Comparative analysis of brain cell cultures and tissues in alzheimer's disease based on differential expression and gene set enrichment
Alzheımer hastalığında beyin hücresi kültürleri ve dokuların farklı gen anlatımı ve gen seti zenginleştirme yöntemleriyle karşılaştırmalı analizi
- Tez No: 783615
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoistatistik, Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biostatistics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoenformatik ve Bilişimsel Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 222
Özet
Alzheimer hastalığı dünyada bunamanın en büyük sebebi olarak bilinmektedir. Amiloyid beta plaklarının ve Tau proteinlerinden oluşan ipliklerin beyin dokusunda birikmesi sonucu gözlenen nörodejeneratif bir hastalıktır. Transkripsiyonel farklılıklar, protein anlatımı düzenlenmeleri ve bunların etkileşimleri yakın dönemdeki çalışmalarda araştırılarak hastalığın köken aldığı hücre tipleri anlaşılmaya çalışılmaktadır. Bu araştırmalar doku örnekleri üzerinde yapılmaktadır, ki bu örnekler beraberinde pek çok zorluk getirmektedir. Bunların üstesinden gelmek için, yakın dönemde geliştirilen gen düzenleme metotlarının da yardımıyla, hücre modellerinin kullanımı yaygınlaşmaktadır. Fakat, çevresel faktörlerden etkilenen ve sebebi tam olarak anlaşılamayan Alzheimer hastalığında hücre modellerinin doku örneklerini yansıtma düzeyi bir tartışma konusudur. Bu çalışma, hücre modellerinin doku örneklerini ne kadar temsil ettiğini tanımlama amacı taşımaktadır. Bu amaçla, NCBI BioProject üzerinde 19 adet çalışma elde edilmiş ve bu çalışmalar cinsiyet ve hücre tiplerine göre gruplandırılarak, DEG ve GSE analizleri üzerinden karşılaştırılmıştır. Karşılaştırmalar, herhangi bir biyolojik işleme denk düşen gen setlerindeki gen sayıları üzerinden yapılmış, uzaklık matriksleri ve topoloji grafikleri üzerinden görselleştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Alzheimer's disease is currently the most common cause of dementia in the world. It is a neurodegenerative disease that is diagnosed neuropathologically by observing B-amyloid plaques and neurofibrillary tangles in the brain. Transcriptional differentiations, protein regulations, and the interactions in between have been investigated by recent studies to understand from which brain cell type the disease stems, such as microglia, astrocytes, and neurons. These studies are mostly performed on brain tissue samples that bring certain challenges. With the addition of novel gene editing methods in recent years, cell models are gaining popularity as an alternative to studying Alzheimer's disease. Yet, due to the complicated nature of the disease, cell models may not be representative enough. This study aims to determine the representativeness of cell models, in contrast to brain tissue samples, by comparing the two groups by their differentially expressed genes and enriched cellular functions. For this purpose, 19 projects (10 tissues, 9 cells) were selected for analysis from NCBI BioProject, which were then grouped by sex and cell types. The comparisons were made using the number of genes in gene sets that enrich certain biological processes. Distance matrices and topology plots were used for visualization.
Benzer Tezler
- Üç boyutlu organoid kültür temelli çip-üstü-rett sendromu modeli geliştirilmesi
Development of three dimensional organoid culture based rett syndrome-on-a-chip model
PELİN SAĞLAM METİNER
Doktora
Türkçe
2024
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM YEŞİL ÇELİKTAŞ
PROF. DR. ŞERİFE ESRA ERDAL BAĞRIYANIK
- Curcumin (Zerdeçal)'in primer astroglial hücre hattında penisilin ile indüklenen astrosit stresine – ölümüne (nekrosis - apoptosis) koruyucu etkisi
Protective effect of curcumin (curcuma longa) on astrocyte stress - death (necrosis - apoptosis) in primary astroglial cell line
NURİYE KURBETLİ
- Glioblastom ve nöroblastom invitro hücre kültürlerinde antiepileptiklerin mitotik proliferasyon üzerine etkileri
Effects of antiepileptics on mitotic proliferation at in vitro cell cultures of glioblastoma and neuroblastoma
ŞEYDA ÇEVİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
NörolojiCumhuriyet ÜniversitesiNöroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERTUĞRUL BOLAYIR
- Glioblastom ve nöroblastom in vitro hücre kültürlerinde antiepileptiklerin mitotik proliferasyon üzerine etkileri
Effects of anti-epileptics on mitotic proliferation on in vitro glioblastoma and neuroblastoma cell cultures
ZEYNEP VARGÜN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
NörolojiCumhuriyet ÜniversitesiNöroloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM KAYIM YILDIZ
- Liken sekonder metabolitlerinin deneysel beyin tümör modeli üzerine potansiyel etkilerinin ın vitro yöntemlerle araştırılması
Investigation of potential effects of lichen secondary metabolites on experimental brain tumor model with in vitro methods
BUĞRAHAN EMSEN
Doktora
Türkçe
2015
BiyoteknolojiKaramanoğlu Mehmetbey ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ ASLAN