Sendromik epilepsi hastalarında moleküler genetik analiz sonuçlarının değerlendirilmesi
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 791516
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BİLGEN BİLGE GEÇKİNLİ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 154
Özet
Amaç: Epilepsi gelişiminde çoğunlukla kompleks kalıtım rol oynamaktadır. Kompleks kalıtımda genler ile çevresel faktörlerin etkileşimi görülmektedir. Çalışmamızda sendromik bulguları olan epilepsi tanılı hastaların klinik özellikleri, kullanılan CES (Klinik Ekzom Dizileme) yönteminin avantaj-dezavantajları ile tanısal amaçlı kullanılabilirliğinin ortaya konması, elde edilen moleküler veriler ile klinik özellikler arasındaki bağlantının değerlendirilmesi ve moleküler etiyolojisi belirlenmiş olan olgular ile ailelerine hastalık ve varyant ile ilgili genetik danışmanın verilmesi hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya epilepsi tanısı almış, sendromik görünüm ve mental retardasyon gibi klinik bulguları olan 70 erkek, 76 kadın toplamda 146 hasta dahil edildi. Hastaların klinik bulguları, aile öyküleri, görüntüleme ve laboratuvar sonuçları kaydedildi. Dahil edilme ve dışlanma kriterleri göz önünde bulundurulduktan sonra, hastaların periferik kanlarından DNA izolasyonu yapıldı. Çalışmada 4496 gen içeren CES kiti kullanılarak, Yeni Nesil Dizileme (YND) yöntemi ile güncel veritabanları kullanılarak, sendromik epilepsi ile ilişkilendirilmiş genler analiz edilmiştir. Bulgular: Çalışma kapsamında 38 (%27) hastada klinik önemi bilinen 17 (%12) patojenik(P), 16 (%11) olası patojenik (LP) ve 6 adet (%3) VUS (Klinik Önemi Belirsiz Varyant) olarak sınıflandırılabilecek varyant saptandı. Varyantlardan 8 (%5) tanesi ensefalopati ile ilişkilendirilmiş genlerde, 6 (%3) tanesi nörokütanöz hastalıklar ile ilişkilendirilmiş genlerde, 4 (%2) tanesi metabolik yolaklar ile ilişkili genlerde ve diğer 21 (%14) varyant ise nadir sendromik epilepsi nedeni olabilecek genlerdeydi. 108 (%73) hastada klinik önemi bilinen bir varyant saptanmamıştır. Çalışmamızda saptanan 38 varyanttan P, LP veya VUS olarak sınıflandırılabilecek 18 (%12) tanımlı olmayan varyant literatüre kazandırılmıştır. Sonuç: Çalışmamız sonucunda 38 sendromik epilepsi tanılı hastada, genetik etiyoloji aydınlatılmış ve genotip-fenotip korelasyonu tartışılmıştır. Tüm bu bulgular YND uygulamalarının, epilepsi oluşumunda rol alan genetik mekanizmaların aydınlantılmasındaki önemini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
Objective: Complex inheritance mostly plays a role in the development of epilepsy. In complex inheritance, the interaction of genes and environmental factors is seen. In our study, it was aimed to reveal clinical features of syndromic epilepsy patients, advantages-disadvantages of the CES (Clinical Exome Sequencing) , and diagnostic availability, to evaluate the relationship between the obtained molecular data and clinical features, and to provide genetic counseling to the families with the case whose molecular etiology was solved and the disease and variant. Materials and Methods: A total of 146 patients, 70 men and 76 women, who were diagnosed with epilepsy and had additional clinical findings such as syndromic appearance and mental retardation, were included in the study. Clinical findings, family histories, imaging and laboratory results of the patients were recorded. After considering the inclusion and exclusion criteria, DNA isolation was performed from the peripheral blood of the patients. Genes associated with syndromic epilepsy were analyzed using the CES kit containing 4496 genes, using current databases with Next Generation Sequencing (NGS) method. Results: In our study, 17 (12%) pathogenic variants (P) with known clinical significance, 16 (11%) potentially pathogenic (LP) and 6 (3%) VUS (Variant Unknown Significance) variants were detected in 38(%27) individuals. Of the variants, 8 (5%) were in genes associated with encephalopathies, 6 (3%) were in genes associated with neurocutaneous diseases, 4 (2%) were in genes associated with metabolic pathways, and 21(%14) variants are in genes that may cause rare syndromic epilepsy. No variant with known clinical significance was detected in 108(%73) patients. In our study, 18 variants that can be classified as P, LP or VUS were not reported in databases and were brought to the literature. Conclusion: Genetic etiology was clarified and genotype-phenotype correlation was discussed in 38 patients with syndromic epilepsy. All these findings revealed the importance of NGS applications in elucidating the genetic mechanisms involved in the formation of epilepsy.
Benzer Tezler
- Erken başlangıçlı Epileptik Ensefalopati hastalarında hedefli gen paneli analizlerinin tanısal değerinin saptanması
Determination of diagnostic value of targeted gene panel analysis in patients with early onset Epileptic Encephalopathy
GÜLÜŞAN UZUNER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DENİZ SÜNNETÇİ AKKOYUNLU
- Nörogelişimsel bozukluklar ve/veya konjenital anomalileri olan olguların moleküler karyotipleme ve yeni nesil dizileme verilerinin karşılaştırmalı değerlendirilmesi
Comparative evaluation of molecular karyotyping and next generation sequencing data in cases with neurodevelopmental disorders and/or congenital anomalies
ARZU GULIYEVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Genetikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİLİZ ÖZEN
- Mutational analysis of the Arx gene and whole exome sequencing in epileptic encephalopathy patients
Epileptik ensefalopati hastalarında Arx gen mutasyon taraması ve tüm ekzom dizileme yöntemi
HANDE ÖZÜNLÜ GÜRELİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU
PROF. DR. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN
- Yenidoğan ve süt çocukluğu dönemi epileptik ensefalopatilerinde genetik tanı ve klinik spektrum ilişkisi
The relationship of genetic diagnosis and clinical spectrum in newborn and infant epileptic encephalopathy
MUHİTTİN ÖZCAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN TEKGÜL
- Zeka geriliğine neden olan delesyon ve duplikasyonların tam genom mikroarray metoduyla belirlenmesi
Detection of deletions and duplications that cause mental retardation by whole genome microarray method
DENİZ SÜNNETÇİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
DOÇ. DR. BÜLENT KARA