CRISPR-Cas9 aracılı PIK3CA gen modifikasyonunun kanser hücreleri üzerindeki terapötik etkilerinin araştırılması
CRISPR-Cas9 mediated PIK3CA modification as a novel treatment modality in cancer
- Tez No: 772278
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ATIL BİŞGİN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Genetik, Moleküler Tıp, Bioengineering, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 131
Özet
Genom düzenleme metotlarında birinci sırada yer alan CRISPR-Cas teknolojisi en çok kanser etyogenezi, ilaç etkinlik çalışmaları, tümör mikroçevresi çalışmaları ve yeni biyobelirteç tespiti ile yeni tedavi stratejilerinin geliştirilmesine yönelik çalışmalarda kullanılmaktadır. Meme kanserinde kanser hücrelerinin apoptozdan kaçması, hücre büyümesi ve sınırsız proliferasyonunda PI3K/Akt/mTOR yolağının etkisi bilinmekte olup literatürde bu yolağın özellikle hedefe yönelik ilaç çalışmalarında büyük bir öneme sahip olduğu ve hedefe yönelik tedaviler için yüksek potansiyel taşıdığı öngörülmektedir. Yapılan bu tez çalışmasında da Çukurova Üniversitesi AGENTEM ve Çukurova Teknokent İnfoGenom altyapısı kullanılarak, karsinogenezde etkinliği bilinen bu yolak üzerindeki PIK3CA geninin CRISPR-Cas9 aracılı modifikasyonun tüm yolak üzerindeki etkisinin ortaya konması ve bu etki altında kanser hücrelerinin davranışının değerlendirilmesi hedeflenmiştir. MCF-7 hücre hattı ile gerçekleştirilen çalışmalarda transfeksiyon metodu olarak elektroporasyon yöntemi kullanılmış olup elektroporasyonun optimizasyonu, floresan mikroskobu ve akım sitometri aracılığıyla hücre canlılığı ve transfeksiyon etkinliği değerlendirilerek yapılmıştır. Etkinliği kanıtlanan protokoller ile CRISPR-Cas9 aracılı PIK3CA gen modifikasyonunun kanser hücreleri üzerindeki etkisi ise invert mikroskop, akım sitometri, gerçek zamanlı PZR aracılı ekspresyon çalışması ve ile gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlar CRISPR-Cas9 aracılı PIK3CA geninin susturulmasının hücre ölümünü indüklediği ve yeni terapötik yaklaşımların geliştirilmesi için potansiyel taşıdığını göstermiştir. Bu tez çalışması ile özellikle PIK3CA geninin CRISPR-Cas9 temelli modifikasyonu ilişkili yeni tedaviler için literatüre katkı sağlanması amaçlanmıştır.
Özet (Çeviri)
CRISPR-Cas9 is the leading technology among all genome modification methods. It has been utilized in cancer etiology, tumor pathogenesis, tumor microenvironment, drug efficiency studies, and developing new strategies via novel biomarker discoveries. PI3K/Akt/mTOR signaling pathway have great impact on cancer cell growth and proliferation as well as cancer cells' escape from immune system and apoptosis. Thus, it is especially promising for targeted anti-cancer therapies. In this study, CRISPR-Cas9 induced knockdown was performed on PIK3CA gene which is located on this important cellular pathway, and the impacts of this gene modification on both the behavior of cancer cells and whole PI3K pathway were investigated using Cukurova University AGENTEM and Cukurova Technopolis InfoGenom infrastructure. Experiments were carried on MCF-7 cell line, and electroporation was used for all transfection steps. Electroporation optimization for this cell line was performed by tracking cell viability and transfection efficiency under florescence microscope together with flow cytometry assays. CRISPR-Cas9 mediated modification of PIK3CA gene was made by the most efficient electroporation protocols and showed using Sanger and next-generation sequencing methods. Also, impacts of gene modification were shown via invert microscope, flow cytometry and real-time PCR expression assay. The results of this study indicates knockdown of PIK3CA gene via CRISPR-Cas9 induces cell death and has potential for the new therapeutic approaches. Finally, with this thesis, we aimed to contribute to the literature for novel treatments associated to CRISPR-Cas9-based modification of PIK3CA gene.
Benzer Tezler
- Endometrial kanserlerde izlenen sitogenetik bulguların moleküler yöntemler ile karşılaştırılması
Comparison of cytogenetic findings observed in endometrial cancers with molecular methods
KEMİNE UZEL
Doktora
Türkçe
2022
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN SAVLI
- Alphaherpesvirinae alt ailesine mensup viruslarda CRISPR//CAS9 aracılı eş zamanlı virülens gen silinmesi ve heterolog gen eklenmesi
Simultaneous deletion of virulence genes and heterologous gene insertions into the viruses belonging to alphaherpesvirinae subfamily using CRISPR/Cas9 system
MUSTAFA OZAN ATASOY
Doktora
Türkçe
2020
MikrobiyolojiFırat ÜniversitesiVeterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRÜ TONBAK
DR. ÖĞR. ÜYESİ HAKAN IŞIDAN
- COX-2 Geninin CRISPR/Cas9 aracılı düzenlenmesi için polimerik nanopartikül temelli transfeksiyon ajanının kullanılabilirliğinin araştırılması
Investigation of the usability of polymeric nanoparticle based transfection agent for CRISPR/CAS9-mediated editing of COX-2 gene
RİZVAN İMAMOĞLU
Doktora
Türkçe
2021
BiyomühendislikTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSA GÖKÇE
DOÇ. DR. MEHMET KORAY GÖK
- Kronik miyeloid lösemide CRISPR/CAS9 aracılı yeni nesil gen tedavisi
A new generation gene treatment of chronic myeloid leukemia through the mediation of CRISPR/cas9
MAKBULE NİHAN SOMUNCU
Doktora
Türkçe
2020
GenetikNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT SELMAN YILDIRIM
- Applications of CRISPR/Cas9 technology in sunflower (Helianthus annuus l.)
Ayçiçeğinde (Helianthus annuus L.) CRISPR/Cas9 teknolojisi uygulamaları
YAĞMUR ZEYNEP USLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
PROF. DR. YELDA ÖZDEN ÇİFTÇİ