Geri Dön

LISA: A fast filtering algorithm for structural alignment

LISA: Yapısal hizalamanın hızlanması için hızlı bir filtreleme algoritmasi

  1. Tez No: 761353
  2. Yazar: EMRE KÜÇÜK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY, PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Veri Bilimi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 111

Özet

Protein - Protein Etkileşimleri (PPE), bir hücrenin büyümesi, bölünmesi veya bakımı gibi hayati süreçlere neden olmaktadır. Herhangi bir hücrenin kendisi ve diğerleri ile işleyişini anlamak için önemli bir konudur. Farklı yapıların özelliklerini araştırmak için en güvenilir teknikler deneysel metotlar olsa da, sayısal yöntemler ihmal edilebilir hata ile çok daha hızlıdır.Bununla birlikte, daha doğru sonuçların daha hızlı elde edilmesi için PPE tahminlerinin iyileştirilmesi gerekmektedir. Bu tezde, PPE yapılarının tahmin hızını artırmak için iki aşamalı bir karma fonksiyonu algoritması sunulmaktadır.Birinci bölümde, çok sayıda arayüz; bağ açıları, dihedral açılar ve Karbon Alfa (CA) atomları arasındaki mesafeler gibi farklı özelliklerine göre sınıflandırılmaktadır. Seçilmiş iki CA atomunun 4 $\AA$ ile 13 $\AA$ arasındaki mesafeye sahip ardışık olmayan her amino asit için, bu CA atomları ve onların komşu CA atomları ile gerekli açıları ve mesafeleri hesaplanır. Daha sonra, bir hash tablosu kullanarak algoritmanın ilk aşamasında benzer özelliklere sahip amino asit dörtlüleri özelliklerine ve arayüzlerine göre sınıflandırılır. İkinci aşamada, arayüzler için hesaplanan aynı özellikler kullanılarak belirli bir protein ile karşılaştırılır ve benzerliklerine göre puanlanır. Bu algoritma, Arayüz-Bazlı PPE tahminleme algoritmalarında seçilecek arayüzler arasından alakasız seçenekleri filtrelemek ve olası adayları sınırlandırmak için geliştirilmiştir. Protein yerleştirme algoritmalarında girdi olarak kullanılacak arayüzleri bir veri setinden seçmek için kullanılacak yapısal hizalama algoritmasının çalışma süresini veri setini filtreleyip küçülterek azaltmak için kullanışlıdır.

Özet (Çeviri)

Protein - Protein Interactions (PPI) cause vital processes such as growing, division or maintenance of a cell. It is an important topic in order to understand the functioning of any cell with itself and others. Even though the most reliable techniques are experimental for investigating the properties of different structures, numerical methods are much faster with negligible error. Nevertheless, predictions of PPI needs improvements in order to derive more accurate results faster. In this thesis, we are implementing a two-step hashing algorithm in order to increase the speed of prediction of PPI structures. In the first part, a large number of interfaces are classified by their different properties such as bond angles, dihedral angles and distances between Carbon Alpha (CA) atoms. For each non-consecutive residue that has the distance of 4 $\AA$ to 13 $\AA$, between CA atoms,we are calculating necessary angles and distances with selected CA atoms and their consecutive neighbors. Then, we are classifying fragments of interfaces with similar properties in the first phase of the algorithm by using a hash table. In the second phase, we are comparing a given protein using the same properties that calculated for templates, and score them by their similarity. Proposed algorithm is developed for filtering the dissimilar interfaces and limiting the possible number of interfaces that can be used in Template-Based PPI prediction protocols. In addition, it is useful for reducing the computation time of any structural alignment algorithm to find input templates for a docking algorithm by returning a filtered subset from a given template dataset.

Benzer Tezler

  1. Design of application specific instruction set processors for the FFT and FHT algorithms

    FFT ve FHT algorıtmaları için uygulamaya özgü komut kümeli işlemci tasarımı

    OĞUZHAN ATAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ABDULLAH ATALAR

  2. Bilgisayar teknolojisinin okul yönetiminde kullanımında, okul yöneticilerinin bilgisayar teknolojisine karşı tutumları ile kullanma düzeyleri ve öğretmenlerin bilgisayar teknojisini kullanma düzeyi: Antalya ili örneği

    The usage of computer technology in school administration, primary school administrators' attitudes towards computer technology, administrators' and teachers' computer usage level

    GÖKHAN CANTÜRK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    Bilim ve TeknolojiAkdeniz Üniversitesi

    Eğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ. İLHAN GÜNBAYI

  3. N.M. Karamzin'in 'Zavallı Liza' ve Sami Paşazade Sezai'nin 'Sergüzeşt' adlı eserlerinde halk kültürü yansımalarının karşılaştırmalı analizi

    Comparative analysis for folk culture reflections in writings named 'Poor Lisa' by N. M. Karamzin and 'Sergüzeşt' by Sami Paşazade Sezai'

    PINAR DİLEKÇİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Batı Dilleri ve EdebiyatıAtatürk Üniversitesi

    Rus Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BAHAR DEMİR

  4. Respiratuar distres sendromlu preterm bebeklerde iki farklı sürfaktan verilme metodunun karşılaştırılması

    Comparison of two different surfactant administiration methods in preterm babies with respiratory distress syndrome

    EMRE SOYER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSakarya Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM CANER

  5. Başyapıt imgelerin günümüz sanatındaki yorumları

    Reviews of image in contemporary art masterpieces

    SONAY MEMOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Güzel SanatlarAtatürk Üniversitesi

    Resim Ana Sanat Dalı

    YRD. DOÇ. DR. EVREN KAVUKCU