Geri Dön

Nörogelişimsel bozukluklar ve/veya konjenital anomalileri olan olguların moleküler karyotipleme ve yeni nesil dizileme verilerinin karşılaştırmalı değerlendirilmesi

Comparative evaluation of molecular karyotyping and next generation sequencing data in cases with neurodevelopmental disorders and/or congenital anomalies

PDF İndir

  1. Tez No: 865471
  2. Yazar: ARZU GULIYEVA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. FİLİZ ÖZEN
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: moleküler karyotipleme, yeni nesil dizileme, nörogelişimsel bozukluklar, otizm spektrum bozuklukları, konjenital anomaliler, kopya sayısı değişiklikleri, molecular karyotyping, next generation sequencing, neurodevelopmental disorders, autism spectrum disorders, congenital anomalies, copy number variations
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Medeniyet Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 104

Özet

Çalışmamızda; Moleküler karyotipleme- mikrodizin tabanlı karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (aCGH) ve Yeni Nesil Dizileme (NGS) testlerinin karşılaştırmalı değerlendirilmesı yapılmıştır. Çalışmamıza, 01.09.2020-29.09.2023 tarihleri arasında hastanemizde takip edilen, global gelişim geriliği (GGG), mental retardasyon, otizm spektrum bozuklukları (OSB), dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğu, öğrenme güçlüğü şikayetleri olan nörogelişimsel bozuklukları (NGB) ve konjenital anomalileri olan 0-25 yaş arası 150 hasta dahil edildi. Çalışmaya dahil edilen hastaların moleküler ve klinik verilerine retrospektif olarak ulaşılarak verileri kaydedildi ve sonuçlar değerlendirildi. Hastalara öncelikle kromozom analizi ve mikroarray testleri çalışılmıştır. Karyotip analizinde 1 hastada 5mb üzeri delesyon tespit edilirken daha sonra microarray ile de konfirme edildi. Sebebi açıklanamayan mental retardasyonu ve OSB olan 20 erkek hastaya Frajil X testi çalışılarak normal sonuçlanmıştır. Mikroarray testi sonucunda %6 (n=9) hasta tanı alırken %27.3 hastada VUS varyantlar saptandı. Kalan 141 hastaya yeni nesil dizileme yöntemleri-klinik ekzom dizileme ve tüm ekzom dizileme- ile devam edildi. %19.1 (n=27) hasta tanı alırken %39 hastada fenotiple ilişkili VUS varyantlar saptandı. Tanı alan hastalar incelendiğinde, moleküler karyotipleme yöntemi ile en yüksek teşhis verimi %17.6 ile sendromik global gelişim geriliği altgrubu olurken konjenital anomaliler grubunda patojenik/muhtemel patojenik varyant saptanmadı. Yeni nesil dizileme yönteminde epilepsi eşlik eden OSB ve izole diğer NGB altgrupları %50 hastada başarılı olurken epilepsi eşlik eden GGG altgrubunda %13.3 ile en düşük tanı yüzdesi görüldü. Çalışmamızın birincil ve ikincil amacı başarı ile tamamlanmıştır. Bunun sonucunda; yeni nesil dizileme yöntemlerinin moleküler karyotiplemeye nazaran daha yüksek tanı yüzdesine sahip olduğu kanıtlanmıştır. Elde ettiğimiz sonuçlar doğrultusunda yeni nesil dizilemenin moleküler karyotipleme ile birlikte birinci basamak test olarak çalışılması gerekmektedir.

Özet (Çeviri)

In our study, a comparative evaluation was conducted on molecular karyotyping- array-based comparative genomic hybridization (aCGH) and Next Generation Sequencing (NGS) tests. Between 01.09.2020-29.09.2023 a total of 150 patients aged 0-25 with diagnoses of global developmental delay (GDD), mental retardation, autism spectrum disorders (ASD), attention deficit hyperactivity disorder (ADHD), learning difficulties, and congenital anomalies, who were followed up at our hospital, were included in our study. Retrospectively, molecular and clinical data of the included patients were accessed, recorded, and evaluated. Initially, chromosome analysis and microarray tests were performed on the patients. In the karyotype analysis, a deletion of over 5 Mb was detected in one patient, which was later confirmed by microarray. The Fragile X test was conducted on 20 male patients with unexplained mental retardation and ASD, yielding normal results. While 6% (n=9) of the patients received a diagnosis based on the microarray test, VUS variants were detected in 27.3% of the patients. The remaining 141 patients underwent further testing using next-generation sequencing methods - clinical exome sequencing and whole exome sequencing. Among them, 19.1% (n=27) received a diagnosis, and phenotypically associated VUS variants were found in 39% of the patients. Upon examination of diagnosed patients, the molecular karyotyping method showed the highest diagnostic yield of 17.6% in the syndromic GDD subgroup, while no pathogenic/likely pathogenic variants were detected in the congenital anomalies group. In the NGS method, epilepsy accompanying ASD and isolated other NGB subgroups were successful in 50% of cases, whereas the epilepsy accompanying GDD subgroup had the lowest diagnostic percentage at 13.3%. The primary and secondary objectives of our study have been successfully accomplished. Consequently, it has been demonstrated that next-generation sequencing methods have a higher diagnostic yield compared to molecular karyotyping. Based on our findings, next-generation sequencing should be considered as a first-line test alongside molecular karyotyping.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    741967

    Prenatal enfeksiyon şüpheli fetüslerde cytomegalovirus enfeksiyonlarının araştırılması

    Investigation of cytomegalovirus infections in fetuses with suspected prenatal infection

    EVRİM ÖZDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HAYRİYE KIRKOYUN UYSAL

  2. Tez No

    894369

    Konjenital mikrosefali genetik etiyolojisinin geriye dönük araştırılması: Üçüncü basamak merkez deneyimi

    Retrospective investigation of the genetic etiology of congenital microcephaly: A tertiary care centre experience

    SAADET NUR BOZGEYİK AKSOY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA IŞIK

  3. Tez No

    533674

    Konjenital kalp hastalığı tanısıyla izlenen olguların nörogelişim açısından değerlendirilmesi

    Evaluation of cases with congenital heart disease in terms of neurodevelopment

    TUBA KAÇMAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ RAHMİ BAKİLER

  4. Tez No

    907734

    Üniversite öğrencilerinde uyumsuz hayal kurma paternlerinin nörogelişimsel bozukluklar ve davranışsal bağımlılıklarla ilişkisinin incelenmesi

    The relationship between maladaptive daydreaming patterns and neurodevelopmental characteristics and behavioral addictions in university students

    HALİL İBRAHİM EREN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    PsikiyatriMarmara Üniversitesi

    Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NECATİ SERKUT BULUT

  5. Tez No

    842912

    Functional validation of candidate genes associated with inherited neurodevelopmental diseases

    Nörogelişimsel hastalıklarla ilişkilendirilen aday genlerin işlevsel validasyonu

    SEVAL KILIÇ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    GenetikDokuz Eylül Üniversitesi

    Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUHAMMED KASIM DİRİL

Geri Dön