LISA: A fast filtering algorithm for structural alignment
LISA: Yapısal hizalamanın hızlanması için hızlı bir filtreleme algoritmasi
- Tez No: 761353
- Danışmanlar: PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY, PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veri Bilimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 111
Özet
Protein - Protein Etkileşimleri (PPE), bir hücrenin büyümesi, bölünmesi veya bakımı gibi hayati süreçlere neden olmaktadır. Herhangi bir hücrenin kendisi ve diğerleri ile işleyişini anlamak için önemli bir konudur. Farklı yapıların özelliklerini araştırmak için en güvenilir teknikler deneysel metotlar olsa da, sayısal yöntemler ihmal edilebilir hata ile çok daha hızlıdır.Bununla birlikte, daha doğru sonuçların daha hızlı elde edilmesi için PPE tahminlerinin iyileştirilmesi gerekmektedir. Bu tezde, PPE yapılarının tahmin hızını artırmak için iki aşamalı bir karma fonksiyonu algoritması sunulmaktadır.Birinci bölümde, çok sayıda arayüz; bağ açıları, dihedral açılar ve Karbon Alfa (CA) atomları arasındaki mesafeler gibi farklı özelliklerine göre sınıflandırılmaktadır. Seçilmiş iki CA atomunun 4 $\AA$ ile 13 $\AA$ arasındaki mesafeye sahip ardışık olmayan her amino asit için, bu CA atomları ve onların komşu CA atomları ile gerekli açıları ve mesafeleri hesaplanır. Daha sonra, bir hash tablosu kullanarak algoritmanın ilk aşamasında benzer özelliklere sahip amino asit dörtlüleri özelliklerine ve arayüzlerine göre sınıflandırılır. İkinci aşamada, arayüzler için hesaplanan aynı özellikler kullanılarak belirli bir protein ile karşılaştırılır ve benzerliklerine göre puanlanır. Bu algoritma, Arayüz-Bazlı PPE tahminleme algoritmalarında seçilecek arayüzler arasından alakasız seçenekleri filtrelemek ve olası adayları sınırlandırmak için geliştirilmiştir. Protein yerleştirme algoritmalarında girdi olarak kullanılacak arayüzleri bir veri setinden seçmek için kullanılacak yapısal hizalama algoritmasının çalışma süresini veri setini filtreleyip küçülterek azaltmak için kullanışlıdır.
Özet (Çeviri)
Protein - Protein Interactions (PPI) cause vital processes such as growing, division or maintenance of a cell. It is an important topic in order to understand the functioning of any cell with itself and others. Even though the most reliable techniques are experimental for investigating the properties of different structures, numerical methods are much faster with negligible error. Nevertheless, predictions of PPI needs improvements in order to derive more accurate results faster. In this thesis, we are implementing a two-step hashing algorithm in order to increase the speed of prediction of PPI structures. In the first part, a large number of interfaces are classified by their different properties such as bond angles, dihedral angles and distances between Carbon Alpha (CA) atoms. For each non-consecutive residue that has the distance of 4 $\AA$ to 13 $\AA$, between CA atoms,we are calculating necessary angles and distances with selected CA atoms and their consecutive neighbors. Then, we are classifying fragments of interfaces with similar properties in the first phase of the algorithm by using a hash table. In the second phase, we are comparing a given protein using the same properties that calculated for templates, and score them by their similarity. Proposed algorithm is developed for filtering the dissimilar interfaces and limiting the possible number of interfaces that can be used in Template-Based PPI prediction protocols. In addition, it is useful for reducing the computation time of any structural alignment algorithm to find input templates for a docking algorithm by returning a filtered subset from a given template dataset.
Benzer Tezler
- Design of application specific instruction set processors for the FFT and FHT algorithms
FFT ve FHT algorıtmaları için uygulamaya özgü komut kümeli işlemci tasarımı
OĞUZHAN ATAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH ATALAR
- Bilgisayar teknolojisinin okul yönetiminde kullanımında, okul yöneticilerinin bilgisayar teknolojisine karşı tutumları ile kullanma düzeyleri ve öğretmenlerin bilgisayar teknojisini kullanma düzeyi: Antalya ili örneği
The usage of computer technology in school administration, primary school administrators' attitudes towards computer technology, administrators' and teachers' computer usage level
GÖKHAN CANTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
Bilim ve TeknolojiAkdeniz ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ. İLHAN GÜNBAYI
- N.M. Karamzin'in 'Zavallı Liza' ve Sami Paşazade Sezai'nin 'Sergüzeşt' adlı eserlerinde halk kültürü yansımalarının karşılaştırmalı analizi
Comparative analysis for folk culture reflections in writings named 'Poor Lisa' by N. M. Karamzin and 'Sergüzeşt' by Sami Paşazade Sezai'
PINAR DİLEKÇİ
Doktora
Türkçe
2017
Batı Dilleri ve EdebiyatıAtatürk ÜniversitesiRus Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAHAR DEMİR
- Respiratuar distres sendromlu preterm bebeklerde iki farklı sürfaktan verilme metodunun karşılaştırılması
Comparison of two different surfactant administiration methods in preterm babies with respiratory distress syndrome
EMRE SOYER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSakarya ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM CANER
- Başyapıt imgelerin günümüz sanatındaki yorumları
Reviews of image in contemporary art masterpieces
SONAY MEMOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Güzel SanatlarAtatürk ÜniversitesiResim Ana Sanat Dalı
YRD. DOÇ. DR. EVREN KAVUKCU