak dikişlerindeki yorulmanın incelenmesi
Structural analysis of Y25 type bogie body using finite element method and investigation of fatigue in welding seams
RAİF ÇAM
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Makine MühendisliğiManisa Celal Bayar ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SAİM KURAL
- Bektaşi fıkralarının yapısal çözümlemesi
Structural analysis of Bektashi jokes
HÜLYA ÖZTÜRK SAĞLAM
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Türk Dili ve EdebiyatıMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜMRAL DEVECİ