Geri Dön

Klinik örneklerden izole edilen escherichia coli izolatlarının moleküler epidemiyolojik karakterizasyonuve yüksek riskli ST131 klonunun araştırılması

Molecular epidemiological characterization of escherichia coli isolates isolated from clinical samples and investigation of HİGH-risk ST131 clone

PDF İndir

  1. Tez No: 767750
  2. Yazar: ELİF AYDIN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SELAHATTİN ÇELEBİ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Atatürk Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 148

Özet

Amaç: E. coli ST131, beta-laktamaz üretimi ve başta florokinolon direnci ile başlayan çok ilaca direnç ile ilişkili ve önemli sistemik enfeksiyonlara yol açan pandemik bir klondur. Ülkemizde antimikrobiyal direnç sıklığı ve yayılım hızı sonucu gelişen klonların araştırılması gereken önemli bir konu olmaktadır. Bu çalışmanın amacı, E. coli kökenlerinin fenotipik yöntemlerle teşhisi, antimikrobiyal direnç profillerinin, virülans özelliklerinin, dahil oldukları filogenetik gruplarının, integron gen kaset varlığının ve biyofilm oluşturma özelliğinin E. coli ST131 klonu varlığı ve yokluğu oranlarını karşılaştırmak ve ST131 taşıyıcılığı için risk faktörlerini değerlendirmektir. Materyal ve Metot: Çalışmaya toplam 160 adet E. coli izolatı dahil edildi. Bakteri identifikasyonları konvansiyonel ve otomatize yöntemler ile yapıldı. GSBL varlığını göstermek için çift disk sinerji yöntemi kullanılmıştır. Tüm E. coli izolatlarında moleküler çalışmalar, gerçek-zamanlı PZR yöntemi ile yapıldı. Bulgular: İzolatların %86.25'i idrar, %11.25'i apse, %1,87'si kan, %0.63'ü trakeal aspirasyon olmak üzere toplam 160 izolat ile çalışıldı. İzolatların %72.5'i kadın, %27,5'i erkek hasta, yaş ortalaması 51,73 olarak belirlendi. 160 izolatın %69.38'i ST131pozitif, bunların %30,63' ünde H30 alt klonu, H30 alt klonu pozitif izolatların %29,41'inde H30-Rx alt klonu tespit edildi. Bu izolatların %73.87' si GSBL pozitif olarak tespit edildi. ST131 klonu pozitif izolatların %36.03'ü A, %29,73'ü B1, %25,23'ü B2 ve %9,01'i D grubu olarak tespit edildi. ST131 klonu pozitif numunelerin % 95.5 'inde en az bir virülans geni görülürken, %4,5 'inde ise herhangi bir virülans geni görülmemiş olup en çok fim A genine rastlandı. ST131 klonu pozitif numunelerin % 65.77 'sinde int1 ve %5,4'ünde int 2 geni tespit edildi. Son olarak ise %81.99 'inde herhangi bir yöntem ile biyofilm oluşturduğu tespit edilirken, %18.01'inde biyofilm oluşturmadığı tespit edildi. Sonuç: Çalışmamızda GSBL üreten E.coli izolatlarının yüksek riskli ST131 klonuyla beraber dramatik bir şekilde yaygınlığını, bu riskli klonun H30Rx alt klonunun hakimiyetini, ayrıca direnç, virülans, integron ve biyofilm ile birlikte direnç mekanizmalarının etkisinin önemini gösterebilir.

Özet (Çeviri)

Objective: The pandemic clone E. coli ST131 is known to be multi-drug resistant and causes serious systemic infections. It produces beta-lactamases and is primarily fluoroquinolone resistant. The clones that develop in our country as a result of the prevalence of antibiotic resistance and the rate of propagation represent a significant problem that requires further research. This study's objectives include using phenotypic techniques to identify E. coli strains, comparing rates of antimicrobial resistance profiles, virulence traits, phylogenetic groups, integron gene cassette presence and biofilm formation, the presence and absence of an E. coli ST131 clone, and assessing risk factors for ST131 carriage. Materials and Methods: The study consisted of a total of 160 E. coli isolates. Both traditional and automated techniques were used to identify the bacteria.The double disc synergy method was used to demonstrate the presence of ESBL. Molecular studies on all E. coli isolates were performed by the real-time PCR method. Results: 160 isolates in all were examined, of which 86.25% were urine, 11.25% were abscesses, 1.87% were blood, and 0.63% were tracheal aspirates.72.5% of the isolates were female and 27.5% were male, and the mean age was 51.73. 69.38% of the 160 isolates were ST131-positive, 30.63% of them had H30 subclones, and 29.41% of H30 subclone-positive isolates were H30-Rx subclones. 73.87% of these isolates were found to be ESBL-positive. 36.03% of the ST131 clone positive isolates belonged to group A, 29.73% to group B1, 25.23% to group B2, and 9.01% to group D. While at least one virulence gene was observed in 95.5% of ST131 clone positive samples, no virulence gene was found in 4.5% of them, and the most fim A gene was found. The Int1 gene was detected in 65.77% of ST131 clone positive samples and the int2 gene in 5.4%. Finally, it was discovered that, regardless of the method, 81.99% of them produced biofilms whereas just 18.01% did not. Conclusion: The prevalence of ESBL-producing E.coli isolates together with the high-risk ST131 clone in our study may indicate the dominance of H30Rx subclone of this high-risk clone, as well as the significance of resistance, virulence, integron and biofilm, as well as the effect of resistance mechanisms.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    817591

    Klinik Enterobacteriaceae izolatlarında fosfomisin direncinin moleküler epidemiyolojisi ve biyolojik özelliklere etkisi

    Molecular epidemiology of fosfomycin resistance and effect on biological properties in clinical Enterobacteriaceae isolates

    MUSTAFA ÖKEER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiEge Üniversitesi

    Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BAYRI ERAÇ

  2. Tez No

    352825

    Klinik örneklerden izole edilen E. coli izolatlarının genotiplendirmesi

    Genotyping of E. coli strains which were isolated from clinical specimens

    ÇETİN KILINÇ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıMustafa Kemal Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MELEK İNCİ

  3. Tez No

    808935

    Gıda ve klinik örneklerinden izole edilen Escherıchıa colı suşlarının direnç genlerinin PCR ile karakterizasyonu

    Using PCR for characterization of resistance genes of Escherichia coli strains isolated from food and clinical samples

    BİRGÜL YELİMLİBAĞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiAdıyaman Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUHSİN AYDIN

  4. Tez No

    657788

    Çevresel örneklerden Escherichia coli DH10B suşuna karşı litik bakteriyofaj izolasyonu ve klinik Escherichia coli suşlarına karşı etkinliklerinin belirlenmesi

    Çevresel örneklerden Escherichia coli DH10B suşuna karşı litik bakteriyofaj izolasyonu ve klinik Escherichia coli suşlarına karşı etkinliklerinin belirlenmesi

    ABDULKERİM KARAYNİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAydın Adnan Menderes Üniversitesi

    Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BÜLENT BOZDOĞAN

  5. Tez No

    346659

    Çoklu dirençli Escherıchıa colı izolatlarında CTX-M, SHV ve TEM tiplerindeki beta-laktamaz direnç genlerinin moleküler yöntemlerle saptanması

    Molecular detection of CTX-M, SHV and TEM types of betalactamase resistance genes in multiple resistant Escherichia coli isolates

    MÜNEVVER GÜNAYDIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EMEL BANU BÜYÜKÜNAL BAL

Geri Dön