Investigation of the effects of GTF2A1-antisense long non-coding RNA on cell fate
GTF2A1-antisens uzun kodlamayan RNA'sının hücre kaderi üzerindeki etkilerinin araştırılması
- Tez No: 780146
- Danışmanlar: PROF. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 63
Özet
Apoptoz, hücresel içeriklerin parçalandığı ve apoptotik cisimlerde biriktiği, programlanmış hücre ölümünün farklı bir modudur. Genomun büyük çoğunluğu kodlayıcı olmayan RNA'lardan oluşur. Kodlamayan RNA'lar, uzunluklarına bağlı olarak gruplara ayrılabilir, örneğin, 200 nükleotidden uzun olan, uzun kodlamayan RNA (ukmRNA). Bunların kanser ve insan hayatını kritik derecede etkileyen diğer hastalıkların gelişimi ve tedavisinde önemli rolleri olduğu kanıtlanmıştır. UkmRNA'ların apoptoz üzerindeki etki mekanizmaları göz önüne alındığında, transkripsiyon faktörlerinin aktivitesini modüle ederler, miRNA'ları düzenlerler ve kromatin değiştirici gibi histon mekanizmalarıyla ilgili proteinlerle etkileşime girerler. Bu açıdan, sisplatin ile muamele edilmiş HeLa hücrelerinden elde edilen transkriptomik verilerde, karakterize edilmemiş ve yeni bir uzun kodlamayan RNA olan GTF2A1-AS, yüksek oranda eksprese edilen ukmRNA'lardan biri olarak bulundu. GTF2A1-AS'nin hücre içerisindeki potansiyel rolü, GTF2A1-AS susturulması yoluyla sağlanan transkriptomik veriler aracılığıyla araştırıldı. Spesifik gen kümelerinin,“Homolog Rekombinasyon Yoluyla Kusurlu Homolojiye Yönelik Onarım”yolağında ağırlıklı olarak yoğunlaştığı bulunmuştur. Bu süreçte DNA hasar yanıt proteinleri olarak bilinen BRCA1/2, RAD50, RAD51, PALB2 proteinleri yardımıyla çift zincir kırıkları onarılır. Böylece, bu transkriptomik verilerini doğrulamak için DNA hasar yanıtı ile ilgili genler seçildi. Bu bilgiler ışığında GTF2A1-AS susturulması, HeLa hücrelerinde erken apoptozda artış ile sonuçlanmıştır. Ayrıca sisplatin ile birleştiğinde özellikle geç apoptozu etkileyerek HeLa hücrelerinin sisplatine karşı hassasiyetine yol açmıştır. Sonuç olarak, bir sisplatin indüklenebilir ukmRNA olarak GTF2A1-AS, HeLa hücrelerinde apoptozu ve kemosensitiviteyi düzenler
Özet (Çeviri)
Apoptosis is a distinct mode of programmed cell death whereby cellular contents are broken down and accumulated in the apoptotic bodies. The vast majority of the genome consists of non-coding RNAs (ncRNA). NcRNAs can be divided into groups depending on their length, for example, long non-coding RNA (lncRNA) longer than 200 nucleotides. It has been demonstrated that these have important roles in the development, and treatment of cancer and in other diseases that critically affect human life. Considering the lncRNAs' mechanisms of action on apoptosis, they modulate activity of transcription factors, regulate miRNAs, and interact with proteins related to histone mechanisms such as chromatin modifier. In this perspective, GTF2A1-AS which is an uncharacterized and novel lncRNA was found as one of highly expressed lncRNA in transcriptomic data obtained from HeLa cells treated with cisplatin. The potential role of GTF2A1-AS within the cell was investigated through the transcriptomic data provided by GTF2A1-AS knockdown. It has been found that specific gene clusters mainly enriched in the pathway which is Defective Homology directed Repair through Homologous Recombination. In this process, double-strand breaks are repaired with the help of BRCA1/2, RAD50, RAD51, PALB2 proteins which are known as DNA damage response proteins. Thus, the genes related with DNA damage response were selected to validate the transcriptomic data. In light of this information, GTF2A1-AS knockdown has resulted in an increase in the early apoptosis in HeLa cells. Additionally, when GTF2A1-AS knockdown was combined with cisplatin, it sensitized HeLa cells against cisplatin by affecting late apoptosis, specifically. Consequently, GTF2A1-AS as a cisplatin inducible lncRNA modulates apoptosis and chemosensitivity in HeLa cells.
Benzer Tezler
- Uyku yetersizliğinin anaerobik performans ve toparlanma sürecine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effects of sleep deprivation on anaerobic performance and recovery process
KUTLU AYDIN
Doktora
Türkçe
2014
SporAbant İzzet Baysal ÜniversitesiAntrenörlük Eğitimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÜMİD KARLI
- Beslenmenin hipotalamik kontrolünde irisin hormonunun etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of irisin hormone on the hypothalamic control of feeding
SUAT TEKİN
- Ratlarda gebelik süresince uygulanan akrilamidin fetal beyin gelişimine etkilerinin ve E vitamini'nin koruyucu rolünün araştırılması
Investigation of the effects of acrylamide, administered during pregnancy on the fetal brain development and protective role of vitamine E in rats
MEHMET ERMAN ERDEMLİ
Doktora
Türkçe
2015
Anatomiİnönü ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF TÜRKÖZ
YRD. DOÇ. DR. ZÜMRÜT DOĞAN
- Çinko oksit nanoparçacıklarının (ZnO-NP) insan dermal fibroblast hücreleri üzerindeki etkisinin proteomiks yaklaşımla değerlendirilmesi
Investigation of the effects of zinc oxide nanoparticles (ZnO-NP) on human dermal fibroblast cells by proteomics approach
ÖZAL MUTLU
- Kesici takım, kesme hızı ve malzeme cinsinin yüzey pürüzlülüğüne etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of cutting tools, cutting speed and material type in surface roughness
MEHMET CEVİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Makine MühendisliğiTrakya ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CENK MISIRLI