Geri Dön

Transkriptom verilerinin protein-protein etkileşim ağlarına haritalanması ile inflamatuar bağırsak hastalıklarına özgü alt ağların belirlenmesi ve ilaç yeniden konumlandırma

Identification of inflammatory bowel disease-specific subnetworks and drug repositioning by mapping transcriptome data to protein-protein interaction networks

PDF İndir

  1. Tez No: 786352
  2. Yazar: ŞEFİKA FEYZA MADEN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİHA ECE ACUNER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Medeniyet Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 87

Özet

Ülseratif kolit (UC) ve Crohn hastalığı (CD) inflamatuar bağırsak hastalığının (IBD) iki farklı alt tipidir. Bu iki bozukluk için tanı ve tedavide belirsizlikler yaşanmaktadır, bu nedenle ağ düzeyinde moleküler imzalarını ortaya çıkarmak önemlidir. Bu amaçla, GSE126124 ve GSE3365 verisetlerinden elde edilen transkriptom verilerini protein-protein etkileşim (PPE) ağlarına haritalayarak ülseratif kolit ve Crohn hastalığına özgü alt ağlar belirlendi ve biyolojik önemi analiz edildi. UC alt-ağ modülü Alzheimer hastalığı, kolorektal kanser ve prostat kanseri gibi daha çok hastalık temelli fonksiyonel özellikleri ortaya çıkarırken, CD alt-ağ modülü ise sitokin üretimi, interlökin-1 (IL-1) reseptör aktivitesi, NF-kappa B (NF-κB) sinyal yolu gibi fonksiyonel özellikleri ortaya çıkardı. Ayrıca UC ve CD için elde edilen yeni modüllerdeki genlere ilaç yeniden konumlandırma ve moleküler kenetlenme çalışmaları yapıldı. Sonuçların yapısal analizi gerçekleştirilerek UC ve CD'nin tedavisinde etkili olabilecek yeni törapötikler önerilmiştir; UC için paclitaxel, CD için flucloxacillin. Genel olarak, bu bulgular moleküler düzeyde IBD alt tipleri arasındaki farklılıkları ortaya koyar, UC ve CD tanısını kolaylaştırabilir ve ayrıca hastalık alt tiplerine özgü potansiyel moleküler hedefler sağlayabilir.

Özet (Çeviri)

Ulcerative colitis (UC) and Crohn's disease (CD) are two different subtypes of inflammatory bowel disease (IBD). There are uncertainties in diagnosis and treatment for these two disorders, so it is important to uncover their molecular signatures at the network level. For this purpose, subnetworks specific to ulcerative colitis and Crohn's disease were determined by mapping the transcriptome data obtained from the GSE126124 and GSE3365 datasets to protein-protein interaction (PPE) networks, and their biological significance was analyzed. The UC subnet module reveals more disease-based functional features such as Alzheimer's disease, colorectal cancer, and prostate cancer, while the CD subnetwork module reveals cytokine production, interleukin-1 (IL-1) receptor activity, NF-kappa B (NF- κB) revealed functional features such as the signaling pathway. In addition, drug repositioning and molecular docking studies were performed to the genes in UC- and CD-specific modules. Structural analysis of the results has been performed and new therapeutics have been proposed that may be effective in the treatment of UC and CD; Paclitaxel for UC, flucloxacillin for CD. Overall, these findings reveal differences between IBD subtypes at the molecular level, may facilitate the diagnosis of UC and CD, and also provide potential molecular targets specific to disease subtypes.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    580209

    Molecular effects of plant-based drugs on breast cancer by mapping transcriptome data on protein-protein interactions

    Transkriptom verilerinin protein-protein etkileşim ağlarına haritalanmasıyla bitkisel ilaçların meme kanserine moleküler etkilerinin araştırılması

    RONALD REGAN ODONGO

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyoistatistikGebze Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASUMAN DEMİROĞLU ZERGEROĞLU

    DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR

  2. Tez No

    580265

    Network-based analysis of cognitive impairment and memory deficits from transcriptome data

    Transkriptom verileri kullanılarak hafıza problemlerinin ve bilişsel bozuklukların hücresel ağlara dayalı analizi

    ELİF EMANETCİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyoistatistikGebze Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR

  3. Tez No

    612193

    Integrative analysis of transcriptome data and cellular networks to reveal molecular interactions of metastasis mechanisms in cancer

    Kanser metastasında etkili olan moleküler etkileşimlerin ortaya çıkarılması için transkriptom verisi ve hücresel ağların bütünleşik analizi

    DİLARA UZUNER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyoistatistikGebze Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR

    DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR PİR

  4. Tez No

    820433

    Identification of candidate biomarkers and potential therapeutics for idiopathic pulmonary fibrosis through systems biology approaches

    İdı̇opatı̇k pulmoner fı̇brozı̇s içı̇n aday bı̇yobelı̇rteç ve potansı̇yel terapötı̇klerı̇n sı̇stem bı̇yolojı̇sı̇ yaklaşımları ile belı̇rlenmesı̇

    MECBURE NUR AKÇA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyomühendislikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ CEYDA KASAVİ

  5. Tez No

    751227

    Construction and analysis of tissue/disease specific protein-protein interaction networks by integrating large scale transcriptome data with genome scale protein-protein interaction networks

    Transkriptom ve genom ölçekli protein etkileşim ağlarının birleştirilmesi ile durum bazlı spesifik protein etkileşim ağlarının oluşturulması ve analizi

    ARZU BURÇAK ŞENKAL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Bilim ve TeknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TOLGA CAN

Geri Dön