Structural comparison study of (6-4) photolyase from Vibrio cholerae
Vibrio cholerae'den (6-4) fotoliyaz yapısal karşılaştırma çalışması
- Tez No: 765099
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI, DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biochemistry, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 63
Özet
DNA'ya Ultraviyole (UV) ışınlaması üzerine, pirimidin dimerleri oluşur. Bu mutajenik lezyonlar ya siklobuten pirimidin dimerleri (CPD) ya da (6-4) fotoürünleri ((6- 4) PP'ler) şeklindedir. Fotoliyazlar (PL'ler), pirimidin dimerlerini orijinal durumlarına geri katalize etmek için mavi ışık enerjisini kullanan DNA onarım enzimleridir. PL'ler, belirli alt katmanlarından ve onarım işlevlerinden sonra adlandırılır. (6-4) PL'ler, katalitik kofaktör flavin adenin dinükleotidi (FAD) ve ek bir anten kromoforu yardımıyla (6-4) PP'leri onarır. Bakteriyel (6-4) PL'ler, bilinmeyen bir işleve sahip [4Fe-4S] kümesi adı verilen başka bir kofaktör içerir. Bu çalışmada, Vibrio cholerae (O1 bivar Tor str. N16961) (Vc) kaynaklı (6-4) fotolizazın kristal yapısı 2.5 Å çözünürlükte tanımlanmıştır. FAD, 6,7-dimetil-8- ribitylumazin (DMRL) ve [4Fe-4S] kofaktörlerinin varlığı ve konumu elektron bulutları tarafından gösterildi. Bu kofaktörlerin Vc(6-4) PL ile etkileşimleri, yapısal olarak mevcut diğer bakteriyel (6-4) PL'ler ve Drosophila melanogaster (Dm) (6-4) PL'in karşılaştırılmasıyla araştırıldı. Karşılaştırma, bakteriyel PL'lerde DMRL'ı stabilize edebilen ve Vc(6-4) PL'de daha sıkı etkileşim sağlayan korunmuş bir su molekülünü ortaya çıkardı. Katalitik alanda bulunan korunmuş bir motifte, Vc(6-4) PL ve Dm(6-4) PL tortusu arasında farklı bir konformasyon gözlemlendi. Vc(6-4) PL'de düzensiz bir bölge gözlemlendi ve burası bir DNA bağlanma bölgesi olarak önerildi. Dm(6-4) PL ile yapısal bir karşılaştırma, Vc(6-4) PL'nin C-terminalinde iki ek sarmal olduğunu ortaya çıkardı. Ek hesaplama çalışmaları, DNA'nın Vc(6-4) PL'ye Dm(6-4) PL'den farklı bir şekilde bağlandığını veya Vc(6-4) PL'nin DNA bağlanması üzerine bir konformasyonel değişikliğe maruz kalabileceğini ileri sürmektedir.
Özet (Çeviri)
Upon Ultraviolet (UV) irradiation to the DNA, pyrimidine dimers are formed. These mutagenic lesions are either in form of cyclobutene pyrimidine dimers (CPD) or (6-4) photoproducts ((6-4) PPs). Photolyases (PLs) are DNA repair enzymes that use blue light energy to catalyze pyrimidine dimers back to their original state. PLs are named after their specific substrates and their repair functions. (6-4) PLs repair (6-4) PPs with the help of catalytic cofactor flavin adenine dinucleotide (FAD) and an additional antenna chromophore. Bacterial (6-4) PLs contain another cofactor called [4Fe-4S] cluster with an unknown function. In this study, the crystal structure of (6-4) photolyase from Vibrio cholerae (O1 bivar Tor str. N16961) (Vc) has been identified at 2.5 Å resolution. The presence and location of FAD, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine (DMRL), and [4Fe-4S] cofactors were shown by the electron clouds. Their interactions with the Vc(6-4) PL were investigated with the comparison of other structurally available bacterial (6-4) PLs and Drosophila melanogaster (Dm) (6-4) PL. The comparison revealed a conserved water molecule that might be stabilizing the DMRL in bacterial PLs, which makes tighter interaction in Vc(6- 4) PL. In a conserved motif located at the catalytic domain, a different conformation was observed between Vc(6-4) PL and Dm(6-4) PL residue. A disordered region in the Vc(6- 4) PL was observed and suggested as a DNA binding site. A structural comparison with Dm(6-4) PL revealed that Vc(6-4) PL has two additional helixes in C-terminal. Further computational studies suggest either DNA binds to Vc(6-4) PL in a different manner than Dm(6-4) PL or Vc(6-4) PL might be subjected to a conformational change upon DNA binding.
Benzer Tezler
- Türkiye otomotiv sanayinde endüstriyel tasarım faaliyetlerinin yeni ticari taşıt geliştirme sürecine etkisi
Industrial design activities affecting the new commercial vehicle development process in Turkish automotive industry
FUAT ALİ PAKER
Doktora
Türkçe
2019
Endüstri Ürünleri Tasarımıİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Ürünleri Tasarımı Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EKREM CEM ALPPAY
- Yüksek binalarda taşıyıcı sistem etkinliği
Başlık çevirisi yok
FERİDUN YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAYA ÖZGEN
- Ağrı kesici yüklü pektin temelli transdermal yama tasarımı
Transdermal painkiller delivery with pectin based patches
AYBÜKE TAVASLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA SENİHA GÜNER
- Nidâî: Tenbîhnâme (Dil incelemesi, tenkitli metin, dizin)
Nidâî: Tenbîhnâme (Language review, critical text, index)
MURAT PARLAKPINAR
Doktora
Türkçe
2017
DilbilimYıldırım Beyazıt ÜniversitesiTürk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERTUĞRUL YAMAN
- Die Suche nach einer terminologischen Äquivalenz zum Begriff Der Metapher im Türkischen durch Vergleich von Rhetorik und belâgat
Metafor Kavramına Retorik- Belâgat Mukayesesi İçinde ve Belâgat Terminolojisinde Kavramsal Karşılık Arayışları
MEHMET AKİF DUMAN
Doktora
Almanca
2018
DilbilimJohannes Gutenberg-Universität MainzTürkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HENDRİK BOESCHOTEN