Structural comparison study of (6-4) photolyase from Vibrio cholerae
Vibrio cholerae'den (6-4) fotoliyaz yapısal karşılaştırma çalışması
- Tez No: 765099
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI, DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyokimya, Biology, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: DNA bağlayıcı proteinler, DNA onarımı, Fotoliyazlar, Mavi ışık, DNA-binding proteins, DNA repair, Photolyases, Blue light
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
DNA'ya Ultraviyole (UV) ışınlaması üzerine, pirimidin dimerleri oluşur. Bu mutajenik lezyonlar ya siklobuten pirimidin dimerleri (CPD) ya da (6-4) fotoürünleri ((6- 4) PP'ler) şeklindedir. Fotoliyazlar (PL'ler), pirimidin dimerlerini orijinal durumlarına geri katalize etmek için mavi ışık enerjisini kullanan DNA onarım enzimleridir. PL'ler, belirli alt katmanlarından ve onarım işlevlerinden sonra adlandırılır. (6-4) PL'ler, katalitik kofaktör flavin adenin dinükleotidi (FAD) ve ek bir anten kromoforu yardımıyla (6-4) PP'leri onarır. Bakteriyel (6-4) PL'ler, bilinmeyen bir işleve sahip [4Fe-4S] kümesi adı verilen başka bir kofaktör içerir. Bu çalışmada, Vibrio cholerae (O1 bivar Tor str. N16961) (Vc) kaynaklı (6-4) fotolizazın kristal yapısı 2.5 Å çözünürlükte tanımlanmıştır. FAD, 6,7-dimetil-8- ribitylumazin (DMRL) ve [4Fe-4S] kofaktörlerinin varlığı ve konumu elektron bulutları tarafından gösterildi. Bu kofaktörlerin Vc(6-4) PL ile etkileşimleri, yapısal olarak mevcut diğer bakteriyel (6-4) PL'ler ve Drosophila melanogaster (Dm) (6-4) PL'in karşılaştırılmasıyla araştırıldı. Karşılaştırma, bakteriyel PL'lerde DMRL'ı stabilize edebilen ve Vc(6-4) PL'de daha sıkı etkileşim sağlayan korunmuş bir su molekülünü ortaya çıkardı. Katalitik alanda bulunan korunmuş bir motifte, Vc(6-4) PL ve Dm(6-4) PL tortusu arasında farklı bir konformasyon gözlemlendi. Vc(6-4) PL'de düzensiz bir bölge gözlemlendi ve burası bir DNA bağlanma bölgesi olarak önerildi. Dm(6-4) PL ile yapısal bir karşılaştırma, Vc(6-4) PL'nin C-terminalinde iki ek sarmal olduğunu ortaya çıkardı. Ek hesaplama çalışmaları, DNA'nın Vc(6-4) PL'ye Dm(6-4) PL'den farklı bir şekilde bağlandığını veya Vc(6-4) PL'nin DNA bağlanması üzerine bir konformasyonel değişikliğe maruz kalabileceğini ileri sürmektedir.
Özet (Çeviri)
Upon Ultraviolet (UV) irradiation to the DNA, pyrimidine dimers are formed. These mutagenic lesions are either in form of cyclobutene pyrimidine dimers (CPD) or (6-4) photoproducts ((6-4) PPs). Photolyases (PLs) are DNA repair enzymes that use blue light energy to catalyze pyrimidine dimers back to their original state. PLs are named after their specific substrates and their repair functions. (6-4) PLs repair (6-4) PPs with the help of catalytic cofactor flavin adenine dinucleotide (FAD) and an additional antenna chromophore. Bacterial (6-4) PLs contain another cofactor called [4Fe-4S] cluster with an unknown function. In this study, the crystal structure of (6-4) photolyase from Vibrio cholerae (O1 bivar Tor str. N16961) (Vc) has been identified at 2.5 Å resolution. The presence and location of FAD, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine (DMRL), and [4Fe-4S] cofactors were shown by the electron clouds. Their interactions with the Vc(6-4) PL were investigated with the comparison of other structurally available bacterial (6-4) PLs and Drosophila melanogaster (Dm) (6-4) PL. The comparison revealed a conserved water molecule that might be stabilizing the DMRL in bacterial PLs, which makes tighter interaction in Vc(6- 4) PL. In a conserved motif located at the catalytic domain, a different conformation was observed between Vc(6-4) PL and Dm(6-4) PL residue. A disordered region in the Vc(6- 4) PL was observed and suggested as a DNA binding site. A structural comparison with Dm(6-4) PL revealed that Vc(6-4) PL has two additional helixes in C-terminal. Further computational studies suggest either DNA binds to Vc(6-4) PL in a different manner than Dm(6-4) PL or Vc(6-4) PL might be subjected to a conformational change upon DNA binding.
Benzer Tezler
- Polikistik over sendromlu kadınlar ile sağlıklı kontroller arasında yaşlanma ile overde gerçekleşen yapısal ve hormonal değişikliklerin karşılaştırılması: On yıldan uzun süreli prospektif takip çalışması
Comparison of structural and hormonal changes in the ovary betweenwomen with polycystic ovary syndrome and healthy controls: A prospective follow-up study of over 10 years
NEVDA CEREN SONU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Kadın Hastalıkları ve DoğumHacettepe ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEZCAN MÜMÜŞOĞLU
- Yapı sistemlerinin hesap yöntemlerinin karşılaştırılması ve boşluklu perdelerin araştırılması
Comparison of methods of structural analysis and investigation of shear walls with openings
CENK DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SUMRU PALA
- A cross-cultural comparison of factors affecting mathematical literacy of student in programme for international students assessment (PISA)
Uluslararası öğrenci başarı belirleme programına göre (PISA) matematik okur yazarlığını belirleyen faktörlerin kültürler arası karşılaştırılması
ÇİĞDEM İŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2003
Eğitim ve ÖğretimOrta Doğu Teknik ÜniversitesiOrtaöğretim Fen ve Matematik Alanlar Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF.DR. GİRAY BERBEROĞLU
- Yapı sistemlerinin hesap yöntemlerinin karşılaştırılması gelişigüzel kesitlerin bileşik eğilmeye göre ekonomik hesabı
Comparison of methods of structural analysis economical design of irregular shaped reinforced concrete sections with bending moments and axial loads
TUNCAY KAYA
- Yapı sistemleri hesap yöntemlerinin karşılaştırılması boşluklu perdelerin yatay yükler altında çözümü
The Comparison of the caluculation methods of structural systems and the shear walls with openings calculation with finite elements method
DURSUN BALCIOĞLU