Geri Dön

Synthesis of highly fluorescent N, S co-doped carbon quantum dots and their application in fluorometric detection of G-quadruplex forming HER2 promoter region

Yüksek fluorsanlı N,S ortak katkılı karbon kuantum noktalarının sentezi ve G-dörtlü yapısı oluşturan HER2 promoter bölgesinin florometrik tespitinde uygulaması

PDF İndir

  1. Tez No: 756391
  2. Yazar: ZEYNEP İREM BULUT
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 139

Özet

İnsan epidermal büyüme faktörü reseptörü 2 (HER2), hücre gelişimi ve farklılaşmasında yer aldığı bilinen HER ailesinin bir üyesidir. HER2 geninin yüksek düzeyde ekspresyonu özellikle agresif meme kanseri formlarıyla bağlantılıdır. HER2 promotör bölgesinin stabil G-dörtlü (G4) yapısı oluşturduğu ve de HER2 ekspresyonunun düzenlenmesinde rol oynadığı MCF-7 hücreleri kullanılarak kanıtlanmıştır. Bu kapsamda, HER2 G4 yapısının tespitinin HER2 ekspresyonunun anlaşılmasında kullanılabileceği tezi ortaya çıkmıştır. Bu tez kapsamında sitrik asit ve L-sistein kullanılarak Azot ve Kükürt ortak katkılı karbon kuantum noktaları (N,S-CQD'ler) sentezlenmiş ve TEM, DLS, XRD ve XPS yöntemleri ile karakterize edilmiştir. Floresan boya olan Thioflavin T (ThT), N,S-CQD'lerin emisyonunu azaltmak için, N,S-CQD/ThT karışımı ise HER2 G4 yapısını tespit etmek için kullanılmıştır. Önerilen sensör platformunun HER2 G4 yapısına karşı yüksek hassasiyet sergilediği, tespit sınırının 0.22 M ve lineer dinamik aralığının 0.27 M ile 6.0 M olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, geliştirilen platformun, optimize edilmiş koşullar altında, diğer tek sarmallı (Poli A, dA32, dT32), çift sarmallı (dA32dT32) ve G4 yapıları (RB, Pu22, C-MYC, VEGF, BCL-2 ve K-RAS) arasında HER2 G4'e karşı yüksek seçicilik gösterdiği tespit edilmiştir. HER2 G4'ün yapısı, N,S-CQDs ve ThT ile etkileşimleri dairesel dikroizm spektoskopi ile karakterize edilmiştir. Bildiğimiz kadarıyla geliştirdiğimiz platform HER2 G4 tespiti için geliştirilmiş ilk platformdur ve HER2 G4 yapısının hızlı ve rutin ve tespitinde kullanılabileceğini düşünüyoruz.

Özet (Çeviri)

The human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) is a member of HER family which are known to be involved in cell development and differentiation. The overexpression of HER2 is linked to aggressive forms of breast cancer. It has been reported that the formation of a stable parallel G-quadruplex (G4) in the HER2 promoter region was playing a role in the regulation of HER2 expression in MCF-7 cells. Consequently, we hypothesized that the detection of HER2 G4 structure could be used in investigating HER2 expression. Within this thesis, first Nitrogen and Sulfur Co-doped carbon quantum dots (N,S-CQDs) were synthesized using citric acid and L-cysteine and characterized by TEM, DLS, XRD and XPS. Next, fluorescent Thioflavin T (ThT) dye was used as the quencher of N,S-CQDs and N,S-CQDs/ThT mixture was used as a probe to detect HER2 G4 structure. The developed probe was found to exhibit a remarkable sensitivity towards HER2 G4 with LOD of 0.22 M, and LDR of 0.27 M to 6.0 M. The probe was also selective towards HER2 G4 among other single-stranded (Poly A, dA32, dT32), double-stranded (dA32dT32), and G4 structures (RB, Pu22, C-MYC, VEGF, BCL-2, and K-RAS) under the optimized conditions. The structure of HER2 G4 and its interactions with N,S-CQDs and ThT were further characterized via Circular Dichroism spectroscopy. To the best of our knowledge, this is the first platform developed for HER2 G4 detection, and we believe it could open up new avenues in fast and routine detection of HER2 G4 structure.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    714474

    Light induced synthesis and characterization of clickable polyacrylamide hydrogels

    Çıt çıtlanabilir poliakrilamid hidrojellerin ışık ile uyarılmış sentezi ve karakterizasyonu

    MEHMET BİLGEHAN BİLGİÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Polimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YUSUF YAĞCI

  2. Tez No

    517716

    İyon seçici sol-jel film sentezi ve optik sensör olarak kullanmı

    Ion selective sol-gel film synthesis and usage as optical sensor

    MERVE UMUTLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ORHAN GÜNEY

  3. Tez No

    39384

    Düşük tenörlü şelit konsantrelerinden tungsten metal tozu üretimi

    The production of tungsten metal powder by utilizing low grade scheelite concentrate

    BÜLENT ŞİRİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. OKAN ADDEMİR

  4. Tez No

    675427

    4-(triflorometoksi)fenoksi grupları içeren ftalosiyaninlerin sentezi, tıpta, biyolojide ve ileri teknolojide kullanılabilirliklerinin araştırılması

    Synthesis of phthalocyanines containing 4- (trifluorometoxy) phenoxy groups and investigation of their usability in medicine, biology, and advanced technology

    NAZLI FARAJZADEH

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAKBULE KOÇAK

  5. Tez No

    825877

    Development of Microwave/Droplet-Microfluidics Integrated Heating and Sensing Platforms for Biomedical and Pharmaceutical Lab-on-a-Chip Applications

    Development of Microwave/Droplet-Microfluidics Integrated Heating and Sensing Platforms for Biomedical and Pharmaceutical Lab-on-a-Chip Applications

    GÜRKAN YEŞİLÖZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyomühendislikUniversity of Waterloo

    Mühendislik Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CAROLYN L. REN

Geri Dön