Geri Dön

Exploring novel BMAL1 interactions

Yeni BMAL1 etkileşimlerinin belirlenmesi

  1. Tez No: 765257
  2. Yazar: KEVSER ÇİLENK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. NURİ ÖZTÜRK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: BMAL1, Sirkadiyen Saat, Protein-Protein Etkileşimleri, İnteraktör, Ko-İmmünopresipitasyon, BMAL1, Circadian Clock, Protein-Protein Interactions (PPI), Interactor, co-Immunoprecipitation (co-IP)
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 69

Özet

Sirkadiyen saat, metabolik, fizyolojik ve davranışsal süreçleri yaklaşık 24 saatlik ritimlerde düzenleyen hemen hemen tüm organizmalarda bulunan mekanizmadır. Bu ritimler, transkripsiyon-translasyon geri besleme döngüsü (TTFL) mekanizması tarafından üretilir. TTFL'nin pozitif kolunda, CLOCK ve BMAL1 transkripsiyon faktörleri, sirkadiyen saat tarafından düzenlenen genlerin (CCG) ekspresyonunu trans-aktive eder. Bu CCG'lerden ikisi, CRY (CRYPTOCHROME) ve PER (PERIOD), TTFL'nin negatif kolunda işlev görür ve ürünleri, CLOCK-BMAL1 aktivitesini inhibe etmek için sitoplazmadan çekirdeğe göç ederler. Pozitif ve negatif kollar arasındaki bu inhibisyon ve aktivasyon, aynı zamanda konsolidatör (yardımcı) döngüler ve translasyon sonrası modifikasyonlar tarafından da ayarlanarak CCG'lerdeki salınımları üretir. Sirkadiyen saatteki bozukluklar kanser, uyku bozuklukları ve metabolik sendrom gibi çeşitli patolojik durumlarla ilişkilidir. Bu çalışmada, daha önce laboratuvarımızda yakınlığa bağlı biyotinilasyon tanımlama (BioID) tekniği kullanılarak keşfedilmiş olan yeni BMAL1 protein-protein etkileşimlerini doğrulamayı amaçladık. Bu etkileşimler, birlikte immünopresipitasyon yöntemiyle doğrulandı. Bu amaçla, HA etiketli interaktörlerin, 3xFLAG-BMAL1'i eksprese eden HEK293T hücrelerinde anlatımı sağlandı. Anti-FLAG antikorlarıyla çökeltilmiş komplekslerde interaktörlerin varlığı, anti-HA immünoblotlama ile analiz edildi. Bu çalışmada BMAL1'in keşfedilmemiş etkileşimleri doğrulanırken, bu çalışma bu etkileşimlerin özgün işlevleri olduğunu ve bu etkileşimlerin işlevsel çalışmalarının yeni reaksiyon mekanizmalarını ortaya çıkarabileceğine işaret etmektedir.

Özet (Çeviri)

The circadian clock is the mechanism found in almost all organisms that regulates metabolic, physiological, and behavioral processes in approximately 24-hour rhythms. These rhythms are generated by the transcription-translation feedback loop (TTFL) mechanism. In the positive arm of the TTFL, CLOCK and BMAL1 transcription factors transactivate the expression of circadian clock-regulated genes (CCGs). Two of these CCGs, CRY (CRYPTOCHROME) and PER (PERIOD) function in the negative arm of the TTFL, and their products translocate into the nucleus to inhibit CLOCK-BMAL1 activity. This inhibition and activation between positive and negative arms generate the oscillations in the CCGs which are also tuned by consolidator loops and post-translational modifications. Disturbances in the circadian clock are associated with various pathological conditions such as cancer, sleep disorders, and metabolic syndrome. In this study, we aimed to confirm the novel BMAL1 protein-protein interactions which were discovered in our laboratory using the proximity-dependent biotinylation identification (BioID) technique. These interactions were confirmed by a co-immunoprecipitation method. For this purpose, HA-tagged interactors were expressed in HEK293T cells expressing 3xFLAG-BMAL1. The presence of interactors in anti-FLAG precipitated complexes were analyzed with anti-HA immunoblotting. We confirmed some of these interactions, which suggests that BMAL1 has some undiscovered functions and functional studies of these interactions may reveal novel reaction mechanisms.

Benzer Tezler

  1. Exploring novel CRY1 interactions

    CRY1 interaktörlerinin belirlenmesi

    SABA SELVİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    GenetikGebze Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURİ ÖZTÜRK

  2. Identification of small molecules regulating the cryptochrome activity in the mammalian circadian clock

    Memeli sirkadiyen saatinde kriptokrom aktivitesini düzenleyen küçük molekül belirlenmesi

    ŞEREF GÜL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyokimyaKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI

  3. Exploring novel A-I RNA editing sites and adar activity in breast cancer

    Meme kanserinde yeni A-I RNA düzenleme noktalarının keşfi ve adar aktivitesinin araştırılması

    ELANUR ALMERİÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

  4. Halit Ziya Uşaklıgil'in romancılığında kendini yıkma eğilimi

    Halid Ziya Uşaklıgil trends in the self-destroying novels

    BEDİRHAN ÜNLÜ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Türk Dili ve EdebiyatıFırat Üniversitesi

    Türk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TARIK ÖZCAN

  5. Bir çizgenin eksantrik çizgesi ve yapısal özellikleri

    Eccentric graph of a graph and its structural properties

    ESMA ELYEMANİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MatematikNevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi

    Matematik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEZER SORGUN