Erzurum yöresinde sığır ve koyun pneumonili akciğerlerinden Pasteurella multocida ve Manheimia haemolytica etkenlerinin izolasyonu, identifikasyonu, antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi ve olası direnç genlerinin analizi
Isolation, identification, determination of antibiotic susceptibility, analysis of possible resistance genes of Pasteurella multocida and Mannheimia haemolytica from pneumonia lungs of cattle and sheep in the Erzurum region
- Tez No: 779056
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FATİH BÜYÜK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Pasteurella multocida, Mannheimia haemolytica, PZR, 16S rRNA sekanslama, Pasteurella multocida, Mannheimia haemolytica, PCR, 16S rRNA sequencing
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kafkas Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 97
Özet
Heterojen bir yapı sergileyen Pasteurellaceae familyasının patojen üyeleri genellikle Pasteurella ve Mannheimia cinsi içerisinde yer almaktadır. Bunlar arasında Pasteurella multocida ve Mannheimia haemolytica, sığır ve koyunlarda hemorajik septisemi, enzootik pnömoni ve mastitis gibi enfeksiyonlara yol açarak hayvan ölümleri, verim kayıpları ve tedavi-koruma-kontrol giderleri gibi önemli ekonomik kayıplar oluşturmaktadır. Bu çalışmada, Erzurum yöresi mezbahanelerinden alınan 100 sığır ve 100 koyun pnömonili akciğer örnekleri Pasteurella ve Mannheimia etkenlerinin varlığı yönünden araştırıldı. İzolatların identifikasyonu konvansiyonel yöntemler, VITEK 2 Compact identifikasyon sistemi, tür spesifik PZR ile gerçekleştirildi. Ayrıca, izolatların antibiyotik duyarlılıkları fenotipik olarak (VITEK 2 Compact sistemi) belirlendi ve direnç genleri araştırılması moleküler yöntemle (PZR) belirlendi. İzolatların 16S rRNA sekans analizi ile identifikasyonları teyit edildi ve filogenetik analizleri gerçekleştirildi. Pasteurella spp. kültür pozitifliği %8 saptandı. Tür dağılımı 7 adet Pasteurella multocida ve 9 adet Mannheimia haemolytica olarak belirlendi. Sığırlarda P. multocida pozitifliği %4 ve M. haemolytica pozitifliği %5 iken, koyunlarda P. multocida pozitifliği %3 ve M. haemolytica pozitifliği %4 olarak tespit edildi. Pasteurella türlerinin identifikasyonunda VITEK 2 Compact identifikasyon sistemi ile PZR'nin tanısal uyumu %100 olarak saptandı. P. multocida izolatlarının tamamı ampisilin, amoksisilin-klavulonik asit ve trimetoprimsulfametaksazole dirençli iken, seftiofur (%100) ve doksisiklin (%85,71) duyarlılıkları yüksek bulundu. P. multocida izolatlarının en az %71,43'ünde çoklu antibiyotik direncine rastlanıldı. M. haemolytica izolatlarının tamamı ampisilin ve trimetoprimsulfametaksazole dirençli iken, izolatların amoksisilin-klavulonik asit (%100), doksisiklin (%100) ve seftiofur (%88,89) duyarlılığı yüksek bulundu. M. haemolytica izolatlarının en az %44,44'ünde çoklu antibiyotik direncine rastlanıldı. Fenotipik olarak saptanan yaygın antibiyotik direncine paralel olarak ilgili antibiyotiklere dirençten sorumlu olan gen pozitiflikleri de yüksek belirlendi. P. multocida izolatları arasında %71,43 AaDA25, %42 AaDB, %42,86 Tet H, %85,71 Sul 2, %100 blaOXA58 ve %100 blaTEM pozitifliği; M. haemolytica izolatları arasında %66,67 AaDA25, %77,78 AaDB, %77,78 Sul 2, %22,22, blaOXA58 ve %100 blaTEM pozitifliği belirlendi. Ayrıca, her iki tür bakteri izolatları için çoklu antibiyotik direnç gen varlığı ve farklı direnç gen kombinasyonları belirlendi. 16S rRNA sekans analizi sonucu oluşturulan dendrogramda, P. multocida izolatları 2 ana küme içerisinde yer aldı. Monofiletik bir dağılım gösteren 4 sığır izolatı ile 1 koyun izolatından oluşan küme yüksek (%97) homolojiye sahipti. Dendrogramın diğer kümesini ise parafiletik görünümlü 2 koyun izolatı oluşturdu. İki ana küme içerisinde yer alan M. haemolytica izolatları ise oldukça heterojen bir dağılım sergiledi. Dendrogramın birinci kümesinde yer alan 3 sığır ve 1 koyun izolatları ile ikinci kümesinde yer alan 2 sığır ve 3 koyun izolatının tümü parafletik bir görünümdeydi. Büyükbaş hayvan yetiştiriciliğinin yoğun bir şekilde yapıldığı Erzurum yöresinde, sığır ve koyun pnömonilerinde etiyolojik etken olarak P. multocida ve M. haemolytica'nın yaygınlığının saptanması, elde edilen izolatların antibiyotik duyarlılıklarının ve mevcut antibiyotik direnç genlerinin belirlenmesi gibi lokal bakteri davranışlarının yanı sıra ve evrensel bakıda filogenetik pozisyonlarının belirlendiği bu çalışmaya ait verilerin pastörelloz hastalığının eradikasyonunda fayda sağlayacağı umulmaktadır.
Özet (Çeviri)
The pathogenic members of the heterogeneous Pasteurellaceae family are generally included in the genera Pasteurella and Mannheimia. Among these, Pasteurella multocida and Mannheimia haemolytica cause serious infections such as hemorrhagic septicemia, enzootic pneumonia and mastitis in cattle and sheep and cause significant economic losses such as animal mortality, yield losses and treatment-protectioncontrol expenses. In this study, 100 cattle and 100 sheep pneumonic lung samples collected from slaughterhouses in Erzurum region (Türkiye) were analyzed for the presence of Pasteurella spp. by culture method. Identification of the isolates was performed by conventional methods, VITEK 2 Compact identification system and species-specific PZR. In addition, antibiotic susceptibilities of the isolates were determined phenotypically (VITEK 2 Compact system) and molecular bases (PZR). Identification and phylogenetic analysis of the isolates were confirmed by 16S rRNA sequencing. Pasteurella spp. culture positivity was obtained 8%. The species distribution was 7 for P. multocida and 9 for M. haemolytica. P. multocida positivity was 4% and M. haemolytica positivity was 5% in cattle, whereas, P. multocida positivity was 3% and M. haemolytica positivity was 4% in sheep. The diagnostic concordance of PCR with VITEK 2 Compact identification system was 100%. All P. multocida isolates were resistant to ampicillin, amoxicillin-clavulonic acid and trimethoprim-sulfamethoxazole, while ceftiofur (100%) and doxycycline (85.71%) susceptibilities were high. Multiple antibiotic resistance was found in at least 71.43% of P. multocida isolates. While all M. haemolytica isolates were resistant to ampicillin and trimethoprim-sulfamethoxazole, all isolates had high susceptibility to amoxicillinclavulonic acid (100%), doxycycline (100%) and ceftiofur (88.89%). Multiple antibiotic resistance was found in at least 44.44% of M. haemolytica isolates. In parallel with the phenotypically widespread antibiotic resistance, gene positivity responsible for resistance to related antibiotics was also high. Among the P. multocida isolates, 71.43% AaDA25, 42% AaDB, 42.86% Tet H, 85.71% Sul 2, 100% blaOXA58 and 100% blaTEM positivity was detected. Among the M. haemolytica isolates, 66.67% AaDA25, 77.78% AaDB, 77.78% Sul 2, 22.22% blaOXA58 and 100% blaTEM positivity was detected. In addition, the presence of multiple antibiotic resistance genes and different resistance gene combinations were determined for both bacterial isolates. In the dendrogram generated by 16S rRNA gene sequencing, P. multocida isolates were included in 2 main clusters. The cluster consisting of 4 bovine isolates and 1 sheep isolate with a monophyletic distribution had a high homology (97%). The other cluster of the dendrogram consisted of 2 sheep isolates with paraphyletic appearance. M. haemolytica isolates in the two main clusters showed a very heterogeneous distribution. All 3 cattle and 1 sheep isolates in the first cluster of the dendrogram and 2 cattle and 3 sheep isolates in the second cluster had a paraphyletic appearance. It is hoped that the data of this study, which determined the local bacterial behaviors such as prevalence, antibiotic susceptibility and antibiotic resistance genes as well as the phylogenetic positions in the universal perspective of the P. multocida and M. haemolytica as the etiological agents of cattle and sheep pneumonia in Erzurum region, where cattle and sheep pneumonia are intensively farmed, will be useful in the eradication of the disease.
Benzer Tezler
- Erzurum İlindeki tarım işletmelerinin brüt üretim değeri kriterine göre tiplendirilmesi ve planlanması
Type classification and planning of agricultural enterprises in Erzurum province with respect to gros production value
KENAN PEKER
- Çıldır gölü havsanının coğrefi etüdü
Başlık çevirisi yok
ÜNAL KUŞATAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
CoğrafyaMarmara ÜniversitesiCoğrafya Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ SELÇUK BİRİCİK
- Erzurum yöresinde yetiştirilen sığır ırklarının sütlerinde bileşim ve özellikle mineral madde oranlarının laktasyon boyunca değişimi
Başlık çevirisi yok
MEHMET DEMİRCİ
- Erzurum yöresi sığırlarında bovine viral diarrhea virus (BVDV)'un varlığının immunohistokimyasal yöntemle araştırılması
Immunohistochemical investigation of bovine viral diarrhoea virus (BVDV) in cattles in Erzurum Region
GÖKŞAD CEMİL KOTAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Veteriner HekimliğiAtatürk ÜniversitesiPatoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA ÖZKARACA