Geri Dön

SERPINA1 geninde alfa-1 antitripsin eksikliğine (A1ATD) neden olan allellerin ARMS tekniği ile genotiplenmesi

Genotyping of alleles causing alpha-1 antitrypsin deficiency (A1ATD) in SERPINA1 gene by ARMS technique

PDF İndir

  1. Tez No: 788083
  2. Yazar: RABİA HANDE ŞAHİNGÖZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ALİ İRFAN GÜZEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 77

Özet

Alfa-1-antitripsin eksikliği (AATD), SERPINA1 olarak adlandırılan gendeki mutasyonlardan kaynaklı serumda normal sınırlardan düşük AAT seviyeleriyle karakterize otozomal ko-dominant bir hastalıktır. AAT hepatositlerde üretilerek kana salınır ve primer görevi vücudu nötrofil elastaz aktivitesinden korumaktır (antiproteaz). Serum AAT seviyesindeki eksiklik, nötrofil elastaz ve diğer proteolitik enzimlerin akciğer dokusunda hasar oluşturmasına ve buna bağlı olarak da amfizem, kronik bronşit, kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), bronşektazi ve astım gibi hastalıklara neden olabilmektedir. SERPINA1 geninde bugüne kadar 100'den fazla farklı mutasyon tanımlanmıştır. Bunlar arasında hastalıkla ilişkili en yaygın varyantlar S ve Z allelleri olarak belirlenmiştir. Normal AAT proteaz inhibitörü (PI) 'M' harfi ile gösterilmektedir. Varyantların tespitinde immünoassay yöntemler, izoelektrik odaklama (IEF) ve moleküler genotipleme (PCR ve PCR-RFLP) gibi yöntemler kullanılmaktadır. Amplifikasyon-refrakter mutasyon sistemi (ARMS), tek baz değişiklikleri veya küçük delesyonlar içeren herhangi bir mutasyonu tespit etmek için basit, hızlı ve güvenilir bir yöntemdir. Literatüre bakıldığında KOAH ve Amfizemli hastalarda ARMS metodu kullanılarak yapılmış bir genotipleme çalışması mevcut değildir. Planlan bu çalışmada ARMS-PCR yöntemiyle hastalıkla en sık ilişkili olan 'S' ve 'Z' varyantları ile bunların normal allellerinin genotiplenmesi amaçlanmıştır. KOAH ve amfizem tanısı konmuş hasta grubu (53 kişi) ile kontrol grubundan (33 kişi) periferik kan alınıp DNA'ları izole edilmiş ve tasarlanan özgün primer dizileri ile de PCR amplifikasyonları yapılmıştır. ARMS-PCR sonuçlarını doğrulamak amacıyla da tüm örneklerin ilgili bölgelerinin dizi analizi yapılmıştır. Sonuç olarak; bu yöntem ile Normal allel ve 'S' varyantı belirlenebilmiş ancak üç farklı primer kullanılmasına rağmen 'Z' varyantı ve normal alleli özgün olarak belirlenememiştir.

Özet (Çeviri)

Alpha-1-antitrypsin deficiency (AATD) is an autosomal co-dominant disease characterized by low-than-normal serum AAT levels caused by mutations in the gene called SERPINA1. AAT is produced in hepatocytes and released into the blood, and its primary function is to protect the body from neutrophil elastase activity (antiprotease). Deficiency in serum AAT level can cause damage to lung tissue by neutrophil elastase and other proteolytic enzymes, and consequently diseases such as emphysema, chronic bronchitis, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), bronchiectasis and asthma. More than 100 different mutations have been identified in the SERPINA1 gene to date. Among these, the most common variants associated with the disease were identified as S and Z alleles. Normal AAT protease inhibitor (PI) is denoted by the letter 'M'. Methods such as immunoassay methods, isoelectric focusing (IEF) and molecular genotyping (PCR and PCR-RFLP) are used to detect variants. The amplification-refractory mutation system (ARMS) is a simple, fast and reliable method to detect any mutation containing single base changes or small deletions. When we look at the literature, there is no genotyping study using the ARMS method in patients with COPD and Emphysema. In this planned study, it was aimed to genotype the most commonly associated 'S' and 'Z' variants and their normal alleles with the ARMS-PCR method. Peripheral blood was taken from the patient group (53 individuals) diagnosed with COPD and emphysema and the control group (33 individuals), their DNA was isolated, and PCR amplifications were performed with the designed specific primer sequences. Sequence analysis of the relevant regions of all samples was performed to confirm the ARMS-PCR results. In conclusion; With this method, normal allele and 'S' variant could be determined but 'Z' variant and normal allele could not be detected specifically despite using three different primers.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    806647

    Effects of diesel exhaust particles and engineered nanoparticles on DNA methylation of genes associated with pathogenesis of Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) in bronchial epithelial cells

    Dizel egzoz partikülleri ve insan yapımı nanopartiküllerin bronş epitel hücrelerinde Kronik Obstrüktif Akciğer Hastalığı (KOAH) ile ilişkili genlerin DNA metilasyonu üzerine etkileri

    SİNEM ERKAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    GenetikKoç Üniversitesi

    Sağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASAN BAYRAM

  2. Tez No

    647248

    Osteogenezis imperfekta tanılı hastaların genotip ve fenotip korelasyonu

    Genotype and phenotype correlation of patients diagnosed ofosteogenesis imperfecta

    LAMIYA ALIYEVA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıBursa Uludağ Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ŞEBNEM ÖZEMRİ SAĞ

    DOÇ. DR. ŞEHİME GÜLSÜN TEMEL

  3. Tez No

    359213

    Sheehan sendromunun etiyolojisinde kraniyal kemiklerin gelişimi ve trombofili ile ilgili genetik faktörlerin rolünün değerlendirilmesi

    Evaluation of roles of genetic factors associated with development of cranial bones and thrombophyilia in the etiopathogenesis of sheehan's syndrome

    HALİT DİRİ

    Tıpta Yan Dal Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıErciyes Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FAHRİ BAYRAM

  4. Tez No

    624984

    Osteogenezis imperfektalı hastalarda yeni nesil dizi analizi yöntemi ile hedeflenmiş moleküler genetik tanı ve sorumlu yeni genlerin araştırılması

    Targeted molecular genetic diagnosis by next generation sequence analysis method and investigation of responsible candidate genes in patients with osteogenesis imperfecta

    SAMİM ÖZEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    GenetikEge Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHSİN ÖZGÜR ÇOĞULU

  5. Tez No

    817791

    Dishormonogenezli konjenital hipotirodi hastalarında yeni nesil dizi analizi ile genetik etiyoloji değerlendirilmesi

    Evaluation of genetic etiology with a new generation sequence analysis in congenital hypothrody patients with dishormonogenesis

    ÜMRAN POTA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıPamukkale Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SELDA AYÇA ALTINCIK

    PROF. DR. GÖKHAN OZAN ÇETİN

Geri Dön