Asmada (Vitis vinifera L.) erkencilikten sorumlu aday genleringenom düzeyinde belirlenmesi
Identification of candidate genes responsible for earlyripening in grape (Vitis vinifera L.) at genome level
- Tez No: 784862
- Danışmanlar: PROF. DR. İLKNUR KORKUTAL, PROF. DR. ALİ ERGÜL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 130
Özet
Bu çalışmada, üzümde erkencilikten sorumlu aday genlerin genom düzeyinde belirlenmesi amacıyla transkripsiyonel çalışmalar yürütülmüştür. 3'ü erken 2'si geç olgunlaşan toplamda 5 çeşitte, 3 biyolojik tekrarlı olacak şekilde (toplamda 15 adet) RNA dizileme tekniği kullanılmıştır. Dizileme sonucunda, örneklerden düşük hata oranları ve yüksek kalite skorlarına sahip 27 milyon ile 34 milyon arasında temiz okumalar elde edilmiştir. Gen ifade analizlerinin erkenci-geççi karşılaştırma gruplarında toplamda 25.736 gen tespit edilmiş, bunların 8271 tanesi farklı ifade edilen genler olarak tespit edilmiştir. Farklı ifade edilen genler arasında ise 4474'ü ifadesi artan, 3797'si ifadesi azalan olarak belirlenmiştir. VIT_05s0029g01480 ve VIT_12s0034g00380 genleri erkenci-geççi karşılaştırma gruplarının tamamında ifadesi artan genler arasında yer almışlardır. VIT_12s0034g00380 ve VIT_05s0029g01480 genlerinin, sırasıyla patojenlere dayanımla ilgili proteinler (TMV resistance protein N-like) ile protein kinaz bölgesi içeren proteinlerin (Protein kinase domain-containing protein) aktivasyonlarından sorumlu oldukları belirlenmiştir. Çalışılan 15 örnek ile üzümün referans genomu arasında toplamda 2.466.585 adet SNP tespit edilmiş, bunlardan erkencilikle ilişkili olduğu düşünülen 2 adet SNP 12. kromozomda belirlenmiştir. VIT_12s0034g00380 genindeki SNP'lerden C/T nükleotid değişimi tüm erkenci çeşitlerde referans genoma göre değişim gösterirken, geççi çeşitlerde referans genomla aynı kalmıştır. Dolayısıyla bu noktadaki genetik varyasyonun üzümde erkenciliği tetiklediği düşünülmektedir. Son olarak, RNA dizileme verileri, rastgele seçilen dört gende yürütülen gerçek zamanlı PCR çalışmaları ile doğrulanmıştır. Bu çalışmadan elde edilen bulguların, erken olgunlaşma karakterini moleküler düzeyde tespitinde kullanılacak markır geliştirilmesi çalışmalarına hizmet edeceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, transcriptional studies were carried out to determine the candidate genes responsible for earliness in grapes at the genome level. RNA sequencing technique was used in 5 cultivars, 3 of which were early ripening and 2 of which were late ripening, with 3 biological repetitions. As a result of sequencing, between 27 million and 34 million clean reads were obtained from the samples with low error rates and high quality scores. A total of 25,736 genes were detected in the early-late comparison groups of gene expression analyzes, of which 8,271 were identified as differentially expressed genes. Among the differentially expressed genes, 4474 were found to have increased expression and 3797 to decreased expression. The genes VIT_05s0029g01480 and VIT_12s0034g00380 were among the genes whose expression increased in all early-late comparison groups. It has been determined that VIT_12s0034g00380 and VIT_05s0029g01480 genes are responsible for the activation of pathogen resistance proteins (TMV resistance protein N-like) and protein kinase domain-containing protein, respectively. A total of 2,466,585 SNPs were detected between the 15 samples studied and the grape reference genome, and 2 SNPs thought to be associated with earliness were determined on the chromosome 12. Among the SNPs in the VIT_12s0034g00380 gene, C/T nucleotide change was observed in all early cultivars relative to the grape reference genome, while it remained the same in late cultivars with the reference genome. Therefore, genetic variation at this point is thought to trigger earliness in grapes. Finally, RNA sequencing data was validated by real-time PCR studies conducted on four randomly selected genes. It is thought that the findings obtained from this study, will serve for the development of markers to be used to determine the early ripening character at the molecular level.
Benzer Tezler
- Asmada (Vitis vinifera L.) CRISPR/Cas9 genom düzenleme teknolojisi ile küllemeye (Erysiphe necator) dayanıklı bitkilerin geliştirilmesi
Development of powdery mildew (erysiphe necator) resistant plants in grapevine (Vitis vinifera l.) using CRISPR/Cas9 genome editing technology
SELCEN DOĞAN
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEDİM MUTLU
- Asmada (Vitis vinifera L.) SSR markörleri kullanarak Botrytis cinerea'ya dayanıklık genlerinin kantitatif özellik lokus (QTL) haritalaması
Quantitative trait locus (QTL) mapping of resistance genes to Botrytis cinerea using SSR markers in grape (Vitis vinifera L.)
AYFER DALDAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İLKNUR POLAT
- Asmada (Vitis vinifera L.) kromozom katlama uygulamaları ile otopoliploidinin uyarılması ve organogenez
Induction of autopolyploidy and organogenesis via chromosome doubling treatments in grapevine (Vitis vinifera L.)
ELİF CEREN PEHLİVAN
Doktora
İngilizce
2020
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİRHAN KUNTER
- Asmada (Vitis vinifera L.) LEA2 ve WOX genlerinin biyoinformatik analizleri
Bioinformatics analysis of LEA2 and WOX genes in grapevine (Vitis vinifera L.)
MOHAMMAD SALEEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikManisa Celal Bayar ÜniversitesiTarımsal Bilimler Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE DİLŞAT YEĞENOĞLU
- Asmada (Vitis vinifera L.) HSF ve HSP90 genlerinin biyoinformatik analizleri
Bioinformatic analysis of HSF and HSP90 genes in grapevine (Vitis vinifera L.)
MUHAMMAD MUBARAK ISA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiManisa Celal Bayar ÜniversitesiTarımsal Bilimler Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE DİLŞAT YEĞENOĞLU