Identification of potential transcriptomic biomarkers for varroa resistance in honey bees (Apis mellifera anatoliaca)
Bal arılarında (Apis mellifera anatoliaca) varroa direnci için potansiyel transkriptomik biyobelirtiçleri tanımlaması
- Tez No: 760150
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CHRISTOPHER LOUIS MAYACK, DR. ÖĞR. ÜYESİ STUART JAMES LUCAS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik, Biostatistics, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 104
Özet
Bal arıları, çevresel stres faktörleri, pestisit maruziyeti ve hastalıklar nedeniyle ağır ölüm yaşamaktadır. Bal arıları, temel tozlayıcı ve bal gibi birçok ürünün üreticisi rolleri nedeniyle ekonomiye önemli katkı sağladığından, artan ölüm oranları dünya ve Türkiye ekonomisini ciddi şekilde etkilemektedir. Bal arısı sağlığının azalmasının ve ölümlerinin başlıca nedeni, Varroa akarı olarak da bilinen ektoparazit Varroa yıkıcısı ile bal arısı kolonilerinin istilasıdır. Dünya çapında Varroa dirençli (VR) hatları oluşturmak için nesiller boyunca düşük Varroa akarları seviyelerine bağlı özellikler için bazı bal arısı hattı seçici olarak yetiştirilmiştir. Burada, Varroa direnci için transkriptomik biyobelirteçleri belirlemek için düşük Varroa akarları seviyeleri için yerel olarak seçici olarak yetiştirilen bal arısı hatlarının hastalık prevalansı, bolluğu ve gen ekspresyon profillerini incelemekteyiz. VR kolonilerinde 278 önemli ölçüde yukarı regüle ve 23 aşağı regüle gen tanımlamıştık. Diferansiyel olarak eksprese edilen en önemli gen, CCAAT/arttırıcı-bağlayıcı protein gama (LOC726550) olduğunu anlaşılmıştır. Daha sonra, protein-protein etkileşimleri (PPI) ağı oluşturmak için, STRING'e karşı önemli ölçüde yukarı regüle edilmiş genleri sorgulamıştık. Ağın topolojik özellikleri, ölçeksiz özelliğini ortaya çıkarmıştı; bu, çoğu genin, hub olarak adlandırılan az sayıda yüksek düzeyde bağlantılı gene bağlı olduğunu gösterir. Ağın daha fazla incelenmesi, üst iki merkezlerin, papilin (LOC413021) ve ısı şok protein kognatı 4'ün (Hsc70-4) ağdaki bilgi akışı üzerinde yüksek etkiye sahip olduğunu ortaya çıkarmış ve bunların önemini doğrulamıştır. Bu nedenle, Varroa direnci için potansiyel transkriptomik biyobelirteçler olarak LOC413021, Hsc70-4 ve LOC726550'yi önermekteyiz.
Özet (Çeviri)
Honey bees are experiencing heavy mortality due to environmental stressors, pesticide exposure, and diseases. Since honey bees contribute significantly to the economy due to their roles as essential pollinators and producers of honey among many other products, increased mortality rates are severely affecting the global and Turkish economy. The lead cause of honey bee mortality and health decline is infestation of honey bee colonies with the ectoparasite Varroa destructor, also known as the Varroa mite. Several honey bee lines have been selectively bred for traits linked to low levels of Varroa mites for generations to generate Varroa-resistant (VR) lines around the globe. Here, we examine disease prevalence, abundance, and gene expression profiles of honey bee lines that have been selectively bred locally for low levels of Varroa mites to identify transcriptomic biomarkers for Varroa resistance. We identified 278 significantly upregulated and 23 downregulated genes in VR colonies. The top differentially expressed gene was the CCAAT/enhancer-binding protein gamma (LOC726550). Next, we queried significantly upregulated genes against STRING to build a protein-protein interaction network. Network topological features revealed its scale-free property, indicating that most genes are connected to a small number of the highly connected genes called hubs. Further inspection of the network revealed that the top two hubs, papilin (LOC413021) and heat shock protein cognate 4 (Hsc70-4), have high influence over the flow of information in the network, confirming their importance. Therefore, we suggest LOC413021, Hsc70-4, and LOC726550 as potential transcriptomic biomarkers for Varroa resistance.
Benzer Tezler
- Çoklu-omik verilerin bütünleşik analizi ile romatoid artrit hastalığına yönelik biyobelirteçlerin belirlenmesi
Identification of biomarkers for rheumatoid arthritis disease by integrated analysis of multi-omic data
TUĞÇE ÇELEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyomühendislikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ
- Kolorektal kanserde transkriptomik meta analiz ve yeni biyobelirteçlerin keşfi
Transcriptomic meta-analysis and discovery of new biomarkers in colorectal cancer
HAKIIMU KAWALYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ
- Hepatit C virüs-ilişkili hepatoselüler karsinomda moleküler patogenezin ve yeni biyobelirteçlerin biyoinformatik analiz ile araştırılması
Investigation of molecular pathogenesis and novel biomarkers in hepatitis C virus-associated hepatocellular carcinoma by bioinformatics analysis
YAĞMUR KURT DEMİRTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyokimyaEge ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVCAN ATAY
- Development of novel tools for cancer diagnosis, prognosis and treatment using intra- or inter-species transcriptome meta-analysis
Tür içi ve türler arası transkriptom meta-analizi kullanılarak kanser teşhisi, prognozu ve tedavisi için yeni araçların geliştirilmesi
HUMA SHEHWANA
Doktora
İngilizce
2017
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Systems biomedicine and pharmacology approaches for drug repositioning to uncover candidate anti-cancer drugs
Aday kanser karşıtı ilaçların bulunması için sistem biyotıp ve farmakolojisi yaklaşımı ile ilaç repozisyonu
BESTE TURANLI
Doktora
İngilizce
2018
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA