Hücresel tedavilere yönelik hızlı kök hücre karakterizasyon kitlerinin geliştirilmesi
Development of rapid stem cell characterization kits for cellular therapies
- Tez No: 789325
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZGÜR TATAROĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstinye Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kök Hücre ve Doku Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Histoloji ve Embriyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Mezenkimal kök hücreler (MKH) yüksek oranda kendini yenileme kapasitesi ve immunomodulasyon gibi yetenekleri sayesinde hücresel tedavi için büyük avantaj sağlamaktadır. Fetal ve erişkin birçok kaynaktan izole edilebilen MKH'lerin tanımlanması için 3 önemli belirteç vardır; Plastik yüzeye yapışma özelliği göstermesi, CD90, CD105, CD73 genlerinin pozitif ve CD34, HLA-DR, CD14, CD11 b, CD34, CD79a veya CD19 genlerinin negatif olması ve son olarak da kondrosit, osteoblast ve adiposite farklılaşabilme yeteneği gösterebilmesidir. MKH'lerin karakterizasyonunu için birçok yöntem geliştirilmiştir. Bu yöntemlerden en yaygın olanı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPZR) ile gen ifade düzeyleri belirlenerek karakterizasyon işleminin gerçekleştirilmesidir. Ancak ticari olarak satılan kök hücre karakterizasyon kitlerinin kullanılabilmesi için genomik DNA (gDNA)'dan komplementer DNA (cDNA) elde edilmesi gerekmektedir. Ancak bu metodun çok adımlı işlem basamağı içermesi, harcanan zaman ve emek açısından yüksek olması qPZR'ın dezavantajlı yanını oluşturmaktadır. Bu tez kapsamında yapılan çalışmada MKH'lerin gen ifade düzeylerinin qPZR ile belirlenerek karakterize edilebilmesi için daha hızlı ve kolay bir yöntem ve kit geliştirmesi sağlanmıştır. Belirlenen genlerin protein izoformları ve bu izoformların hepsinde ortak olan protein sekansı belirlenmiştir. G-C oranları ve TM derecesi gözetilerek ekson-ekson birleşimi sağlanacak şekilde primerler dizayn edilmiştir. Son olarak dizayn edilen primerin belirlenen gen bölgesine spesifik olduğunun ölçülmesi için jel elektroforezi ve polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) teknikleri kullanılmıştır. Tez kapsamında bu mesajcı RNA (mRNA)'ya spesifik olarak tasarlanan primerler, ticari primerler ile farklı koşullarda karşılaştırılmıştır. Sonuç olarak bu tezde geliştirilen kit ile MKH'lerin uygun maliyetli ve daha hızlı bir şekilde gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPZR) ile tek adımda gen ifade düzeyinin analiz edilmesi sağlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Mesenchymal stem cells (MSC) provide a great advantage for cellular therapy with their high self-renewal capacity and abilities such as immunomodulation. MSC's that can be isolated from many fetal and adult sources have three important features for identification; Adhesion to plastic surfaces, CD90, CD105, CD73 genes are positive, CD34, HLA-DR, CD14, CD11 b, CD34, CD79a, CD19 genes are negative, and finally, it can show the ability to differentiate into chondrocyte, osteoblast and adipocyte. Many methods have been developed to characterize MSCs, mostly using quantitative polymerase chain reaction (qPCR) where gene expression levels are determined and characterization is performed. However, these methods are expensive and time consuming. In the current commercial stem cell characterization kits, cDNA must be obtained from gDNA, followed by multi-step qPCR processes which requires a lot of time and effort. With the study carried out within the scope of this thesis, a single-step kit has been developed to characterize the gene expression levels of MSCs. Isoforms of the target genes were analysed and the protein sequences common to all of these isoforms were determined. Primers were designed to ensure exon-skipping, as well as proper G-C ratios and TM values. Finally, gel electrophoresis and PCR techniques were used to validate that the designed primers were specific to the target gene regions. Within the scope of the thesis, primers designed specifically for target mRNAs were also compared to commercial primers under various conditions. As a result, with the kit developed in this thesis, it is possible to analyze the gene expression level of MSCs with RT-qPCR in a cost-effective, rapid, specific and one-step kit.
Benzer Tezler
- İnsan olfaktör kök hücrelerin izolasyonu kültürünün yapılması karakterizasyonu ve hasar görmüş fasiyal sinirin (ratlarda) rejenerasyonuna etkisinin incelenmesi
Isolation, culture and characterization of human olfactory stem cells and investigation of their effect on regeneration of damaged rat facial nerves
OLGA NEHİR ÖZTEL
Doktora
Türkçe
2014
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADIL ALLAHVERDIYEV
- Spatial modeling of tumor microenvironment
Tümör mikroortamin uzaysal modellenmesi̇
BARIŞ ALTUNKARA
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyokimyaGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR PİR
- Yenidoğan sıçanlarda deneysel ilerleyici kommünikan tip hidrosefalide ventrikül basınç ve ventrikül volüm ilişkisinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
ALP İLHAMİ GÜNER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
NöroşirürjiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiNöroşirürji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. T. ERHAN COŞAN
- Visualization based analysis of gene networks using high dimensional model representation
Yüksek boyutlu model gösterilim kullanılarak gen ağlarının görselleştirme tabanlı analizi
PINAR GÜLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SÜHA TUNA
- Development of peptides for targeting TMPRSS2 as drug candidates and targeting spike MHC-II T-cell epitopes as vaccine candidates for COVID-19
COVID-19 ilaç çalışmaları için TMPRSS2 hedefine yönelik, aşı çalışmaları için spike MHC-II T-hücre epitoplarına yönelik peptitlerin geliştirilmesi
GİZEM BEYOĞLU BOZDOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ONUR ALPTÜRK
DR. ÖZGÜR YILMAZ