Sığırlarda sentetik DNA ile barkod yönteminin geliştirilmesi
Development of barcode method with synthetic DNA in cattle
- Tez No: 790906
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NÜKET BİLGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Barkod, Barkod sistemleri, DNA, Kimliklendirme, Sığırlar, Veteriner hekimlik, Barcode, Barcode systems, DNA, Identification, Cattles, Veterinary medicine
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Gelişen teknolojiler moleküler teknikleri yeni bir boyuta taşıdı. Sonsuz veri üretme kapasitesi ile genetik alanı artık Dijital Veri Çağının bir parçası haline geldi. Sunulan çalışmada, bireysel tanımlama için sentetik DNA bazlı bir yöntem geliştirilmesi amaçlanmıştır. Ekonomik önemlerinden dolayı sığırlar çalışma için seçilmiştir. Sığırların ayırt edici bireysel bilgileri (n = 5) DNA dizi formatına dönüştürüldü ve sentetik olarak sentezlendi. DNAidcode olarak isimlendirilen sentetik DNA dizileri, bireysel bilgilerin yanı sıra ileri ve geri oligonükleotitler, diziye özgü ve spesifik kodları içermektedir. Elde edilen 251 baz uzunluğundaki diziler çift sarmallı DNA'ya dönüştürüldü ve plazmit vektöre ayrı ayrı yerleştirilerek çoğaltıldı. DNAidCode bölgeleri, spesifik oligonükleotitler kullanılarak PZR ile yükseltildi, saflaştırıldı ve daha sonra sığırlardan izole edilen DNA ile karıştırıldı. DNAidCode ile saklanan bilgiler dizileme ile geri kazanım için hazır hale getirildi. Bu yöntemle, yeni sentetik DNA kimlikleri olan DNAidCode, meni, oosit, embriyo veya hücre gibi her türlü değerli biyolojik materyalle uzun vadeli, milyarlarca yıllık depolama için; gıda güvenliği, çiftlikten masaya izleme; genom dizilemesinde çapraz kontaminasyonun değerlendirilmesi, genom dizileme merkezlerinde verilerin korunması için kullanılabilir. DNAidCode dizilerini oluşturmak ve depolamak için DNAıdentity yazılımı geliştirildi.“Sentetik DNA barkodu ile tanımlama”ulusal ve uluslararası düzeyde benzerine sahip değildir ve patenti alınmıştır. Bu yöntemin geliştirilmesi ve optimizasyonu, dünya için benzersiz ve kullanışlı bir model olarak önerilmektedir. Ayrıca, nicel özellik bilgisini veya istenen diğer bilgileri taşıyan DNAidCode + dizileri, DNAidCode temel alınarak oluşturulabilir.
Özet (Çeviri)
Developing technologies have carried molecular techniques to a new dimension. The field of genetics, with its endless data generation capacity, has now become a part of the Digital Data Age. In the presented study, it is aimed to develop a synthetic DNA-based method for individual identification. Due to their economic importance cattle were selected in the pilot study. Discriminative individual information of the bulls (n=5) was converted into DNA sequence format and synthesized synthetically. Beside individual information forward and reverse oligonucleotides, sequence specific and breed specific codes placed in the synthetic DNA identities, named DNAidCode. The resulting 251bp length sequences were converted into double-stranded DNA and inserted into the plasmid vector separately and replicated. DNAidCode regions, were amplified by PCR using specific oligonucleotides, purified, and then mixed with DNA which was extracted from the bulls. The information stored in DNAidCode was ready to be recovered by sequencing. With this method, DNAidCodes, the novel synthetic DNA identities, can be used for long term, billions of years, storage with all kinds of valuable biological materials like semen, oocyte, embryo, or cell; food security, farm-to-table tracing; assessing cross-contamination in genome sequencing; data protection of the genome sequencing centers. We have developed software, DNAidentity, to generate and store DNAidCode sequences.“Identification with a synthetic DNA barcode”has no analogs at the national and international level and has been patented. The development and optimization of this method are proposed as a unique and useful model for the world. Moreover, DNAidCode+ sequences, which carry the quantitative trait information or other wanted information, can be generated based on DNAidCode.
Benzer Tezler
- Holstein ırkı sığırlarda aborta ve yavru kayıplarına neden olan bazı kalıtsal hastalıkların tespiti için multipleks RT-PCR kiti geliştirilmesi
Development of a multiplex PCR kit to be used in the diagnosis of some hereditary diseases that cause abortion and calf deaths in Holstein cattle
BURAK SEZER
Doktora
Türkçe
2025
BiyokimyaAnkara ÜniversitesiVeterinerlik Biyokimyası Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖĞÜNÇ MERAL
- New proposed methods for synthetic minority over-sampling technique
Sentetik azınlık aşırı örnekleme tekniği için yeni önerilen yöntemler
HAKAN KORUL
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiVeri Mühendisliği ve İş Analitiği Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ALİ ERGÜN
- Geri dönüştürülmüş kemik modellerinde; transvers ve basamaklı osteotomilerin biyomekaniksel olarak karşılaştırılması
Biomechanical comparison of transverse and step-cut osteotomies in recycled bone models
AHMET TOYGUN TOR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Ortopedi ve TravmatolojiGazi ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TOLGA TOLUNAY
- Elektif sezaryen doğumlarda postpartum hemoraji proflaksisinde karbetosin ve oksitosinin renal etkilerinin karşılaştırılması
Renal effects of carbetocin and oxytocin in cesarean section for preventing post-partum haemorrhage
ÖZGÜR ŞAHİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Kadın Hastalıkları ve DoğumUfuk ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GAMZE SİNEM ÇAĞLAR
- Posterior üretral valv hastalarında poliürinin oral desmopresin ile tedavisi ve tedaviyi etkileyen faktörler
Effectiveness of oral desmopressin therapy in posterior urethral valve patients with polyuria and detection of factors affecting the therapy
SOHRAB NAGHİZADEH