Augmented virtual crossmatch for donor-induced antibody prediction by using high resolution human leukocyte antigen typing and human leukocyte antigen epitope mapping for better donor match
Daha iyi donör eşleşmesi için yüksek çözünürlüklü insan lökosit antijen tipleme ve insan lökosit antijen epitop haritalama kullanarak donörden oluşan antikor tahmini için artırılmış sanal çapraz eşleştirme
- Tez No: 793509
- Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Tıbbi Biyoloji, Biyoloji, Genetics, Medical Biology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Böbrek nakli, Doku nakli red reaksiyonu, Moleküler genetik, Organ nakli, İmmünogenetik, Kidney transplantation, Graft vs host reaction, Molecular genetic, Organ transplantation, Immunogenetics
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Donörler ve alıcılar arasındaki İnsan Lökosit Antijeni (HLA) eşitsizliği, vericiye özgü antikorların (DSA) oluşumunun ve nakil sonrası greft reddinin birincil itici gücüdür. HLA antijen uyuşmazlıklarını bularak, alıcının anti-HLA antikorlarına bağlanan antijenlerin epletlerini araştırarak, uyumsuz donör HLA antijenleri ile alıcının transplantasyon öncesi anti-HLA antikoruna bağlı antijenler arasındaki paylaşılan epletlerin sayısını hesaplayarak DSA'yı tahmin etmeyi amaçladık.. Alıcı-donör HLA Tipleme sonuçlarını ve alıcının Luminex tek antijen boncuk (Luminex-SAB) tahlili ile nakil öncesi ve nakil sonrası anti-HLA antikor tespit sonuçlarını beş adımda hesaplama için geriye dönük veriler olarak kullandık. İlk adımda uyumsuz antijenleri bulmak için HLA Tipleme sonuçlarını karşılaştırdık ve ikinci adımda alıcının transplantasyon öncesi anti-HLA antikorları için ilgili epletleri araştırdık. Daha sonra donörün uyumsuz HLA antijenleri ile alıcının nakil öncesi anti-HLA antikorları arasındaki paylaşılan eletleri hesaplayarak en yüksek payı bulduk, ardından dördüncü adımda en olası DSA olarak en çok paylaşılan anti-HLA antikorlarını listeledik. Ardından, donörün HLA antijen AA dizisini kullanan IEDB Bepipred-1.0 Antikor Epitop Tahmini yöntemiyle olası epitopun peptit AA (amino asit) dizilerini doğruladık.
Özet (Çeviri)
The Human Leukocyte Antigen (HLA) disparity between donors and recipients is the primary driver of Donor Specific Antibodies (DSA) formation and graft rejection after transplantation. We aimed to predict the DSA by finding the HLA antigen mismatches, searching the eplets of antigens that bind to the recipient's anti-HLA antibodies, calculating the number of shared eplets between the mismatched donor HLA antigens and the recipient's pre-transplantation anti-HLA antibody-bound antigens. We have used recipient-donor HLA Typing results and the recipient's pre-transplantation and post-transplantation anti-HLA antibody detection results by Luminex single antigen bead (Luminex-SAB) assay as retrospective data for calculation in five steps. We have compared the HLA Typing results to find the mismatched antigens in the first step and searched the relevant eplets for the recipient's pre-transplantation anti-HLA antibodies in the second step. Then we calculated the shared eplets between the donor's mismatched HLA antigens and the recipient's pre-transplantation anti-HLA antibodies to find the highest number of shares, then listed the most shared anti-HLA antibodies as the most probable DSA in the fourth step. Then, we confirmed the possible epitope's peptide AA (amino acid) sequences with the IEDB Bepipred-1.0 Antibody Epitope Prediction method using the donor's HLA antigen AA sequence.
Benzer Tezler
- Anadolu karaçamı (Pinus nigra Arn.ssp.pallasiana Lamb.Holmboe)nın coğrafik varyasyonları
Variabilite geographique de Pinus nigra Arn.ssp.pallasiana Lamb. Holmboe
C. ÜNAL ALPTEKİN
Doktora
Türkçe
1986
Ormancılık ve Orman Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiSilvikültür Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SUAD ÜRGENÇ
- Düşük tenörlü pirolüzit cevherlerinden yeni bir MnSO4-H2O üretim metodu
Başlık çevirisi yok
MAHMUT BAYRAMOĞLU
Doktora
Türkçe
1983
Kimya Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiKimya Mühendisliği Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜNAL SANIGÖK
- Güneş ışınımı, doğal dolaşımlı toplaç-ayna düzeninde akış ve ısı analizi
Başlık çevirisi yok
KEMAL TANER
Doktora
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiAnadolu ÜniversitesiMakine Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BATTAL KUŞHAN
- Agrotis segetum (Denis and Schiff.) (Lepidoptera: Noctuidae) larvasında integümentin histolojik yapısı üzerine araştırmalar
Başlık çevirisi yok
SADETTİN ÜNSAL
- Hipoksik ve hiperoksik koşullarda serebral kan akımı değişimlerinin ventilasyon parametrelerine etkisi
Başlık çevirisi yok
NAZAN FIRAT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1988
Fizyolojiİstanbul ÜniversitesiFizyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELİHA TERZİOĞLU