Geri Dön

Molecular identification and phylogenetic analysis of some important viruses infecting potato fields in Afyon, Bolu and Nevsehir provinces of Turkey

Türkiye'nin Afyon, Bolu ve Nevşehir illerinde patates alanlarında enfeksıyon oluşturan bazı önemli viral etmenlerin moleküler olarak belirlenmesi ve filogenetik analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 770745
  2. Yazar: MUHAMMAD RAFIQ HAFIZ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE TOPKAYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilim ve Teknoloji, Science and Technology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Bitki Koruma Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 59

Özet

Patates, dünyada en önemli tarımsal ürünler arasında yer alır ve doğal koşullarda 40'dan fazla virüs türüne hasssas bir bitki türüdür. Bu araştırmada, daha önceki bir çalışmada Afyon, Nevşehir ve Bolu illerinde patates üretiminin yoğun olarak yapıldığı alanlardan toplanan 298 yaprak örneği, bölgede patates üretimini etkileyen virüslerin belirlenmesi için kullanılmıştır. Virüs simptomu sergileyen patates bitkilerinin yaprakları, Potato leafroll virus (PLRV), Potato virus A (PVA), Potato virus X (PVX) ve Potato virus M (PVM)'nin varlığını tespit etmek amacıyla, virüs-spesifik primerler kullanılarak RT-PCR testine tabi tutulmuştur. Test edilen 298 tane yaprak örneğinin 46'sında (%15.43), bir veya birden fazla virüs tespit edilmiştir. Çalışma sonucunda, test edilen örneklerin 43'ü ise PLRV (%14.42), 3'ü PVX (%1) ile enfekteli bulunmuştur. Afyon, Nevşehir ve Bolu Merkez bölgelerinden toplanan bitki örneklerinde en yaygın virüsün PLRV, ardından PVX olduğu belirlendi. Örneklerde PVA ve PVM tespit edilmemiştir. PLRV ile enfekteli olan bazı izolatların elde edilen sekans verilerinin GenBank'a kayıtlı izolatlarla karşılaştırılması yapılarak filogenetik ilişkileri belirlenmiştir. Filogenetik analize göre, Türkiye PLRV izolatları Sırbistan, Kanada ve Pakistan izolatları ile birlikte Grup 2'de kümelenmiştir.

Özet (Çeviri)

Potato is one of the most important agricultural crops worldwide and known to be susceptible to more than 40 viruses in nature. In this research, 298 leaf samples collected from potato fields in Afyon, Nevşehir and Bolu provinces in the previous study were used to determine viruses affecting potato production in the region. The leaves of potato plants showing virus symptoms were subjected to RT-PCR using virus-specific primers, in order to detect the presence of Potato leafroll virus (PLRV), Potato virus A (PVA), Potato virus X (PVX) and Potato virus M (PVM). As a result of the study, one or more viruses were detected in 46 (15.43%) of the 298 leaf samples tested. A total of 43 samples infected with PLRV (14.42%), and 3 sample infected with PVX (1%). It was determined that the most common virus in plant samples collected from Afyon, Nevşehir and Bolu Central regions was PLRV, followed by PVX. PVA and PVM were not detected in the samples. The sequences of some positive isolates of PLRV were obtained and used along with the isolates registered in the GenBank to reveal phylogenetic relationships among them. Based on phylogenetic analysis, PLRV isolates from Turkey were clustered in Group 2 together with isolates from Serbia, Canada and Pakistan.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    656404

    Bursa, Bilecik ve Bolu illerinde şeftali üretim alanlarında görülen bazı viral hastalıkların serolojik ve moleküler karakterizasyonu

    Serological and molecular characterization of some viral diseases in peach production areas of Bursa, Bilecik and Bolu provinces

    ALİ ÇELİK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİLİZ ERTUNÇ

  2. Tez No

    726840

    Güney Irak/Thi Qar eyaletinde beş yıl altında ishal olan hastalarda rotavirus ve norovirus moleküler tespiti ve prevalansı

    Molecular detection and prevalence of rotavirus and norovirus among patients with diarrhea under five years in South Iraq/Thi Qar province

    SAJJAD YASIR ABDULLAH ALQARHAGHULI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyomühendislikKırşehir Ahi Evran Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MURAT ÇANLI

  3. Tez No

    574562

    HCV genotipinin belirlenmesinde 5'ncr Ve Ns5b bölgelerinin yeni Nesil Dizileme (YND-NGS) İle Araştırılması

    HCV Genotyping with 5'NCR and NS5B regions with next generation sequencing (YND-NGS)

    SENİHA AKTAKKA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    MikrobiyolojiEge Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEMNUNE SELDA ERENSOY

  4. Tez No

    498312

    Isı şoku protein genlerinin (HSP) bazı populus taksonlarında fonksiyonel genom analizi ve abiyotik stres koşullarında HSP genlerinin ifade seviyelerinin belirlenmesi

    Genome-wide survey of heat shock proteins (HSP) and expression analysis of HSP genes under abiotic stress conditions in some populus taxons

    ESRA NURTEN YER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    GenetikKastamonu Üniversitesi

    Orman Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEZGİN AYAN

    DOÇ. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU

  5. Tez No

    281497

    Türkiye'de bulunan bazı yerli sığır ırklarının genetik yapılarının karakterizasyonu

    Genetic characterization of some Turkish cattle breeds

    YUSUF ÖZŞENSOY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    GenetikSelçuk Üniversitesi

    Zootekni (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ERCAN KURAR

Geri Dön