LISA: A fast filtering algorithm for structural alignment
LISA: Yapısal hizalamanın hızlanması için hızlı bir filtreleme algoritmasi
- Tez No: 761353
- Danışmanlar: PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY, PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology
- Anahtar Kelimeler: Filtreleme, Hücre bölünmesi, Hücre büyüme işlemleri, Proteinler, Filtration, Cell division, Cell growth processes, Proteins
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veri Bilimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Protein - Protein Etkileşimleri (PPE), bir hücrenin büyümesi, bölünmesi veya bakımı gibi hayati süreçlere neden olmaktadır. Herhangi bir hücrenin kendisi ve diğerleri ile işleyişini anlamak için önemli bir konudur. Farklı yapıların özelliklerini araştırmak için en güvenilir teknikler deneysel metotlar olsa da, sayısal yöntemler ihmal edilebilir hata ile çok daha hızlıdır.Bununla birlikte, daha doğru sonuçların daha hızlı elde edilmesi için PPE tahminlerinin iyileştirilmesi gerekmektedir. Bu tezde, PPE yapılarının tahmin hızını artırmak için iki aşamalı bir karma fonksiyonu algoritması sunulmaktadır.Birinci bölümde, çok sayıda arayüz; bağ açıları, dihedral açılar ve Karbon Alfa (CA) atomları arasındaki mesafeler gibi farklı özelliklerine göre sınıflandırılmaktadır. Seçilmiş iki CA atomunun 4 $\AA$ ile 13 $\AA$ arasındaki mesafeye sahip ardışık olmayan her amino asit için, bu CA atomları ve onların komşu CA atomları ile gerekli açıları ve mesafeleri hesaplanır. Daha sonra, bir hash tablosu kullanarak algoritmanın ilk aşamasında benzer özelliklere sahip amino asit dörtlüleri özelliklerine ve arayüzlerine göre sınıflandırılır. İkinci aşamada, arayüzler için hesaplanan aynı özellikler kullanılarak belirli bir protein ile karşılaştırılır ve benzerliklerine göre puanlanır. Bu algoritma, Arayüz-Bazlı PPE tahminleme algoritmalarında seçilecek arayüzler arasından alakasız seçenekleri filtrelemek ve olası adayları sınırlandırmak için geliştirilmiştir. Protein yerleştirme algoritmalarında girdi olarak kullanılacak arayüzleri bir veri setinden seçmek için kullanılacak yapısal hizalama algoritmasının çalışma süresini veri setini filtreleyip küçülterek azaltmak için kullanışlıdır.
Özet (Çeviri)
Protein - Protein Interactions (PPI) cause vital processes such as growing, division or maintenance of a cell. It is an important topic in order to understand the functioning of any cell with itself and others. Even though the most reliable techniques are experimental for investigating the properties of different structures, numerical methods are much faster with negligible error. Nevertheless, predictions of PPI needs improvements in order to derive more accurate results faster. In this thesis, we are implementing a two-step hashing algorithm in order to increase the speed of prediction of PPI structures. In the first part, a large number of interfaces are classified by their different properties such as bond angles, dihedral angles and distances between Carbon Alpha (CA) atoms. For each non-consecutive residue that has the distance of 4 $\AA$ to 13 $\AA$, between CA atoms,we are calculating necessary angles and distances with selected CA atoms and their consecutive neighbors. Then, we are classifying fragments of interfaces with similar properties in the first phase of the algorithm by using a hash table. In the second phase, we are comparing a given protein using the same properties that calculated for templates, and score them by their similarity. Proposed algorithm is developed for filtering the dissimilar interfaces and limiting the possible number of interfaces that can be used in Template-Based PPI prediction protocols. In addition, it is useful for reducing the computation time of any structural alignment algorithm to find input templates for a docking algorithm by returning a filtered subset from a given template dataset.
Benzer Tezler
- Design of application specific instruction set processors for the FFT and FHT algorithms
FFT ve FHT algorıtmaları için uygulamaya özgü komut kümeli işlemci tasarımı
OĞUZHAN ATAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH ATALAR
- Yakın alan ölçümler ile radar kesit alanı hesaplanması
Radar cross section calculation with near field measurements
OKYANUS TULGAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüElektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ARİF ERGİN
- Sentence based topic modeling
Tümce kökenli konu modelleme
CAN TAYLAN SARI
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Bölümü
PROF. DR. ÖZGÜR ULUSOY
- İstanbul metropolünün çeşitli birimlerinin yerel bilgisayar ağlarının global bir bilgisayar ağı altında birleştirilmesi
Integration of the local area networks of the sub-units of the İstanbul city under one metropolitan area network
DEVRİM SERDAR UYGUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. HALİM ZAİM
- Yükseköğretim kanunu sorgulamasının bilgisayara uyarlama çalışması
Başlık çevirisi yok
ERTUĞRUL GÖKHAN KAÇAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1988
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OĞUZ MANAS