Structural analysis of arthritogenic peptide and HLA-B2705 interactions for the immune pathogenesis of ankylosing spondylitis with molecular simulations
Ankilozan spondilitin immün patogenezi için moleküler simülasyonlarla artritojenik peptid ve HLA-B2705 etkileşimlerinin yapısal analizi
- Tez No: 751339
- Danışmanlar: DOÇ. DR. GÜNSELİ BAYRAM AKÇAPINAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biostatistics, Biology
- Anahtar Kelimeler: HIV, HLA B antijenleri, Moleküler dinamik, Moleküler kenetleme, Moleküler yapı, Patojenite, Peptidler, Spondilit-ankilozan, İmmün sistem, HIV, HLA B antigens, Molecular dynamic, Molecular docking, Molecular structure, Pathogenicity, Peptides, Spondylitis-ankylosing, Immune system
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Ankilozan spondilit (AS), eksenel iskelette enflamasyona neden olan otoimmün bir hastalıktır. AS ve HLA (İnsan Lökosit Antijen)-B27 arasındaki ilişkiyi gösteren çalışmalar mevcuttur. Buna rağmen, bu ilişki arkasındaki kesin mekanizma hala bilinmemektedir. HLA-B27, immün yanıtlarda antijen sunumunda rol oynar. Self-antijeni non-self-antijenden ayırt etmek için antijeni sitotoksik CD+8 T hücrelerine sunar. HLA-B*27:05, AS ile ilişkisi en çok bilinen alt tiptir. HLA-B*27:05 ve HLA-B*27:09 sadece bir amino asitte farklılık göstermesine rağmen HLA-B*27:05 AS patogenezinde rol oynarken HLA-B*27:09 ilişkili değildir. Odak noktası self-peptid ve non-self-peptidin arasındaki moleküler benzerlik olan artritojenik peptid teorisi, HLA-B27 ve AS arasındaki ilişkiyi açıklamak için yaygın hipotezlerden biridir. Bu benzerlik, self-peptidler üzerinde CD8+ hücresinin immün cevabıyla sonuçlanır. Bugüne kadar HLA-B27 ve artritojenik peptidlerin ilişkisini açıklayan yapısal bir çalışma bulunmamaktadır. Bu tezde, iki farklı HLA allotipinin AS patogenezi üzerindeki etkilerini anlamak üzere, daha önce tanımlanmış iki artritojenik self-peptid ile insan immün yetmezlik virüsüne (HIV) ait KK10 peptidi kullanılarak peptid sunumları moleküler yanaştırma ve moleküler dinamik (MD) yöntemleriyle incelendi. MD simülasyonları sonucunda, self-peptid ve non-self peptidin orta pozisyonlarında bulunan amino asitlerin benzerlik derecesi yerine bu peptidlerin terminallerinin etrafındaki yüklü amino asitlerin benzerliğinin, HLA üzerindeki sunum davranışına daha fazla katkısı olduğu gösterildi. Bu sonuç self-peptidlerin ve non-self-peptidlerin moleküler taklitçiliği üzerine olan artritojenik peptid hipotezini desteklemektedir.
Özet (Çeviri)
Ankylosing spondylitis (AS) is an autoimmune disease that causes inflammation in the axial skeleton. There are studies that have discovered the relationship between AS and HLA (Human Leukocyte Antigen)-B27. However, the exact mechanism behind the association is still unknown. HLA-B27 is involved in antigen presentation during immune responses. It presents the antigen to cytotoxic CD+8 T cells to distinguish self-antigen from non-self-antigen. HLA-B*27:05 is the most known subtype for the association with AS. Although HLA-B*27:05 and HLA-B*27:09 differ in only one amino acid, HLA-B*27:05 is implicated in the pathogenesis of AS, and HLA-B*27:09 is not. Arthritogenic peptide theory based on the molecular similarity between self-peptide and non-self-peptide is one of the common hypotheses to explain the association between HLA-B27 and AS. This similarity results in cross-recognition of CD8+ cells on self-peptides. To date, there is no structural study on the interaction of HLA-B27 and arthritogenic peptides. In this thesis, the differences between peptide presentations of HLA allotypes were studied by using two previously characterized arthritogenic self-peptides and the KK10 peptide of the human immunodeficiency virus (HIV) through molecular docking and molecular dynamics (MD) methods to understand their effect on AS pathogenesis. The similarity of charged amino acids around the termini of the self-peptides to non-self-peptide, rather than the similarity of amino acids in the middle positions, was found to contribute more to the presentation behavior on HLA-B*27:05 as observed in MD simulations in agreement with the arthritogenic peptide hypothesis on molecular mimicry of self-peptides and non-self-peptides.
Benzer Tezler
- Structural analysis of pole assignment and stabilization in dynamic systems
Başlık çevirisi yok
AYLA ŞEFİK
Doktora
İngilizce
1989
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiPROF. DR. M. EROL SEZER
- Structural analysis of microclusters by classical and quantum mechanical minimization methods
Başlık çevirisi yok
NURAN ELMACI
Yüksek Lisans
İngilizce
1990
KimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ERSİN YURTSEVER
- Structural analysis of airborne, stiffened, cylindrical external store
Hava taşıtlarına uygulanan güçlendirilmiş, silindirik bir dış deponun yapısal analizi
CANER TAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
Havacılık ve Uzay MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiHavacılık Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAVUZ YAMAN
DR. ALTAN KAYRAN
- Structural analysis of historic Aspendos theatre
Tarihsel Aspendos tiyatrosunun yapısal analizi
BERK BOZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
İnşaat MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Bölümü
Y.DOÇ.DR. AHMET TÜRER
- Performance analysis of single structural break test with an empirical study on efficient market hypothesis
Tekli yapısal kırılma testinin verimli piyasa hipotezi üzerindeki ampirik çalışma ile performans analizi
İZZET YILDIZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2005
Ekonometriİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiEkonomi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TANER YİĞİT