Geri Dön

Subsets of slow dynamic modes reveal global information sources as allosteric sites

Yavaş dinamik modların alt kümeleri kollektif bilgi kaynaklarını allosterik bölgeler olarak ortaya çıkarır

  1. Tez No: 765534
  2. Yazar: BENGİ ALTINTEL
  3. Danışmanlar: PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Biyoistatistik, Kimya Mühendisliği, Biophysics, Biostatistics, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 108

Özet

Allosteri, biyolojik moleküller için önemli bir kontrol mekanizmasıdır ve dinamik bilgi akışı, nedensel allosterik etkileşimleri karakterize etmek için bizlere bir çerçeve sunar. Burada, Gauss Ağ Modeli (GNM) bazlı Transfer Entropi (TE) hesaplamalarının yeni bir uygulaması kullanılarak, dinamik bilginin yavaş dinamik modların alt kümelerine ayrımının, belirli bir protein yapısına özgü olan çok yönlü allosterik davranış katmanlarını nasıl ortaya çıkardığı gösterilmiştir. Yavaş modların bu alt kümelerinde rezidülerin sergilediği TE değerleri ile bu bilgi transferindeki kolektivite dereceleri (Col) bir arada kullanılarak, belirli rezidülerin güçlü efektörler olarak, yani protein yapısındaki diğer rezidülere toplu olarak bilgi yaymada güçlü dinamik kapasitelere sahip bilgi kaynakları olarak tanımlanması sağlanmıştır. Bu bilgi kaynağı rezidüler; aspartat transkarbamilaz (ATCaz), Na+/K+-adenozin trifosfataz (Na+/K+-ATPaz) ve insan geçici reseptör potansiyel melastatin 2 (TRPM2) proteinleri başta olmak üzere 23 proteinden oluşan bir veri seti üzerinde saptanarak, bu bilgi kaynağı rezidülerin bilinen aktif ve allosterik bölgelerle bağlantılı olduğu keşfedilmiştir. Bu spesifik rezidülerin protein yapısındaki birçok farklı rezidüyü etkileyerek yapı içindeki allosterik iletişim patikalarını doğrudan etkilediği/kontrol ettiği göz önüne alındığında, bu rezidülerin yapı bazlı rasyonel ilaç tasarımı için uygulanabilir bağlanma bölgelerine denk geldiği düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

Allostery is a crucial biological regulation mechanism, and dynamic information flow offers a framework to characterize allosteric interactions in causal links. Here, using a novel application of the Transfer Entropy (TE) calculations based on the Gaussian Network Model (GNM), it has been demonstrated how the dissection of dynamic information into subsets of slow dynamic modes reveals various layers of multi-directional allosteric pathways that are intrinsic in a particular protein structure. The degree of collectivity (Col) in the information transfer of residues with their TE values (TECol score) in these subsets of slow modes identifies particular residues as potent effectors and global information sources having a strong dynamic capacity to collectively disseminate information to other residues in the protein structure. These information source residues are linked to known active and allosteric sites, as demonstrated by aspartate transcarbamoylase (ATCase), Na+/K+-adenosine triphosphatase (Na+/K+-ATPase), and human transient receptor potential melastatin 2 (TRPM2), along with a dataset of 20 proteins. These specific residues provide feasible binding sites for structure-based rational drug design since they together affect/control others and direct pathways of allosteric communication.

Benzer Tezler

  1. Yeni bir hata değişik delta ağ maddeli arttırılmış delta ağı (ADA)

    Başlık çevirisi yok

    M.EBRU KOLUSAYIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kontrol ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET BÜLENT ÖRENCİK

  2. Adaptive MIMO free space optical communication systems

    Uyarlanabilir MIMO serbest uzay optik haberleşme sistemleri

    HATEF NOURI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiÖzyeğin Üniversitesi

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT UYSAL

  3. Linux ortamında ATM (asenkron iletim metodu) uygulaması

    ATM (asynchronous transfer mode) application on linux

    METEHAN SARAÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kontrol ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. A. COŞKUN SÖNMEZ

  4. Detection of cancerous brain cells with machine learning

    Makine öğrenimi ile kanserli beyin hücrelerinin tespiti

    UYGAR CANKAT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAkdeniz Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TANER DANIŞMAN

  5. Uzman sistemler ve deterministik yöneylem araştırması tekniklerinde bir uygulama

    Expert systems and an application to tederministic operational research techniques

    MEHMET BARUT