SARS-COV-2 kantitatif tanısında kullanılan farklı real-time PCR cihazlarının ve kitlerin karşılaştırılması
Comparison of different real-time PCR devices and kits for SARS-COV-2 quantitative diagnosis
- Tez No: 786423
- Danışmanlar: PROF. DR. FADİLE YILDIZ ZEYREK
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: SARS-CoV-2, Viral yük, PZR, COVID-19, SARS-CoV-2, Viral Load, PCR, COVID-19
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Harran Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
Amaç: COVID-19, etkin bir tedavisi olmaması ve yüksek bulaştırıcılığı sebebiyle dünya genelinde sağlık sistemlerini zorlamış bir enfeksiyondur. Virüsün bulaştırıcılığının yüksek olması morbidite ve mortaliteyi arttırmaktadır. Bulaşı önlemek ve erken tedaviyi sağlayabilmek için enfekte kişilerin erken ve doğru tespiti, dolayısıyla güvenilir bir tanı yönteminin belirlenmesi önem arz etmektedir. Real-time RT-PCR, Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından COVID-19 tanısında önerilen tanı yöntemidir. Ancak PCR, uygulandığı koşullara göre verimliliği etkilenebilen bir testtir. Biz bu çalışmamızda, SARS-CoV-2 genomunu saptayan farklı ticari kitlerin, farklı Real-time PCR sistemlerindeki performanslarını incelemeyi ve laboratuvar uzmanlarına bu konuda bir fikir vermeyi amaçladık. Bu araştırmanın yanısıra, çalışmamızda hasta numunelerinde elde ettiğimiz viral yükleri ve hastaların bazı kan değerlerini inceleyerek, bu verilerin birbirleriyle olan ilişkilerini inceledik. Yöntem: Çalışmamızda 46 nazofarengeal sürüntü örneği Bio-Speedy SARS-CoV-2 Double Gene RT-qPCR kiti (Bioeksen Ltd, Istanbul, Turkey), DS Coronex COVID-19 multiplex RT-qPCR tanı kiti (DS Bio and Nano Technology, Ankara, Türkiye) ve Diagnovital HS SARS-CoV-2 multiplex Real time PCR kiti (RTA, Türkiye) kitleri kullanılarak Rotor-Gene Q (Qiagen GmBH, Hilden, Almanya), Bio-Rad CFX96 Real Time PCR cihazı ve Abbott m2000rt Real-time PCR sistemlerine yüklendi. Bu kit ve cihazların performansları incelendi. Bio-Speedy kiti kullanılarak Rotor-Gene cihazında elde edilen lineer standart eğrisi, hasta numunelerindeki SARS-CoV-2 viral yükünü saptamada kullanıldı. Bulgular: Çalışmamızda SARS-CoV-2 tespitinde, denediğimiz kit ve cihazlar arasında en yüksek Ct değeri veren kit-cihaz ikilisi Diagnovital kiti – Abbott cihazı, en düşük veren ikili ise Rotor- Gene – Bio-Speedy idi. Virüs genom tespitinde Bio-Speedy kitinin, Diagnovital ve Coronex kitlerine göre daha düşük Ct değerleri verdiğini saptadık. Yüksek viral yük ile lökositoz, kan D-dimer düzeyi yüksekliği ve ölümün ilişkili olduğunu gördük. Çalışmamızda yaş, cinsiyet, kan CRP, D-dimer, lökosit, lenfosit ve nötrofil değerlerini inceledik. Hastalarda ileri yaş, hastanın klinik durumu ve kan nötrofil yüzdesinin yüksekliğinin, ölüm riskini öngörmede kullanılabileceğini saptadık. Sonuç: Real-time PCR cihazı farklı hedef genlerde, farklı numune tiplerinde, farklı cihaz ve kitlerde farklı sonuçlar verebilmektedir. Her yeni çalışma protokolünde denemeler yapılmalı, kitler ve cihazlar performans açısından test edilmelidir. Ayrıca izolasyon önlemlerinin asemptomatik hastalarda da sıkı bir şekilde alınması, bu hasta grubunda görülen yüksek viral yük nedeniyle, bulaştırıcılığın önlenmesinde oldukça kritiktir.
Özet (Çeviri)
Objective: COVID-19 is an infection that has challenged health systems all around the world due to its high contagiousness and the lack of an effective treatment. The high contagiousness of the virus increases morbidity and mortality. To prevent transmission and provide early treatment, early and accurate detection of infected people is needed. Therefore, it is important to determine a reliable diagnostic method. Real-time RT-PCR is the diagnostic method recommended by the World Health Organization (WHO) in the diagnosis of COVID-19. However, PCR is a test whose efficiency can be affected by the conditions under which it is applied. In our study, we aimed to examine the performance of different commercial kits that detect the SARS-CoV-2 genome in different Real-time PCR systems and to give an idea to the laboratory experts on this subject. In addition to this research, we examined the viral loads obtained in the patient samples and some blood values of the patients in our study and the correlations of these data with each other. Method: In our study, 46 nasopharyngeal swab samples were used with Bio-Speedy SARSCoV- 2 Double Gene RT-qPCR kit (Bioeksen Ltd, Istanbul, Turkey), DS Coronex COVID-19 multiplex RT-qPCR diagnostic kit (DS Bio and Nano Technology, Ankara, Turkey) and Diagnovital HS SARS-CoV-2 multiplex Real-time PCR kit (RTA, Turkey) to detect SARS-CoV-2 genome. Samples were loaded into Rotor-Gene Q (Qiagen GmBH, Hilden, Germany), Bio-Rad CFX96 and Abbott m2000rt Real-time PCR systems. The performances of these kits and devices were examined. Standard curve obtained on the Rotor-Gene device using the Bio-Speedy kit were used to detect SARS-CoV-2 viral load in patient samples. Findings: With the findings we obtained in our study, we saw using Diagnovital kit into Abbott device gave the highest Ct values as a kit-device pair in the detection of SARS-CoV-2. Rotor- Gene – Bio-Speedy had the lowest Ct values as a kit-device pair. We found that Bio-Speedy kit gave lower Ct values than Diagnovital and Coronex kits in virus genome detection. We found that high viral load was associated with leukocytosis, high blood D-dimer levels and death. In our study, we examined age, gender, blood CRP, D-dimer, leukocyte, lymphocyte and neutrophil values. We found that advanced age, clinical status of the patient and high blood neutrophil percentage could be used to predict the risk of death. Results: Real-time PCR device can give different results in different target genes, sample types, devices and kits. Trials should be made in each new study protocol and commercial kits or devices should be tested for performance before being used in diagnosis. In addition, strict implementation of isolation precautions in asymptomatic patients is very critical in preventing contagiousness due to the high viral load seen in this patient group.
Benzer Tezler
- COVİD-19 geçiren hastalarda anti-SARS-Cov-2 antikor düzeylerinin elısa ve virüs nötralizasyon testi ile değerlendirilmesi
Evaluation of anti-SARS-CoV-2 antibody levels in patients with COVİD-19 by elisa and virus neutralization test
MEHMET İLKER TOSUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM KİRİŞCİ
- Investigation of the relationship between D-dimer levels and cardiovascular disease in hospitalized patients with COVID-19
Hastanedeki COVID-19 hastalarında D-dimer düzeyleri ile kardiyovasküler hastalık arasındaki ilişkinin incelenmesi
IBRAHIM YAHYA SALEH AL-HAJIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEVKİ ADEM
- Maternal SARS-COV-2 enfeksiyonunun neonatal antropometrik ölçümler ve morbiditeler üzerine etkilerinin araştırılması
Effect of maternal SARS-COV-2 infection on neonatal anthropometric measurements and morbidities
SERAP SAK GÜLER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıMaltepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUĞBA ERENER ERCAN
- SARS cov 2 spike protein mrna'sının farklı hücre hatlarında oluşturacağı immün yanıtın genomik ve proteomik olarak araştırılması
Genomic and proteomic investigation of the immune response of sars COV 2 spike protein mrna in different cell lines
HALE ÖKSÜZ
Doktora
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BERTAN YILMAZ
- COVİD-19 sonrası hastalarda koku kaybının psikofizik testlerle ve radyolojik görüntülemeler ile değerlendirilmesi
Evaluation of olfactory loss in post-COVİD-19 patients with psychophysical tests and radiological imaging
MUSTAFA BARAN
Doktora
Türkçe
2022
Fizyolojiİstanbul Medeniyet ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT TAYYAR KALCIOĞLU