Modeling the degradation of organic pollutants and the solubility of drug-like molecules
Organik kirleticilerin bozunmasının ve ilaç benzeri moleküllerin çözünürlüğünün modellenmesi
- Tez No: 782366
- Danışmanlar: PROF. DR. HATİCE İLKNUR DOĞAN, PROF. DR. VİKTORYA AVİYENTE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Bu doktora tez çalışmasında üç farklı konu hibrid hesapsal yöntemlerle değerlendirilmiştir. Çevre kimyası ile ilgili olan ilk kısım tatlı suları kirleten ilaç hammaddeleri ve kişisel bakım ürünlerinin (PPCP'ler) giderilmesini kapsamaktadır. Bu bölümde salisilik asit, metil paraben ve kafeinin ileri oksidasyon teknikleri ile giderilme süreçleri boyunca tespit edilen olası ara ürünlerin oluşması yoğunluk teorisi yöntemi ile modellenmiştir. Bahsi geçen kimyasalların sudaki tüm ekosistemleri oratadan kaldırma potansiyelleri olduğu için giderilme mekanizmalarının anlaşılması önem taşımaktadır. Ara ürünlerin oluşma olasılıkları tırmandıkları Gibbs eşik enerjileri saptanarak, bu yapıların Gibbs serbest aktivasyon enerjileri hesaplanarak değerlendirilmiştir. Tezin ikinci kısmı ilaç hammadesini oluşturan organik moleküllerin hidrofilik/hidrofobik özelliklerinin sayısal olarak saptanarak hücrelere girme potansiyellerinin tespit edilmesine yöneliktir. Bu kısımda 11 adet ilaç olma potansiyeli olan protein kinaz inhibitörü molekülün ayrışma sabitlerinin (pKa) hesaplama yöntemleri hakkında çıkarımlarda bulunulmuştur. Bunun yanısıra çalışmanın devamında 22 adet molekülün su/oktanol ayrışma sabitleri (LogP) hesaplanarak suda ve organik çözücüde ayrışma yetileri tespit edilmiştir. Tezin üçüncü bölümünde, FEF-Kimya Bölümünde sentezlenmiş olan farmasötik özelliklere sahip olacağı düşünülen organik çözücüde eriyen tiyazol-2-imin türevlerinin ayrışma sabitlerini en iyi yansıtabilecek yöntem tespit edilmiştir. Bu amaç için deneysel ayrışma sabitleri bilinen tiyazol-2-imin moleküllerine benzeyen bir dizi molekülün pKa değerleri saptanmıştır. Kullanılacak yöntemi belirlemek için öncelikle ilgi alanı moleküllere benzeyen, deneysel olarak pKa değerleri bilinen moleküller literatürden bulunmuş ve bir dizi hesapsal yöntem kullanılarak yöntem belirlenmesi çalışması yapılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this doctoral thesis, three different subjects were investıgated with hybrid computational methods. The first part dealing with environmental chemistry covers the removal of pharmaceutical raw materials and personal care products (PPCPs) that pollute freshwater. In this section, the formation of possible intermediates detected during the removal processes of salicylic acid, methylparaben and caffeine by advanced oxidation techniques is modeled by the density functional theory. It is important to understand the removal mechanisms of these chemicals, as they have the potential to destroy the entire aquatic ecosystems. The second part of the thesis focuses on the determination of the potential of drug-like molecules to penetrate the cells by determining the hydrophilic/hydrophobic properties of the organic molecules that make up the drug raw material. In this section, inferences were made about the calculation methods of the dissociation constants (pKa) of 11 protein kinase inhibitor molecules with the potential to become drugs. In addition, in the continuation of the study, the water/octanol dissociation constants (LogP) of 22 molecules were calculated and their dissociation abilities in water and organic solvent were determined. In the third part of the thesis, the method that can best reflect the dissociation constants of thiazol-2- imine derivatives dissolved in organic solvent was determined. These molecules have been synthesized in the Chemistry Department of Bogazici University.
Benzer Tezler
- Katı atık düzenli depolama sahaları sızıntı suyu özelliklerinin değişimini ifade eden bir matematiksel model
A Mathematical model which determines various laechate characterization in sanitary land fills
ORHAN KÜÇÜKGÜL
- Kimyasal oksijen ihtiyacı deşarj limitlerinin sağlanmasında inert ve mikrobiyal ürünlerin rolü: Organize sanayi bölgesi örneği
The role of inert and microbial products in meeting discharge limits of chemical oxygen demand: Case of organized industrial zone
AYÇA KILIÇARPA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAYRETTİN GÜÇLÜ İNSEL
- Sefazolin sodyumun fotokatalitik degradasyonu ve moleküler modellemesi
Phocatalytic degradation and molecular modelling of cefazoline sodium
KORHAN BAHAR
- Gıda endüstrisi kaynaklı koku emisyonlarının kontrol stratejilerinin geliştirilmesi
Development of control strategies for food industry sourced odor emissions
İLKER AKMIRZA
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KADİR ALP
- Removal of organics in reverse osmosis concentrate by advanced treatment
Ters osmoz konsantre atığındaki organik maddenin ileri arıtma yöntemleri ile giderimi
NAZMİYE CEMRE BİRBEN
Doktora
İngilizce
2020
KimyaBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA MİRAY BEKBÖLET