SERPINA1 geninde alfa-1 antitripsin eksikliğine (A1ATD) neden olan allellerin ARMS tekniği ile genotiplenmesi
Genotyping of alleles causing alpha-1 antitrypsin deficiency (A1ATD) in SERPINA1 gene by ARMS technique
- Tez No: 788083
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ İRFAN GÜZEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Akciğer hastalıkları, Akciğer hastalıkları-obstrüktif, Alfa 1-antitripsin, Amfizem, Genler, Genotip, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Lung diseases, Lung diseases-obstructive, Alpha 1 antitrypsin, Emphysema, Genes, Genotype, Polymerase chain reaction
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Alfa-1-antitripsin eksikliği (AATD), SERPINA1 olarak adlandırılan gendeki mutasyonlardan kaynaklı serumda normal sınırlardan düşük AAT seviyeleriyle karakterize otozomal ko-dominant bir hastalıktır. AAT hepatositlerde üretilerek kana salınır ve primer görevi vücudu nötrofil elastaz aktivitesinden korumaktır (antiproteaz). Serum AAT seviyesindeki eksiklik, nötrofil elastaz ve diğer proteolitik enzimlerin akciğer dokusunda hasar oluşturmasına ve buna bağlı olarak da amfizem, kronik bronşit, kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), bronşektazi ve astım gibi hastalıklara neden olabilmektedir. SERPINA1 geninde bugüne kadar 100'den fazla farklı mutasyon tanımlanmıştır. Bunlar arasında hastalıkla ilişkili en yaygın varyantlar S ve Z allelleri olarak belirlenmiştir. Normal AAT proteaz inhibitörü (PI) 'M' harfi ile gösterilmektedir. Varyantların tespitinde immünoassay yöntemler, izoelektrik odaklama (IEF) ve moleküler genotipleme (PCR ve PCR-RFLP) gibi yöntemler kullanılmaktadır. Amplifikasyon-refrakter mutasyon sistemi (ARMS), tek baz değişiklikleri veya küçük delesyonlar içeren herhangi bir mutasyonu tespit etmek için basit, hızlı ve güvenilir bir yöntemdir. Literatüre bakıldığında KOAH ve Amfizemli hastalarda ARMS metodu kullanılarak yapılmış bir genotipleme çalışması mevcut değildir. Planlan bu çalışmada ARMS-PCR yöntemiyle hastalıkla en sık ilişkili olan 'S' ve 'Z' varyantları ile bunların normal allellerinin genotiplenmesi amaçlanmıştır. KOAH ve amfizem tanısı konmuş hasta grubu (53 kişi) ile kontrol grubundan (33 kişi) periferik kan alınıp DNA'ları izole edilmiş ve tasarlanan özgün primer dizileri ile de PCR amplifikasyonları yapılmıştır. ARMS-PCR sonuçlarını doğrulamak amacıyla da tüm örneklerin ilgili bölgelerinin dizi analizi yapılmıştır. Sonuç olarak; bu yöntem ile Normal allel ve 'S' varyantı belirlenebilmiş ancak üç farklı primer kullanılmasına rağmen 'Z' varyantı ve normal alleli özgün olarak belirlenememiştir.
Özet (Çeviri)
Alpha-1-antitrypsin deficiency (AATD) is an autosomal co-dominant disease characterized by low-than-normal serum AAT levels caused by mutations in the gene called SERPINA1. AAT is produced in hepatocytes and released into the blood, and its primary function is to protect the body from neutrophil elastase activity (antiprotease). Deficiency in serum AAT level can cause damage to lung tissue by neutrophil elastase and other proteolytic enzymes, and consequently diseases such as emphysema, chronic bronchitis, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), bronchiectasis and asthma. More than 100 different mutations have been identified in the SERPINA1 gene to date. Among these, the most common variants associated with the disease were identified as S and Z alleles. Normal AAT protease inhibitor (PI) is denoted by the letter 'M'. Methods such as immunoassay methods, isoelectric focusing (IEF) and molecular genotyping (PCR and PCR-RFLP) are used to detect variants. The amplification-refractory mutation system (ARMS) is a simple, fast and reliable method to detect any mutation containing single base changes or small deletions. When we look at the literature, there is no genotyping study using the ARMS method in patients with COPD and Emphysema. In this planned study, it was aimed to genotype the most commonly associated 'S' and 'Z' variants and their normal alleles with the ARMS-PCR method. Peripheral blood was taken from the patient group (53 individuals) diagnosed with COPD and emphysema and the control group (33 individuals), their DNA was isolated, and PCR amplifications were performed with the designed specific primer sequences. Sequence analysis of the relevant regions of all samples was performed to confirm the ARMS-PCR results. In conclusion; With this method, normal allele and 'S' variant could be determined but 'Z' variant and normal allele could not be detected specifically despite using three different primers.
Benzer Tezler
- Kekik yağı ve bileşeni olan karvakrolün antikanser etkisinin HepG2 hepatoselüler karsinoma hücrelerinde in vitro araştırılması
In vitro investigated of anticancer effects of essential oil of origanum onites and its constituent carvacrol in hepatocellular carcinoma HepG2 cells
ÖZLEM TOMSUK
- Sheehan sendromunun etiyolojisinde kraniyal kemiklerin gelişimi ve trombofili ile ilgili genetik faktörlerin rolünün değerlendirilmesi
Evaluation of roles of genetic factors associated with development of cranial bones and thrombophyilia in the etiopathogenesis of sheehan's syndrome
HALİT DİRİ
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2014
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıErciyes Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FAHRİ BAYRAM
- Spinocerebellar ataxia type 2: Ataxin-2 mechanisms and blood biomarkers
Spinoserebellar ataksi tip 2: Ataksin-2 mekanizması ve kan biyo-belirteçleri
NESLİ ECE ŞEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
NörolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. AYŞE NAZLI BAŞAK
- Klinefelter hastalarında PAI-1 geni varyantlarının trombofili gelişimi üzerindeki etkisinin incelenmesi
The observation of PAI-1 gene variants on development of thrombophilia in klinefelter patients
BURÇİN ERKAL
- Peritoneal diyaliz hastalarında PAİ-1 gen değişimlerinin fibrozisle olan ilişkisinin araştırılması
The investigation of the relationship between PAİ-1 gene changes and fibrosis in peritoneal dialysis patients
DUYGU ONUR CURA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT DERYA ERÇAL