Gıda ve klinik örneklerinden izole edilen Escherıchıa colı suşlarının direnç genlerinin PCR ile karakterizasyonu
Using PCR for characterization of resistance genes of Escherichia coli strains isolated from food and clinical samples
- Tez No: 808935
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUHSİN AYDIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Adıyaman Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 152
Özet
Bakterilerde savunma mekanizmalarından olan antimikrobiyal direnç gelişimi ile oluşan MDR insanoğlunu bu canlılarla mücadelede sürekli yeni antimikrobiyal ajan arayışına itmiştir. Kontamine olmuş gıda veya suların tüketilmesi ile insana açık sistem içinde ulaşan MDR'e sahip suşlardaki direncin tanımlanmasında hız ve hassasiyet oldukça önemlidir. Bu kapsamdaki çalışmada, gıda ve klinik kaynaklı E. coli izolatlarında ESBL gen varyantları (blaTEM, blaOXA, blaSHV ve blaCTX-M), integron genleri (int1, int2 ve int3) ve sülfonamid (sul1, sul2 ve sul3) direnç genlerinin PCR ile moleküler karakterizasyonu hedeflenmiştir. Fenotipik olarak tanımlaması yapılan E. coli izolatlarının filogenetik identifikasyonu (6 set primer), moleküler deteksiyonu (1 set primer), direnç ve integron gen karakterizasyonu (10 set primer) için toplamda 17 set primer kullanılmıştır. Gıda kaynaklı izolatların temini Adıyaman, Gaziantep, Kahramanmaraş ve Hatay illerinde tüketime sunulan 45 farklı kırmızı et örneğinden, klinik izolatların temini Şanlıurfa Mehmet Akif İnan Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nden İYE şikayetli hasta idrar örneklerinden gerçekleştirilmiştir. Moleküler tanımlama ile E. coli olduğu tespit edilen 63 gıda ve 33 klinik izolatta 3 multipleks PCR uygulaması ile 3 gen grubunun taraması yapılmıştır. Gıda örneklerinde taranan 3 gen grubu açısından en yüksek oranlar; %44,44 ile blaSHV geninde, %69,84 ile sul1 geninde ve %73,02 ile int2 geninde tespit edilirken, klinik örneklerde ise %15,15 oranıyla blaCTX-M geni, %81,82 ile sul2 geni ve %54,55 ile int1 geni şeklinde sıralanmaktadır. Taranan 3 gen grubu açısından gıda örneklerinden 31izolatta ve klinik örneklerden 2 izolatta her gen grubundan en az bir gene sahip olmak üzere 3 ve üzerinde genin varlığı tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
MDR, which is formed by the development of antimicrobial resistance, which is one of the defense mechanisms in bacteria, has pushed human beings to constantly seek new antimicrobial agents in the fight against these microorganisms. Speed and precision are very important in identifying resistance in strains with MDR that reach humans in an open system through the consumption of contaminated food or water. The main aim of this study was molecular characterization of ESBL gene variants (blaTEM, blaOXA, blaSHV, and blaCTX-M), integron genes (int1, int2, and int3), and sulfonamide (sul1, sul2, and sul3) resistance genes by PCR from E. coli isolates originated from food and clinical samples. A total of 17 sets of primers were used for phylogenetic identification (6 sets of primers), molecular detection (1 set of primer), and resistance and integron gene characterization (10 sets of primers) of phenotypically identified E. coli isolates. The red meat samples (45) were collected from local markets, which are located on four (Adıyaman, Gaziantep, Kahramanmaraş, and Hatay) different provinces, clinical isolates were obtained from urine samples of patients with UTI from Şanlıurfa Mehmet Akif İnan Training and Research Hospital. Three gene groups were screened with 3 multiplex PCR applications in 63 food and 33 clinical isolates found to be E. coli by molecular identification. In terms of the 3 gene groups screened in food samples, the highest rates were found in the blaSHV gene with 44.44%, the sul1 gene with 69.84% and the int2 gene with 73.02%; in clinical samples, it is listed as blaCTX-M gene with 15.15%, sul2 gene with 81.82% and int1 gene with 54.55%. In terms of 3 gene groups scanned, the presence of 3 or more genes, including at least one gene from each gene group, was detected in 31 isolates from food samples and 2 isolates from clinical samples.
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen escherichia coli suşlarında bazı ß-laktam direnç genlerinin araştırılması
Investgation of some β-lactam resistance genes in escherichia coli strains isolated from clinical samples
AHMET EJDER
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
MikrobiyolojiKarabük ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DİLEK DÜLGER
- Çeşitli escherichia coli suşlarının pulsed field jel elektroforez yöntemi ile tiplendirilmesi, plazmit profilleri ve antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması
Typing of various escherichia coli strains by pulsed field gel electrophoresis method, investigation of their plazmid profiles and antibiotic susceptibilities
AHMET UYSAL
Doktora
Türkçe
2012
BiyolojiSelçuk ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UĞUR ARSLAN
PROF. DR. YUSUF DURAK
- Piyasada satışa sunulan peynirlerden elde edilen jenerik Escherichia coli ve Staphylococcus aureus suşlarının antibiyotik dirençliliklerinin belirlenerek, mastitis kontrol ve tedavi programlarında kullanılan antibiyotiklerle ilişkisinin belirlenmesi
Antibiotic resistance of generic Escherichia coli and Staphylococcus aureus isolated from cheese samples sold in retail markets and correlation between antibiotics used as preventative and therapeutic measures in mastitis
CAN ATABEY
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Besin Hijyeni ve TeknolojisiAdnan Menderes ÜniversitesiBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERGÜN ÖMER GÖKSOY
- Investigation of the occurrence of siderophore genes in E. coli isolated from foodborne and clinical samples and identification of genotypic relationship of Escherichia coli by using PFGE method
Gıda kaynaklı ve klinik örneklerden izole edilen E. coli'de siderofor genlerinin oluşumunun araştırılması ve PFGE yöntemi ile Escherichia coli genotipik ilişkisinin belirlenmesi
OSMAN ALBARRI
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. IŞIL VAR ÖNGEL
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Investigation of occurence of autotransporter genes in Escherichia coli isolated from clinical and food sources and identification of phylogenetic relationship of E.coli strains by using pfge method
Gıda kaynaklı ve klinik örneklerden izole edilen Escherichia coli suşlarında ototransporter proteinlerın oluşumunun araştırılması ve filogenetik ilişkilerinin PFGE ile tespiti
MARIAM HASSAN MOHAMMED
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. IŞIL VAR ÖNGEL
PROF. DR. FATİH KÖKSAL