Transcription factor-mediated gene regulation of chromosome 1q in breast cancer
Meme kanserinde kromozom 1q bölgesinin transkripsiyon faktörü aracılı gen regülasyonu
- Tez No: 761198
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖZDE KORKMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 96
Özet
Meme kanseri, kadınlarda en sık görülen kanser türü olmakla birlikte dünyada kansere bağlı ölümlerin beşinci nedenidir. Meme kanserlerinin yaklaşık %80'i, DNA ile doğrudan etkileşime östrojen yanıt elemanları (ERE) veya başka transkripsiyon faktörleri (TF) sayesinde giren diziye özgü transkripsiyon faktörü olan östrojen reseptör α (ERα) pozitiftir. Forkhead Box A1 (FOXA1) ve GATA Binding Protein 3 (GATA3), ERα bağlanmasını düzenleyen başlıca transkripsiyon faktörlerinden ikisidir ve bunların anormal ekspresyonu, özellikle luminal A moleküler alt tipi meme kanseri ile ilişkilidir. Kopya Sayısı Varyantı (CNV), insan genomunda meydana gelen yapısal bir varyanttır ve meme kanseri hücrelerinde en çok değişen bölgelerden birinin 1. kromozom olduğu daha önce gösterilmiştir. Buna bağlı olarak, meme kanserlerinin %70'inden fazlası 1. kromozomun q kolunda kopya sayısı farklılığı (artışı) gösterir. Bu çalışmada, ERα-GATA3-FOXA1 cistromunun kromozom 1q kopya sayısı artışı ile ilişkisi ve buna bağlı olabilecek muhtemel gen regülasyonu değişikliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu doğrultuda, kromatin immünopresipitasyon dizileme (ChIP-seq) analizi ile belirlenen ERα, FOXA1 ve GATA3 bağlanma bölgeleri, RNA dizileme (RNA-seq) analizi ile elde edilen MCF7, T47D ve ZR75-1 hücre hatlarındaki gen ekspresyonu verileri ve Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) ' dan elde edilen kopya sayısı varyant verileri kullanılmıştır. Hedeflenen TF'lerin doğrudan ve dolaylı bağlanma bölgelerinin yanı sıra hücre hatları arasındaki örtüşen bağlanma bölgelerinin elde edilmesinden sonra, kromozom 1q da belirgin bağlanma gösteren sitobandlar belirlenmiştir. Bu genomik bölgelerin fonksiyonlarını farklı bağlamlarda hedeflemek için CRISPR/Cas9 kütüphaneleri oluşturulmuştur. Belirli sitobandlara odaklanan ChIP-seq ve RNA-seq verisi arasındaki ilişkisinin araştırılması, daha ileri çalışmalar için umut verici adaylar olabilecek yukarı regüle edilmiş genleri ortaya çıkarmıştır.
Özet (Çeviri)
Breast cancer is the most commonly diagnosed cancer among women and the fifth cause of cancer deaths in the world. Approximately 80% of breast cancer patients are estrogen receptor alpha (ERα) positive, which is a sequence-specific transcription factor that interacts with DNA either directly by estrogen response elements (EREs) or recruited by other transcription factors (TFs). Forkhead Box A1 (FOXA1) and GATA Binding Protein 3 (GATA3) are two of the major factors that regulate ERα binding and their abnormal expression is associated specifically with luminal A subtype breast cancer. Copy Number Variation (CNV) is a structural variant in the human genome, and chromosome 1 is shown to be one of the most altered regions of breast cancer cells. Consequently, more than 70% of breast tumors display copy number gain in the 1q arm. In this study, the aim is to investigate the association of ERα-GATA3-FOXA1 cistrome with copy number amplifications of chromosome 1q and, finally, gene regulation. For this purpose, chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) focused analysis of ERα, FOXA1, and GATA3 binding sites, RNA-seq data for the gene expression in MCF7, T47D, and ZR75-1 cell lines, and copy number data collected from Cancer Cell Line Encyclopedia are used. After obtaining the direct and indirect binding sites of targeted TFs, along with the overlapping binding sites among the cell lines, chromosome 1q cytobands with distinguished binding patterns are determined. Custom-made CRISPR/Cas9 libraries are generated in order to target those genomic regions in distinct ways. ChIP-seq and RNA-seq data association focused on specific cytobands revealed upregulated genes that might be promising candidates for further studies.
Benzer Tezler
- Bazı sitokinlerin C/EBPd geninin transkripsiyonel regülasyonu üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of some cytokines effects in transcription regulation of human C/EBPd gene
SERPİL UĞRAŞ
- A study on RNA and protein effectors of transcription factor activity and gene expression
Transkripsiyon faktörü aktivitesi ve gen ifadesinde RNA ve protein etkenleri üzerine bir çalışma
AYŞE DERYA CAVGA
Doktora
İngilizce
2019
BiyofizikKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Function of the mouse PIWI proteins and biogenesis of their piRNAs in the male germline
Başlık çevirisi yok
ERGİN BEYRET
- AZF delesyonu olan infertil erkeklerde HIF-1α sinyal yolağının aktivitesinin araştırılması
Investigation of the activity of the HIF-1α signaling pathway in infertile men with AZF deletion
DİLBESTE DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE NEDİME KORUCU
- Transformation of tobacco with a nac type transcription factor, TaNAC69-1 and characterization of transgenic plants via molecular and physiological techniques
Tütünün nac tipi bir transkripsiyon faktörü olan TaNAC69-1 geni ile transformasyonu ve transgenik bitkilerin moleküler ve fizyolojik yöntemlerle karakterize edilmesi
AYTEN EROĞLU
Doktora
İngilizce
2015
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE MERAL YÜCEL
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM