Investigation of ndm enzymes in Escherichia Coli in women and infant children with urinary tract infection in Diyala / Iraq
Diyala / Irak'ta idrar yolu enfeksiyonu olan kadın ve bebek çocuklarda Escherichia Coli' de NDM enzimlerinin araştırılması
- Tez No: 792459
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ OKAN ÜRKER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 100
Özet
Bu çalışmada, idrar yolu enfeksiyonu olan kadın ve bebek çocuklardan izole edilen çoklu ilaç direnci Escherichia coli'de NDM genlerinin fenotipik ve genotipik olarak saptanmasını amaçladı. VITEK-2 antibiyotik duyarlılığı için kullanılır. bla NDM1, bla NDM2, bla TEM, bla VIM, bla IMP genlerinin moleküler tespiti için PCR kullanıldı. Öte yandan fenotipik saptama, aşağıdakiler gibi bazı virülans faktörlerini belirlemek için kullanıldı, metallo, β-laktamaz ve biyofilm oluşumu. Diala-Irak'taki hastanelerden 200 klinik örnek toplandı, yaşları 2,5 ile 59 arasındaydı. Bakteri MDR testi, moleküler testler için örneklerin bekletilmesinde MacConkey agar, kanlı agar ve EMB agar kültürleri kullanıldı. Sonuç olarak sadece 49 idrar örneğinde E. coli pozitif bulunmuştur, (%27,08) erkek ve (%72,92) kadındır. İzolatlar seftazidim (%100) ve ampisiline (%100) yüksek direnç göstermiş, bunu sefepim (%97,96), sefotaksim (%97,96) ve Amoksisilin-klavulanik asit (%95,91) izlemiş, en düşük seviye ise imipenem (%20.90). İzolatlardaki direnç genleri ise en yüksek sıklıkta (%83,33), bla-SHV (%39,58), bla-VIM (%25), NDM-1 (%37,50) ile bla-TEM geni olurken, hiçbiri bulunmadı. bla-TMP geni için pozitif test edilen izolatların oranı. Tüm E. coli izolatları biyofilm oluşturma kapasitesine sahiptir, toplam izolatların yaklaşık olarak (%91,67) oranındadır. Fonotipik açıdan bakıldığında 49 E. coli izolatından (%31,25) MBL pozitif, buna karşılık (68,75) MBL negatif, 16 MBL pozitif izolattan sadece 5'i Harbor bla-NDM-1 geni, MBL pozitif izolatlardan 15'i sadece 11'i Harbor bla-TEM geni, 16 MBL pozitif izolattan sadece 6'sı Harbor bla-SHV geni, ayrıca 16 MBL pozitif izolattan sadece 6'sı Harbor bla-VIM geni taşıyordu.
Özet (Çeviri)
This study was aimed to phenotypic and genotypic detection of NDM genes in multidrug resistance Escherichia coli isolated from women and infant children with urinary tract infection. VITEK-2 uesd for the antibiotics sensitivity. PCR were used for molecular detection of bla NDM1, bla NDM2, bla TEM, bla VIM, bla IMP genes. On the other hand Phenotypic detection were used to identify some virulence factors like, metallo, β-Lactmase and biofilm formation. A 200 clinical samples were collected from hospitals in diala-iraq, the ages were 2.5 to 59 years. MacConkey agar,blood agar and EMB agar cultures were used for holding the samples to the bacteria MDR test, molecular tests. As a results Only 49 urine samples were positive for E. coli, (27.08%) infants and (72.92%) females. The isolates showed high levels of resistance to ceftazidime (100%) and ampicillin (100 %), followed by cefepime (97.96%), cefotaxime (97.96%), and Amoxicillin-clavulanic acid (95.91%), while the lowest level was for imipenem (20.90%). Meanwhile the resistance genes in isolates was bla-TEM gene with highest frequency at (83.33%), bla-SHV (39.58%), bla-VIM (25%), NDM-1 (37.50%), On the other hand, none of the isolates tested positive for the bla-TMP gene. All of the E. coli isolates have the capacity to build biofilm, around (91.67%) of the total isolates. For phonotypically perspective out of 49 E. coli isolates (31.25%) were positive for MBL, in contrast (68.75) were negative for MBL, out of 16 MBL positive isolates only 5 isolates were harbor bla-NDM-1 gene, out of 15 of MBL positive isolates only 11 isolates were harbor bla-TEM gene, while out of 16 MBL positive isolates only 6 isolates were harbor bla-SHV gene, out of 16 MBL positive isolates only 6 isolates were harbor bla-VIM gene.
Benzer Tezler
- Escherichia coli ve klebsiella pneumoniae izolatlarında karbapenem direnci ve dirençten sorumlu enzimlerin araştırılması
Investigation of carbapenem resistance and responsible enzymes in escherichia coli and klebsiella pneumoniae isolates
ÖZLEM ALBAYRAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
MikrobiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEYTULLAH KENAR
- Enterobacteriaceae üyelerinde karbapenem direnci ve dirençten sorumlu enzimlerin varlığının araştırılması
Investigation of carbapenem resistance in enterobacteriaceae species and the presence of the enzymes responsible from resistance
ASLI BULUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
MikrobiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜLŞAH AŞIK
- Karbapenem dirençli klebsıella pneumonıae ve escherıchıa colı suşlarında blaOXA-48, blaKPC, blaIMP, blaVIM ve blaNDM direnç genlerinin araştırılması
Investigation of blaOXA-48, blaKPC, blaIMP, blaVIM ve blaNDM resistance genes on carbapenem resistant klebsiella pneumoniae and escherichia coli strains
AYLİN ÜSKÜDAR GÜÇLÜ
Doktora
Türkçe
2017
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BAYSALLAR
- Kan kültüründen izole edilen karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae ve Escherichia coli suşlarında karbapenemaz varlığının fenotipik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of the presence of carbapenemase in K. pneumoniae and E.coli strains isolated from blood culture by phenotypic and molecular methods
ASİYE BIÇAKÇIGİL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BANU SANCAK
- Karbapenemlere dirençli Enterobacteriaceae üyesi bakterilerde VIM, IMP, NDM-1, KPC ve OXA 48 enzimlerinin araştırılması
The investigation of the VIM, IMP, NDM-1, KPC and OXA 48 enzymes in bacteria which belong to carbapenem resistant Enterobacteriaceae
YELDA DEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN ZER