Synthesis of highly fluorescent N, S co-doped carbon quantum dots and their application in fluorometric detection of G-quadruplex forming HER2 promoter region
Yüksek fluorsanlı N,S ortak katkılı karbon kuantum noktalarının sentezi ve G-dörtlü yapısı oluşturan HER2 promoter bölgesinin florometrik tespitinde uygulaması
- Tez No: 756391
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Floresan, Floresan boyalar, G-dörtlüsü, Kuantum noktaları, Fluorescence, Fluorescent dyes, G-quadruplex, Quantum dots
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İnsan epidermal büyüme faktörü reseptörü 2 (HER2), hücre gelişimi ve farklılaşmasında yer aldığı bilinen HER ailesinin bir üyesidir. HER2 geninin yüksek düzeyde ekspresyonu özellikle agresif meme kanseri formlarıyla bağlantılıdır. HER2 promotör bölgesinin stabil G-dörtlü (G4) yapısı oluşturduğu ve de HER2 ekspresyonunun düzenlenmesinde rol oynadığı MCF-7 hücreleri kullanılarak kanıtlanmıştır. Bu kapsamda, HER2 G4 yapısının tespitinin HER2 ekspresyonunun anlaşılmasında kullanılabileceği tezi ortaya çıkmıştır. Bu tez kapsamında sitrik asit ve L-sistein kullanılarak Azot ve Kükürt ortak katkılı karbon kuantum noktaları (N,S-CQD'ler) sentezlenmiş ve TEM, DLS, XRD ve XPS yöntemleri ile karakterize edilmiştir. Floresan boya olan Thioflavin T (ThT), N,S-CQD'lerin emisyonunu azaltmak için, N,S-CQD/ThT karışımı ise HER2 G4 yapısını tespit etmek için kullanılmıştır. Önerilen sensör platformunun HER2 G4 yapısına karşı yüksek hassasiyet sergilediği, tespit sınırının 0.22 M ve lineer dinamik aralığının 0.27 M ile 6.0 M olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, geliştirilen platformun, optimize edilmiş koşullar altında, diğer tek sarmallı (Poli A, dA32, dT32), çift sarmallı (dA32dT32) ve G4 yapıları (RB, Pu22, C-MYC, VEGF, BCL-2 ve K-RAS) arasında HER2 G4'e karşı yüksek seçicilik gösterdiği tespit edilmiştir. HER2 G4'ün yapısı, N,S-CQDs ve ThT ile etkileşimleri dairesel dikroizm spektoskopi ile karakterize edilmiştir. Bildiğimiz kadarıyla geliştirdiğimiz platform HER2 G4 tespiti için geliştirilmiş ilk platformdur ve HER2 G4 yapısının hızlı ve rutin ve tespitinde kullanılabileceğini düşünüyoruz.
Özet (Çeviri)
The human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) is a member of HER family which are known to be involved in cell development and differentiation. The overexpression of HER2 is linked to aggressive forms of breast cancer. It has been reported that the formation of a stable parallel G-quadruplex (G4) in the HER2 promoter region was playing a role in the regulation of HER2 expression in MCF-7 cells. Consequently, we hypothesized that the detection of HER2 G4 structure could be used in investigating HER2 expression. Within this thesis, first Nitrogen and Sulfur Co-doped carbon quantum dots (N,S-CQDs) were synthesized using citric acid and L-cysteine and characterized by TEM, DLS, XRD and XPS. Next, fluorescent Thioflavin T (ThT) dye was used as the quencher of N,S-CQDs and N,S-CQDs/ThT mixture was used as a probe to detect HER2 G4 structure. The developed probe was found to exhibit a remarkable sensitivity towards HER2 G4 with LOD of 0.22 M, and LDR of 0.27 M to 6.0 M. The probe was also selective towards HER2 G4 among other single-stranded (Poly A, dA32, dT32), double-stranded (dA32dT32), and G4 structures (RB, Pu22, C-MYC, VEGF, BCL-2, and K-RAS) under the optimized conditions. The structure of HER2 G4 and its interactions with N,S-CQDs and ThT were further characterized via Circular Dichroism spectroscopy. To the best of our knowledge, this is the first platform developed for HER2 G4 detection, and we believe it could open up new avenues in fast and routine detection of HER2 G4 structure.
Benzer Tezler
- 1,3-difenil-4,5-bis(hidroksiimino)-imidazolidin ve Ni(II), Cu(II), Pd(II), UO2(VI) komplekslerinin sentezi
Başlık çevirisi yok
VEFA AHSEN
Doktora
Türkçe
1984
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZER BEKAROĞLU
- Buca yerleşme merkezinde ekoloji yönünden önemli biyotoplar üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
KEMAL TULUHAN YILMAZ
- Çok bileşenli distilasyon sistemlerinin optimal dizilişinin sentezi
Synthesis of optimum sequencing of multicomponent distillatron systems
İRFAN AR
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
KimyaGazi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AHMET BİÇER
- Isı değiştirgeç ağlarının optimum sentezi
Başlık çevirisi yok
SERAP CESUR
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Kimya MühendisliğiEge ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BENO KURYEL
- Sivas'ta kadınların işgücüne katılım farklılıkları
Başlık çevirisi yok
BİNNUR ERCEM
Yüksek Lisans
Türkçe
1984
SosyolojiCumhuriyet ÜniversitesiKurumlar Sosyolojisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FARUK KOCACIK
- A-ve B- naftalinsulfonik asit sentezleri üzerine çalışmalar
A Study on the synthesis of A-;B- naphtalenesulphanic acid
YILMAZ YILDIRIR