Augmented virtual crossmatch for donor-induced antibody prediction by using high resolution human leukocyte antigen typing and human leukocyte antigen epitope mapping for better donor match
Daha iyi donör eşleşmesi için yüksek çözünürlüklü insan lökosit antijen tipleme ve insan lökosit antijen epitop haritalama kullanarak donörden oluşan antikor tahmini için artırılmış sanal çapraz eşleştirme
- Tez No: 793509
- Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Tıbbi Biyoloji, Biology, Genetics, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoinformatik ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 123
Özet
Donörler ve alıcılar arasındaki İnsan Lökosit Antijeni (HLA) eşitsizliği, vericiye özgü antikorların (DSA) oluşumunun ve nakil sonrası greft reddinin birincil itici gücüdür. HLA antijen uyuşmazlıklarını bularak, alıcının anti-HLA antikorlarına bağlanan antijenlerin epletlerini araştırarak, uyumsuz donör HLA antijenleri ile alıcının transplantasyon öncesi anti-HLA antikoruna bağlı antijenler arasındaki paylaşılan epletlerin sayısını hesaplayarak DSA'yı tahmin etmeyi amaçladık.. Alıcı-donör HLA Tipleme sonuçlarını ve alıcının Luminex tek antijen boncuk (Luminex-SAB) tahlili ile nakil öncesi ve nakil sonrası anti-HLA antikor tespit sonuçlarını beş adımda hesaplama için geriye dönük veriler olarak kullandık. İlk adımda uyumsuz antijenleri bulmak için HLA Tipleme sonuçlarını karşılaştırdık ve ikinci adımda alıcının transplantasyon öncesi anti-HLA antikorları için ilgili epletleri araştırdık. Daha sonra donörün uyumsuz HLA antijenleri ile alıcının nakil öncesi anti-HLA antikorları arasındaki paylaşılan eletleri hesaplayarak en yüksek payı bulduk, ardından dördüncü adımda en olası DSA olarak en çok paylaşılan anti-HLA antikorlarını listeledik. Ardından, donörün HLA antijen AA dizisini kullanan IEDB Bepipred-1.0 Antikor Epitop Tahmini yöntemiyle olası epitopun peptit AA (amino asit) dizilerini doğruladık.
Özet (Çeviri)
The Human Leukocyte Antigen (HLA) disparity between donors and recipients is the primary driver of Donor Specific Antibodies (DSA) formation and graft rejection after transplantation. We aimed to predict the DSA by finding the HLA antigen mismatches, searching the eplets of antigens that bind to the recipient's anti-HLA antibodies, calculating the number of shared eplets between the mismatched donor HLA antigens and the recipient's pre-transplantation anti-HLA antibody-bound antigens. We have used recipient-donor HLA Typing results and the recipient's pre-transplantation and post-transplantation anti-HLA antibody detection results by Luminex single antigen bead (Luminex-SAB) assay as retrospective data for calculation in five steps. We have compared the HLA Typing results to find the mismatched antigens in the first step and searched the relevant eplets for the recipient's pre-transplantation anti-HLA antibodies in the second step. Then we calculated the shared eplets between the donor's mismatched HLA antigens and the recipient's pre-transplantation anti-HLA antibodies to find the highest number of shares, then listed the most shared anti-HLA antibodies as the most probable DSA in the fourth step. Then, we confirmed the possible epitope's peptide AA (amino acid) sequences with the IEDB Bepipred-1.0 Antibody Epitope Prediction method using the donor's HLA antigen AA sequence.
Benzer Tezler
- Arttırılmış sanal gerçeklik teknolojilerinin tüketici satın alma süreçlerine etkisi
The impact of augmented virtual reality technologies on consumer purchasing processes
YUSUF EREN YALÇIN
Doktora
Türkçe
2024
İşletmeİstanbul Ticaret ÜniversitesiPazarlama Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİGEN YILDIRIM
- Nöroanatomi eğitiminde bir yenilik olarak sanal laboratuvar: fotogrametrik üç boyutlu görüntüleme ve artırılmış-sanal gerçeklikle ak madde diseksiyonlarının görüntülenmesi
Virtual laboratory as a innovation in neuroanatomy education: photogrammetric three-dimensional imaging and augmented-virtual reality imaging of white matter dissections
HÜSEYİN İKBAL AKDEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Anatomiİstanbul Medeniyet ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH ÇALIŞ
- Factors affecting perceived technology proficiency of Turkish teachers of English in the light of 21st century learning
21. yüzyıl eğitimi kapsamında Türk İngilizce öğretmenlerinin teknoloji yeterlilik algılarını etkileyen faktörler
YAŞAR ERDİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Eğitim ve ÖğretimBursa Uludağ Üniversitesiİngiliz Dili Eğitimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. LEVENT UZUN
- 5G new radio millimeter-wave beam tracking using deep learning
Derin öğrenmeyi kullanarak 5G yeni radyo millimetre dalgalar ışın takibi
NAJIULLAH HAKIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiKocaeli ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADNAN KAVAK
- Endüstri 4.0 kavramının etkileşimli mekan tasarımı sürecinde mekan morfolojisi üzerindeki etkileri
Effects of the industry 4.0 concept on spatial morphology in interactive interior space design process
SENCER ÖZDEMİR
Doktora
Türkçe
2023
MimarlıkMimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesiİç Mimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURÇİN CEM ARABACIOĞLU