Molecular identification and phylogenetic analysis of some important viruses infecting potato fields in Afyon, Bolu and Nevsehir provinces of Turkey
Türkiye'nin Afyon, Bolu ve Nevşehir illerinde patates alanlarında enfeksıyon oluşturan bazı önemli viral etmenlerin moleküler olarak belirlenmesi ve filogenetik analizi
- Tez No: 770745
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE TOPKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Science and Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bitki Koruma Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 59
Özet
Patates, dünyada en önemli tarımsal ürünler arasında yer alır ve doğal koşullarda 40'dan fazla virüs türüne hasssas bir bitki türüdür. Bu araştırmada, daha önceki bir çalışmada Afyon, Nevşehir ve Bolu illerinde patates üretiminin yoğun olarak yapıldığı alanlardan toplanan 298 yaprak örneği, bölgede patates üretimini etkileyen virüslerin belirlenmesi için kullanılmıştır. Virüs simptomu sergileyen patates bitkilerinin yaprakları, Potato leafroll virus (PLRV), Potato virus A (PVA), Potato virus X (PVX) ve Potato virus M (PVM)'nin varlığını tespit etmek amacıyla, virüs-spesifik primerler kullanılarak RT-PCR testine tabi tutulmuştur. Test edilen 298 tane yaprak örneğinin 46'sında (%15.43), bir veya birden fazla virüs tespit edilmiştir. Çalışma sonucunda, test edilen örneklerin 43'ü ise PLRV (%14.42), 3'ü PVX (%1) ile enfekteli bulunmuştur. Afyon, Nevşehir ve Bolu Merkez bölgelerinden toplanan bitki örneklerinde en yaygın virüsün PLRV, ardından PVX olduğu belirlendi. Örneklerde PVA ve PVM tespit edilmemiştir. PLRV ile enfekteli olan bazı izolatların elde edilen sekans verilerinin GenBank'a kayıtlı izolatlarla karşılaştırılması yapılarak filogenetik ilişkileri belirlenmiştir. Filogenetik analize göre, Türkiye PLRV izolatları Sırbistan, Kanada ve Pakistan izolatları ile birlikte Grup 2'de kümelenmiştir.
Özet (Çeviri)
Potato is one of the most important agricultural crops worldwide and known to be susceptible to more than 40 viruses in nature. In this research, 298 leaf samples collected from potato fields in Afyon, Nevşehir and Bolu provinces in the previous study were used to determine viruses affecting potato production in the region. The leaves of potato plants showing virus symptoms were subjected to RT-PCR using virus-specific primers, in order to detect the presence of Potato leafroll virus (PLRV), Potato virus A (PVA), Potato virus X (PVX) and Potato virus M (PVM). As a result of the study, one or more viruses were detected in 46 (15.43%) of the 298 leaf samples tested. A total of 43 samples infected with PLRV (14.42%), and 3 sample infected with PVX (1%). It was determined that the most common virus in plant samples collected from Afyon, Nevşehir and Bolu Central regions was PLRV, followed by PVX. PVA and PVM were not detected in the samples. The sequences of some positive isolates of PLRV were obtained and used along with the isolates registered in the GenBank to reveal phylogenetic relationships among them. Based on phylogenetic analysis, PLRV isolates from Turkey were clustered in Group 2 together with isolates from Serbia, Canada and Pakistan.
Benzer Tezler
- Bursa, Bilecik ve Bolu illerinde şeftali üretim alanlarında görülen bazı viral hastalıkların serolojik ve moleküler karakterizasyonu
Serological and molecular characterization of some viral diseases in peach production areas of Bursa, Bilecik and Bolu provinces
ALİ ÇELİK
- Güney Irak/Thi Qar eyaletinde beş yıl altında ishal olan hastalarda rotavirus ve norovirus moleküler tespiti ve prevalansı
Molecular detection and prevalence of rotavirus and norovirus among patients with diarrhea under five years in South Iraq/Thi Qar province
SAJJAD YASIR ABDULLAH ALQARHAGHULI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyomühendislikKırşehir Ahi Evran Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT ÇANLI
- Türkiye'de yayılış gösteren bazı Ixodes (Acari: Ixodida) türlerinin 16S rDNA gen bölgesine dayalı moleküler analizi
Molecular analysis of some Ixodes (Acari: Ixodida) species collected from Turkey based on 16S rDNA gene region
FATMA ŞEYMA CERİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyolojiTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADEM KESKİN
- Iğdır İlinde yetiştiriciliği yapılan bazı mısır (zea mays l.) genotiplerinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of some corn (zea mays l.) genotypes grown in Iğdır Province
GİZEM ÇEVİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatIğdır ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BARIŞ EREN
- HCV genotipinin belirlenmesinde 5'ncr Ve Ns5b bölgelerinin yeni Nesil Dizileme (YND-NGS) İle Araştırılması
HCV Genotyping with 5'NCR and NS5B regions with next generation sequencing (YND-NGS)
SENİHA AKTAKKA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
MikrobiyolojiEge ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEMNUNE SELDA ERENSOY