Geri Dön

Identification and characterization of an intronic transcript for TLE1

TLE1 genine ait intronik bir transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi

  1. Tez No: 897433
  2. Yazar: İREM YILMAZBİLEK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 82

Özet

Labımızdaki yapılan önceki bir çalışmada, Östrojen (E2) ile düzenlenen yeni izoformları tanımlamak için yüksek çıktılı Nanopore dizileme teknolojisini (Oxford Nanopore Technologies, ONT) kullandık. ONT dizileme kullanımının avantajı, alternatif izoformların tespit edilmesini sağladı. Bu izoformlardan biri de intronik olarak poliadenile edilmiş TLE1 (Transducin-like enhancer protein 1) izoformudur. TLE1, farklı bağlamlarda transkripsiyonel bir korpresör olarak bilinir ancak aynı zamanda ER-kromatin etkileşimlerini olumlu yönde destekler. Bu tezde, bu intronik olarak sonlanan TLE1 izoformunu karakterize etmek için Yapay Zeka (YZ) tabanlı hesaplamalı modelleme ve deneysel laboratuvar deneylerini içeren kapsamlı bir yaklaşım kullandım. Çalışmanın sonuçları, bu mRNA izoformunun fonksiyonel sonuçlarını ortaya koymaktadır; bu izoform, C terminusu kısaltılmış olarak üretilir ve protein etkileşimleri için kritik olan domainleri eksiktir. Genel olarak, verilerimiz, kısaltılmış bir TLE1 proteininin kanonik proteinle birlikte var olabileceğini ve ER kromatin etkileşimlerinde rol oynayabileceğini ve E2 yanıtlı gen düzenlemesini değiştirebileceğini göstermektedir.

Özet (Çeviri)

In a previous study, we used the high-output Nanopore sequencing technology (Oxford Nanopore Technologies, ONT) to identify novel isoforms that are regulated by Estradiol (E2) in an Estrogen Receptor (ER) positive breast cancer model cell line. The advantage of using ONT sequencing allowed the discovery of alternative isoforms, one of which was an intronically polyadenylated TLE (Transducin-like enhancer protein 1) isoform. TLE1 is known as a transcriptional corepressor in different contexts but also positively assists ER-chromatin interactions. In this thesis, I used a comprehensive approach to characterize this intronically terminated TLE1 isoform using Artificial Intelligence (AI) based computational modeling and wet lab experiments. The results of the study present evidence of the functional consequences of this mRNA isoform that is translated but is C'terminus truncated and lacks critical domains for protein interactions. Overall, our data show that a truncated TLE1 protein co-exists with the canonical protein and could play a role in ER chromatin interactions and alter E2 responsive gene regulation.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    783312

    Identification and characterization of an intronic transcript for IGFBP4

    IGFBP4 genine ait intronik bir transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi

    UTKU CEM YILMAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

  2. Tez No

    825229

    Identification and characterization of two intronic transcripts in MCF7 cells

    MCF7 hücrelerinde iki adet intronik transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi

    İREM CEMİLE EROĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

  3. Tez No

    468203

    Identification and characterization of novel mammalian autophagy proteins

    Memeli otofajisinde yeni proteinlerin saptanması ve karakterize edilmesi

    SEÇİL ERBİL BİLİR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyokimyaSabancı Üniversitesi

    DOÇ. DR. DEVRİM GÖZÜAÇIK

  4. Tez No

    305861

    Molecular identification and characterization of phytoplasmas causing stolbur disease in potato and tomato plants in Turkey

    Türkiye'de patates ve domates bitkilerinde stolbur hastalığına neden olan fitoplazmaların moleküler tanısı ve karakterizasyonu

    SEÇKİN EROĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyoteknolojiYeditepe Üniversitesi

    PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN

  5. Tez No

    367670

    Optical sensor design and development for identification of fluids using nanotags

    Nano etiketler ile işaretlenmiş sıvıların tanınması için optik sensör tasarımı ve gliştirilmesi

    BAŞARBATU CAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN ÜREY

Geri Dön