SERPINA1 geninde alfa-1 antitripsin eksikliğine (A1ATD) neden olan allellerin ARMS tekniği ile genotiplenmesi
Genotyping of alleles causing alpha-1 antitrypsin deficiency (A1ATD) in SERPINA1 gene by ARMS technique
- Tez No: 788083
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ İRFAN GÜZEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Alfa-1-antitripsin eksikliği (AATD), SERPINA1 olarak adlandırılan gendeki mutasyonlardan kaynaklı serumda normal sınırlardan düşük AAT seviyeleriyle karakterize otozomal ko-dominant bir hastalıktır. AAT hepatositlerde üretilerek kana salınır ve primer görevi vücudu nötrofil elastaz aktivitesinden korumaktır (antiproteaz). Serum AAT seviyesindeki eksiklik, nötrofil elastaz ve diğer proteolitik enzimlerin akciğer dokusunda hasar oluşturmasına ve buna bağlı olarak da amfizem, kronik bronşit, kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), bronşektazi ve astım gibi hastalıklara neden olabilmektedir. SERPINA1 geninde bugüne kadar 100'den fazla farklı mutasyon tanımlanmıştır. Bunlar arasında hastalıkla ilişkili en yaygın varyantlar S ve Z allelleri olarak belirlenmiştir. Normal AAT proteaz inhibitörü (PI) 'M' harfi ile gösterilmektedir. Varyantların tespitinde immünoassay yöntemler, izoelektrik odaklama (IEF) ve moleküler genotipleme (PCR ve PCR-RFLP) gibi yöntemler kullanılmaktadır. Amplifikasyon-refrakter mutasyon sistemi (ARMS), tek baz değişiklikleri veya küçük delesyonlar içeren herhangi bir mutasyonu tespit etmek için basit, hızlı ve güvenilir bir yöntemdir. Literatüre bakıldığında KOAH ve Amfizemli hastalarda ARMS metodu kullanılarak yapılmış bir genotipleme çalışması mevcut değildir. Planlan bu çalışmada ARMS-PCR yöntemiyle hastalıkla en sık ilişkili olan 'S' ve 'Z' varyantları ile bunların normal allellerinin genotiplenmesi amaçlanmıştır. KOAH ve amfizem tanısı konmuş hasta grubu (53 kişi) ile kontrol grubundan (33 kişi) periferik kan alınıp DNA'ları izole edilmiş ve tasarlanan özgün primer dizileri ile de PCR amplifikasyonları yapılmıştır. ARMS-PCR sonuçlarını doğrulamak amacıyla da tüm örneklerin ilgili bölgelerinin dizi analizi yapılmıştır. Sonuç olarak; bu yöntem ile Normal allel ve 'S' varyantı belirlenebilmiş ancak üç farklı primer kullanılmasına rağmen 'Z' varyantı ve normal alleli özgün olarak belirlenememiştir.
Özet (Çeviri)
Alpha-1-antitrypsin deficiency (AATD) is an autosomal co-dominant disease characterized by low-than-normal serum AAT levels caused by mutations in the gene called SERPINA1. AAT is produced in hepatocytes and released into the blood, and its primary function is to protect the body from neutrophil elastase activity (antiprotease). Deficiency in serum AAT level can cause damage to lung tissue by neutrophil elastase and other proteolytic enzymes, and consequently diseases such as emphysema, chronic bronchitis, chronic obstructive pulmonary disease (COPD), bronchiectasis and asthma. More than 100 different mutations have been identified in the SERPINA1 gene to date. Among these, the most common variants associated with the disease were identified as S and Z alleles. Normal AAT protease inhibitor (PI) is denoted by the letter 'M'. Methods such as immunoassay methods, isoelectric focusing (IEF) and molecular genotyping (PCR and PCR-RFLP) are used to detect variants. The amplification-refractory mutation system (ARMS) is a simple, fast and reliable method to detect any mutation containing single base changes or small deletions. When we look at the literature, there is no genotyping study using the ARMS method in patients with COPD and Emphysema. In this planned study, it was aimed to genotype the most commonly associated 'S' and 'Z' variants and their normal alleles with the ARMS-PCR method. Peripheral blood was taken from the patient group (53 individuals) diagnosed with COPD and emphysema and the control group (33 individuals), their DNA was isolated, and PCR amplifications were performed with the designed specific primer sequences. Sequence analysis of the relevant regions of all samples was performed to confirm the ARMS-PCR results. In conclusion; With this method, normal allele and 'S' variant could be determined but 'Z' variant and normal allele could not be detected specifically despite using three different primers.
Benzer Tezler
- Effects of diesel exhaust particles and engineered nanoparticles on DNA methylation of genes associated with pathogenesis of Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) in bronchial epithelial cells
Dizel egzoz partikülleri ve insan yapımı nanopartiküllerin bronş epitel hücrelerinde Kronik Obstrüktif Akciğer Hastalığı (KOAH) ile ilişkili genlerin DNA metilasyonu üzerine etkileri
SİNEM ERKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
GenetikKoç ÜniversitesiSağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN BAYRAM
- Osteogenezis imperfekta tanılı hastaların genotip ve fenotip korelasyonu
Genotype and phenotype correlation of patients diagnosed ofosteogenesis imperfecta
LAMIYA ALIYEVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıBursa Uludağ ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEBNEM ÖZEMRİ SAĞ
DOÇ. DR. ŞEHİME GÜLSÜN TEMEL
- Sheehan sendromunun etiyolojisinde kraniyal kemiklerin gelişimi ve trombofili ile ilgili genetik faktörlerin rolünün değerlendirilmesi
Evaluation of roles of genetic factors associated with development of cranial bones and thrombophyilia in the etiopathogenesis of sheehan's syndrome
HALİT DİRİ
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2014
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıErciyes Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FAHRİ BAYRAM
- Osteogenezis imperfektalı hastalarda yeni nesil dizi analizi yöntemi ile hedeflenmiş moleküler genetik tanı ve sorumlu yeni genlerin araştırılması
Targeted molecular genetic diagnosis by next generation sequence analysis method and investigation of responsible candidate genes in patients with osteogenesis imperfecta
SAMİM ÖZEN
Doktora
Türkçe
2020
GenetikEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHSİN ÖZGÜR ÇOĞULU
- Dishormonogenezli konjenital hipotirodi hastalarında yeni nesil dizi analizi ile genetik etiyoloji değerlendirilmesi
Evaluation of genetic etiology with a new generation sequence analysis in congenital hypothrody patients with dishormonogenesis
ÜMRAN POTA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıPamukkale ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELDA AYÇA ALTINCIK
PROF. DR. GÖKHAN OZAN ÇETİN