Nanopore dizileme teknolojisi ile SNP panelinin geliştirilmesi
Development of SNP panel with nanopore sequencing technology
- Tez No: 751872
- Danışmanlar: DOÇ. ÖZLEM BÜLBÜL ERCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Adli Tıp, Forensic Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
- Enstitü: Adli Tıp ve Adli Bilimler Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 137
Özet
Moleküler biyoloji tekniklerinin gelişmesi ve 2001 yılında insan genom projesinin tamamlanması yeni bir dönemin başlamasına yol açmıştır. Adli genetik alanında da insan biyolojisi ile ilgili yeni bilgiler, genetik belirteçler, yeni nesil yüksek verimli genom teknolojiler kullanılmaya başlanmıştır. Adli bilimlerde klasik DNA analizlerinin yanında kanıt DNA'sından failin fiziksel özellikleri hakkında bilgi veren SNP markırları ile ilgili birçok çalışma yapılmıştır. Aynı zamanda dizileme teknolojilerinde de ikinci ve üçüncü nesil dizileme teknolojileri geliştirilmiş ve adli genetik uygulamaları mevcuttur. Ancak üçüncü nesil dizileme olan Oxford Nanopore Teknolojisi (ONT) ile ilgili adli genetik çalışmaları oldukça kısıtlıdır. Bu çalışmada, fenotipe (göz, saç ve ten rengi) ait bilgi veren 41 SNP markırından oluşan HIrisPlex-S panelinin (Walsh ve ark.) ONT MinION dizileme ile test edilmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada dört pozitif kontrol örnği (2800M, 9947A, K562 ve Taqman) kullanıldı. Her örnek ligasyonlu ve ligasyon yapılmadan Nanopore dizileme gerçekleştirildi. Nanopore dizileme sonucu elektrik değişim bilgiler Guppy 6.1 programı ile fastq dosyalarına dönüştürüldü. BWA, Samtools, BFCtools ve Python programları ile örneklerin profili elde edildi. Genetik profiller NGS ve kapiler elektroforez sonuçları ile karşılaştırıldı. İstatistiksel analizler için RStudio programı kullanılarak ligasyonlu ve ligasyonsuz örneklerin alel düşmesi ve fragman sayısı incelendi. Ligasyonsuz örneklerden toplam 108.084 fragman dizilendi. Ligasyonlu örneklerde fragman ayrım işleminden sonra toplamda 1.817.076 fragman elde edildi. Bütün örneklerde ortak olarak 2 lokusta alel düşmesi gözlemlendi. ONT dizilemede toplamda %60 doğru genotipleme elde edilebildi. Elde edilen sonuçlara göre, Nanopore ile dizilemenin yüksek hata oranı sorunundan dolayı adli bilimlerde kullanılabilmesi için geliştirilmesi gerektiği tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
The development of molecular biology techniques and the completion of the human genome project in 2001 led to the beginning of a new era. In the field of forensic genetics, new information about human biology, genetic markers, new generation high-efficiency genome technologies have been started to be used. In forensic sciences, besides classical DNA analysis, many studies have been conducted on SNP markers that provide information about the physical characteristics of the perpetrator from the evidence DNA. At the same time, second and third generation sequencing technologies have been developed and forensic genetic applications are available in sequencing technologies. However, forensic genetic studies on the third generation sequencing, Oxford Nanopore Technology (ONT), are very limited. In this study, it was aimed to test the HIrisPlex-S panel (Walsh et al.) consisting of 41 SNP markers that provide information about the phenotype (eye, hair and skin color) by ONT MinION sequencing. Four positive control samples (2800M, 9947A, K562 and Taqman) were used in this study. Nanopore sequencing was performed for each sample with and without ligation. The electrical exchange information as a result of nanopore sequencing was converted into fastq files with the Guppy 6.1 program. Profiles of the samples were obtained with BWA, Samtools, BFCtools and Python programs. Genetic profiles were compared with NGS and capillary electrophoresis results. For statistical analysis, allele reduction and fragment number of ligated and unligated samples were analyzed using the RStudio program. A total of 108,084 fragments were sequenced from non-ligation samples. A total of 1,817,076 fragments were obtained after fragment separation in ligated samples. Allele reduction was observed in 2 alleles in common in all samples. In ONT sequencing, a total of 60% correct genotyping could be obtained. According to the results obtained, it has been determined that sequencing with Nanopore should be further developed in order to be used in forensic sciences due to the high error rate problem.
Benzer Tezler
- Vegan kefir üretiminde yaban mersini (Vaccinium myrtillus) ekstraktı kullanımının mikrobiyal komünite üzerindeki etkilerinin araştırılması
The effects of blueberry (Vaccinium myrtillus) extract usage on microbial community in vegan kefir production
DOĞAN KÜRŞAD AKTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVCAN AYDIN
- Psödogeni olan genlerin uzun okumalarla değerlendirilmesi: GBA1 geni varyantlarının nanopor ile dizilenmesi
Evaluation of pseudogenes with long reads: Sequencing of GBA1 gene variants with nanopore
YAĞMUR KÜÇÜMEN KILCI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET OKAY ÇAĞLAYAN
- Anaerobic digestion of lignocellulosic waste using alkali pretreatment method interms of performance, microbial community, and cost analysis
Lignoselülozik atıkların alkali ön arıtım yöntemi ile anaerobik arıtımı, performans, mikrobiyal topluluk ve maliyet analizi
CANBERK KAZANCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN İNCE
- Comparative evaluation of prokaryotic community of salda lake using oxford nanopore-minion and next generation sequencing-illumina
Salda gölü'nün prokaryotik topluluğunun oxford nanopore-minıon ve yeni nesil dizileme-illumina ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi
KÜBRA DOYMUŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN İNCE
- Identification and characterization of an intronic transcript for TLE1
TLE1 genine ait intronik bir transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi
İREM YILMAZBİLEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK